PDB-7pr9: Crystal structure of Burkholderia pseudomallei heparanase in comp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7pr9

タイトル

Crystal structure of Burkholderia pseudomallei heparanase in complex with covalent inhibitor VL166

要素

Glyco_hydro_44 domain-containing protein

キーワード

HYDROLASE / glycoside hydrolase / carbohydrate / glucuronidase / GH79

機能・相同性

: / Glycoside hydrolase, family 44 / Glycoside hydrolase family 44 / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycoside hydrolase superfamily / Glycoside hydrolase family 44 domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.34 Å

データ登録者

Wu, L. / Armstrong, Z. / Davies, G.J.

資金援助

英国, 7件

組織	認可番号	国
European Research Council (ERC)	ERC-2011-AdG-290836	英国
European Research Council (ERC)	ERC-2012-AdG-322942	英国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)		英国
Israel Science Foundation	1021/19	英国
European Molecular Biology Organization (EMBO)	STF8184	英国
Royal Society		英国
Wellcome Trust	218579/Z/19/Z	英国

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Mechanism-based heparanase inhibitors reduce cancer metastasis in vivo.
著者: de Boer, C. / Armstrong, Z. / Lit, V.A.J. / Barash, U. / Ruijgrok, G. / Boyango, I. / Weitzenberg, M.M. / Schroder, S.P. / Sarris, A.J.C. / Meeuwenoord, N.J. / Bule, P. / Kayal, Y. / Ilan, N. ...

履歴

登録	2021年9月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7pr9.cif.gz	348.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7pr9.ent.gz	273.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7pr9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7pr9_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7pr9_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	7pr9_validation.xml.gz	42.3 KB	表示
CIF形式データ	7pr9_validation.cif.gz	66.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/7pr9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/7pr9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7pr6C 7pr7C 7pr8C 7prbC 7prtC 7pshC 7psiC 7psjC 7pskC 5bwiS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glyco_hydro_44 domain-containing protein

B: Glyco_hydro_44 domain-containing protein

ヘテロ分子

90.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glyco_hydro_44 domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Protein elutes in a single peak at expected size for a monmer
45.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Glyco_hydro_44 domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
45.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.870, 104.137, 113.988
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Auth seq-ID: 10 - 446 / Label seq-ID: 2 - 438

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質

Glyco_hydro_44 domain-containing protein

分子量: 44638.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Burkholderia pseudomallei (strain K96243) (類鼻疽菌)
株: K96243 / 遺伝子: BPSL2070 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q63T97

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-(2R,3S,5R,6R)-2,3,4,5,6-pentakis(oxidanyl) ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 411.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

#3: 化合物

ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル

分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 992 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.72 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium citrate pH 5.0, 14% (w/v) PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.34→79.89 Å / Num. obs: 210296 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 7.6 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.058 / R_pim(I) all: 0.022 / Net I/σ(I): 13.4
反射シェル	解像度: 1.34→1.37 Å / R_merge(I) obs: 1.215 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 14341 / CC_1/2: 0.565 / R_pim(I) all: 0.607

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5bwi

5bwi

解像度: 1.34→77.002 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / SU B: 1.045 / SU ML: 0.041 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.051 / ESU R Free: 0.053 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1989	10582	5.04 %
R_work	0.1762	199376	-
all	0.177	-	-
obs	-	209958	98.651 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.494 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.946 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.041 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.905 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.34→77.002 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6282	0	78	992	7352

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	6736
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	6226
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.807	1.645	9231
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.555	1.58	14257
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.785	5	917
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.298	21.442	312
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.485	15	892
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.709	15	45
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	900
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	8077
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1627
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	1373
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.175	0.2	5685
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	3338
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	3117
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.179	0.2	708
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.178	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.267	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.243	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.945	2.096	3614
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.933	2.095	3613
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.737	3.137	4549
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.739	3.138	4550
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.63	2.283	3122
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.63	2.284	3123
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.868	3.342	4682
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.868	3.342	4683
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.531	26.786	7821
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.308	25.825	7505
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.084	0.05	13874

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08406	0.05008
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08406	0.05008

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.34-1.375	0.308	730	0.308	13483	X-RAY DIFFRACTION	91.2728
1.375-1.412	0.301	753	0.291	14051	X-RAY DIFFRACTION	97.1519
1.412-1.453	0.278	710	0.272	13827	X-RAY DIFFRACTION	98.1832
1.453-1.498	0.263	713	0.24	13484	X-RAY DIFFRACTION	98.7824
1.498-1.547	0.253	727	0.221	13046	X-RAY DIFFRACTION	98.7383
1.547-1.601	0.225	676	0.208	12731	X-RAY DIFFRACTION	99.3553
1.601-1.662	0.234	640	0.199	12365	X-RAY DIFFRACTION	99.6781
1.662-1.729	0.236	614	0.191	11896	X-RAY DIFFRACTION	99.7767
1.729-1.806	0.22	661	0.184	11377	X-RAY DIFFRACTION	99.8259
1.806-1.895	0.196	600	0.18	10915	X-RAY DIFFRACTION	99.8959
1.895-1.997	0.201	578	0.18	10427	X-RAY DIFFRACTION	99.9546
1.997-2.118	0.193	499	0.178	9917	X-RAY DIFFRACTION	99.9904
2.118-2.264	0.192	465	0.17	9324	X-RAY DIFFRACTION	99.9592
2.264-2.446	0.199	429	0.159	8699	X-RAY DIFFRACTION	99.9343
2.446-2.679	0.178	445	0.149	8001	X-RAY DIFFRACTION	100
2.679-2.995	0.177	402	0.151	7240	X-RAY DIFFRACTION	100
2.995-3.458	0.175	320	0.16	6484	X-RAY DIFFRACTION	100
3.458-4.234	0.158	276	0.152	5507	X-RAY DIFFRACTION	100
4.234-5.984	0.177	232	0.151	4305	X-RAY DIFFRACTION	100
5.984-77.002	0.248	112	0.22	2297	X-RAY DIFFRACTION	91.9115

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