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- PDB-7pq7: Crystal structure of Campylobacter jejuni DsbA1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pq7
タイトルCrystal structure of Campylobacter jejuni DsbA1
要素Thiol:disulfide interchange protein DsbA
キーワードOXIDOREDUCTASE / periplasmic / disulfide bond / thioredoxin fold / posttranslational modification
機能・相同性Thiol:disulphide interchange protein DsbA/DsbL / : / DSBA-like thioredoxin domain / DSBA-like thioredoxin domain / isomerase activity / Thioredoxin-like superfamily / oxidoreductase activity / TRIETHYLENE GLYCOL / Thiol:disulfide interchange protein DsbA
機能・相同性情報
生物種Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Wilk, P. / Orlikowska, M. / Banas, A.M. / Bocian-Ostrzycka, K.M. / Jagusztyn-Krynicka, E.K.
資金援助 ポーランド, 2件
組織認可番号国
Foundation for Polish ScienceFACILITY/2017-4/6 ポーランド
Polish National Science Centre2015/17/B/NZ1/00230 ポーランド
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2021
タイトル: Interplay between DsbA1, DsbA2 and C8J_1298 Periplasmic Oxidoreductases of Campylobacter jejuni and Their Impact on Bacterial Physiology and Pathogenesis.
著者: Banas, A.M. / Bocian-Ostrzycka, K.M. / Dunin-Horkawicz, S. / Ludwiczak, J. / Wilk, P. / Orlikowska, M. / Wyszynska, A. / Dabrowska, M. / Plichta, M. / Spodzieja, M. / Polanska, M.A. / ...著者: Banas, A.M. / Bocian-Ostrzycka, K.M. / Dunin-Horkawicz, S. / Ludwiczak, J. / Wilk, P. / Orlikowska, M. / Wyszynska, A. / Dabrowska, M. / Plichta, M. / Spodzieja, M. / Polanska, M.A. / Malinowska, A. / Jagusztyn-Krynicka, E.K.
履歴
登録2021年9月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年1月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thiol:disulfide interchange protein DsbA
B: Thiol:disulfide interchange protein DsbA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1374
ポリマ－46,7932
非ポリマー3442
水6,900383
1
A: Thiol:disulfide interchange protein DsbA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7413
ポリマ－23,3961
非ポリマー3442
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Thiol:disulfide interchange protein DsbA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3961
ポリマ－23,3961
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.876, 51.726, 75.541
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 125.143, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERPROPRO(chain 'A' and (resid 5 through 15 or resid 17...AA5 - 145 - 14
12GLUGLULYSLYS(chain 'A' and (resid 5 through 15 or resid 17...AA17 - 2717 - 27
13HISHISARGARG(chain 'A' and (resid 5 through 15 or resid 17...AA30 - 4430 - 44
14ALAALAPROPRO(chain 'A' and (resid 5 through 15 or resid 17...AA46 - 4846 - 48
15PHEPHESERSER(chain 'A' and (resid 5 through 15 or resid 17...AA52 - 5852 - 58
16ASNASNLYSLYS(chain 'A' and (resid 5 through 15 or resid 17...AA61 - 6661 - 66
17ASNASNALAALA(chain 'A' and (resid 5 through 15 or resid 17...AA69 - 7569 - 75
18LYSLYSLYSLYS(chain 'A' and (resid 5 through 15 or resid 17...AA7878
19GLYGLYTYRTYR(chain 'A' and (resid 5 through 15 or resid 17...AA83 - 10083 - 100
110SERSERLEULEU(chain 'A' and (resid 5 through 15 or resid 17...AA103 - 106103 - 106
111PHEPHESERSER(chain 'A' and (resid 5 through 15 or resid 17...AA112 - 113112 - 113
112PHEPHEGLYGLY(chain 'A' and (resid 5 through 15 or resid 17...AA118 - 122118 - 122
113ALAALAASNASN(chain 'A' and (resid 5 through 15 or resid 17...AA125 - 127125 - 127
114LYSLYSVALVAL(chain 'A' and (resid 5 through 15 or resid 17...AA130 - 133130 - 133
115PHEPHELYSLYS(chain 'A' and (resid 5 through 15 or resid 17...AA136 - 141136 - 141
116GLUGLUASPASP(chain 'A' and (resid 5 through 15 or resid 17...AA144 - 182144 - 182
117ASPASPASNASN(chain 'A' and (resid 5 through 15 or resid 17...AA185 - 192185 - 192
21SERSERPROPRO(chain 'B' and (resid 5 through 15 or resid 17...BB5 - 145 - 14
22GLUGLULYSLYS(chain 'B' and (resid 5 through 15 or resid 17...BB17 - 2717 - 27
23HISHISARGARG(chain 'B' and (resid 5 through 15 or resid 17...BB30 - 4430 - 44
24ALAALAPROPRO(chain 'B' and (resid 5 through 15 or resid 17...BB46 - 4846 - 48
25PHEPHESERSER(chain 'B' and (resid 5 through 15 or resid 17...BB52 - 5852 - 58
26ASNASNLYSLYS(chain 'B' and (resid 5 through 15 or resid 17...BB61 - 6661 - 66
27ASNASNALAALA(chain 'B' and (resid 5 through 15 or resid 17...BB69 - 7569 - 75
28LYSLYSLYSLYS(chain 'B' and (resid 5 through 15 or resid 17...BB7878
29GLYGLYTYRTYR(chain 'B' and (resid 5 through 15 or resid 17...BB83 - 10083 - 100
210SERSERLEULEU(chain 'B' and (resid 5 through 15 or resid 17...BB103 - 106103 - 106
211PHEPHESERSER(chain 'B' and (resid 5 through 15 or resid 17...BB112 - 113112 - 113
212PHEPHEGLYGLY(chain 'B' and (resid 5 through 15 or resid 17...BB118 - 122118 - 122
213ALAALAASNASN(chain 'B' and (resid 5 through 15 or resid 17...BB125 - 127125 - 127
214LYSLYSVALVAL(chain 'B' and (resid 5 through 15 or resid 17...BB130 - 133130 - 133
215PHEPHELYSLYS(chain 'B' and (resid 5 through 15 or resid 17...BB136 - 141136 - 141
216GLUGLUASPASP(chain 'B' and (resid 5 through 15 or resid 17...BB144 - 182144 - 182
217ASPASPASNASN(chain 'B' and (resid 5 through 15 or resid 17...BB185 - 192185 - 192

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要素

#1: タンパク質 Thiol:disulfide interchange protein DsbA


分子量: 23396.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター)
遺伝子: B5Y32_04750, B7Q70_04295, BCB47_05875, D4Q41_05880, DPG08_09245, DUY05_07510, DYE84_06245, EAX31_06480, F0166_06130, F0J04_04905, F6982_05945, F7521_05270, F7J47_05180, F8803_06690, F9778_ ...遺伝子: B5Y32_04750, B7Q70_04295, BCB47_05875, D4Q41_05880, DPG08_09245, DUY05_07510, DYE84_06245, EAX31_06480, F0166_06130, F0J04_04905, F6982_05945, F7521_05270, F7J47_05180, F8803_06690, F9778_05085, FVY60_01390, FW488_04080, FZ445_05615, FZ732_06740, G3M94_001567, GFF90_03350, GMG47_05310, GNO00_06010, GXA88_04885, GXS76_000973, GZ489_001237, GZ502_000952
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS / 参照: UniProt: A0A1J6PBD5
#2: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 383 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.39 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: in Morpheus 2-33 conditions (0.08 M Carboxylic acids 0.1 M Buffer System 3 8.5 50 % v/v Precipitant Mix 1)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月23日
放射モノクロメーター: Double Crystal Manochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→45.83 Å / Num. obs: 55179 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.52 % / Biso Wilson estimate: 33.05 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 16.31
反射 シェル解像度: 1.55→1.64 Å / 冗長度: 3.51 % / Mean I/σ(I) obs: 1.53 / Num. unique obs: 8791 / CC1/2: 0.772 / Rrim(I) all: 0.816 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIXMRage位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3L9U

3l9u


解像度: 1.55→42.65 Å / SU ML: 0.2354 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.0556
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2002 2098 3.8 %
Rwork0.1768 53052 -
obs0.1777 55150 98.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 37.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→42.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3070 0 23 383 3476
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01873274
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.61314432
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0771469
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0119580
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.32032740
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.55-1.580.38081350.3583378X-RAY DIFFRACTION95.59
1.58-1.620.29941380.30623512X-RAY DIFFRACTION98.57
1.62-1.670.33251400.27133536X-RAY DIFFRACTION99.32
1.67-1.720.29561400.26353545X-RAY DIFFRACTION99.57
1.72-1.770.28571400.2423549X-RAY DIFFRACTION99.51
1.77-1.840.29041390.23173528X-RAY DIFFRACTION99.3
1.84-1.910.27231390.21223502X-RAY DIFFRACTION98.7
1.91-20.23431400.20753568X-RAY DIFFRACTION99.68
2-2.10.27861400.20993547X-RAY DIFFRACTION99.46
2.1-2.230.21781410.18143555X-RAY DIFFRACTION99.54
2.23-2.40.17191380.16643493X-RAY DIFFRACTION98.7
2.4-2.650.21141420.17463584X-RAY DIFFRACTION99.6
2.65-3.030.18531410.17193558X-RAY DIFFRACTION99.12
3.03-3.820.16641410.15273562X-RAY DIFFRACTION98.64
3.82-42.650.16891440.15043635X-RAY DIFFRACTION98.51
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.46763992448-0.0804190043651-0.1550695201110.4532200836830.3411533917840.647936075389-0.3853704755990.276625163812-0.549935387161-0.6802115352560.0922022941814-0.5453383088230.2701666822710.00618042910244-0.0112237280790.363711193396-0.03718342586920.01717585708470.2416795448-0.0005046049223580.262881059044-6.4058730924132.13619176536.541594855
20.3498598874780.14714594154-0.5020446215060.341277882401-0.4586275091590.792257205321-0.0552763153012-0.3695915586390.1225125190310.169898198878-0.0520241138463-0.2553992369170.07390958910250.00336098459789-8.70596480765E-50.2774197120540.007988139724840.01445965356050.273887591612-0.05298346742340.278358130576-10.980504990243.367940179547.4748154545
30.4998862044190.5540610140350.1706289394581.329461113820.3808883481750.2289760809190.0453164788657-0.763591527834-0.4222168506340.364583644353-0.149052152554-0.2317907904130.006922081285460.202469321061-0.002428838994720.290978895852-0.0374080677426-0.02861139100650.4039449034630.08266686247450.266645728458-7.8203221468738.604452542756.2553264812
42.376020937312.01854375808-1.094958036953.16183054265-0.04110687304981.6918864080.0235780929196-0.429461931617-0.0887394634731-0.38163617208-0.00766062559384-0.177849052483-0.117540612694-0.0596984382924-0.09040280604940.2380507542-0.02491371746610.02159807719060.230307343913-0.01728360898530.249736524942-7.0167723941943.759588273145.1298694475
50.6450771752590.751224040232-0.8407198181331.12474338223-1.091554960811.416398202840.147435411252-0.0488196125844-0.183407800068-0.0274196706127-0.11404584926-0.00866622034088-0.03011928743620.2555589848520.0003112034433110.248155664008-0.034962246186-0.0212164447530.250436638778-0.06118786616240.25983702528-1.6781921529352.509812302643.8276165123
60.7232269162680.867359133266-0.412102510472.159307459410.08996156003391.453187727030.206260802706-0.609543418140.04385171357560.181396248201-0.21288584472-0.335809796424-0.1406193602370.287233583082-0.1574530101020.244179052323-0.066989762091-0.01771052546240.351887224588-0.03313372546430.231287883633-3.7533227578348.588208878254.0004469068
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 18 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 19 through 28 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 29 through 46 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 47 through 64 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 65 through 81 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 82 through 105 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 106 through 114 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 115 through 126 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 127 through 139 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 140 through 159 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 160 through 179 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 180 through 194 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 4 through 18 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 19 through 46 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 47 through 64 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 65 through 81 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 82 through 105 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 106 through 126 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 127 through 159 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 160 through 193 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る