PDB-7pq2: Crystal Structure of the Ring Nuclease 0811 from Sulfolobus islan...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7pq2

タイトル

Crystal Structure of the Ring Nuclease 0811 from Sulfolobus islandicus (Sis0811) in its apo form

要素

CRISPR-associated protein, APE2256 family, CRISPR Ring Nuclease

キーワード

ANTIVIRAL PROTEIN / RING NUCLEASE / CRISPR-ASSOCIATED PROTEIN / HELIX-TURN-HELIX / VIRAL RESISTANCE / CARF NUCLEOTIDE-BINDING DOMAIN / CRISPR Ring Nuclease

機能・相同性

: / CRISPR system ring nuclease SSO1393 / CRISPR system ring nuclease SSO1393-like / CRISPR-associated protein (Cas_APE2256) / CRISPR-associated protein, APE2256 family

機能・相同性情報

生物種

Sulfolobus islandicus REY15A (好気性・好酸性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.38 Å

データ登録者

Molina, R. / Jensen, A.L.G. / Marchena-Hurtado, J. / Lopez-Mendez, B. / Stella, S. / Montoya, G.

資金援助

デンマーク, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Structural basis of cyclic oligoadenylate degradation by ancillary Type III CRISPR-Cas ring nucleases.
著者: Molina, R. / Jensen, A.L.G. / Marchena-Hurtado, J. / Lopez-Mendez, B. / Stella, S. / Montoya, G.

履歴

登録	2021年9月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年11月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / struct_keywords Item: _entity.pdbx_description / _struct_keywords.text
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7pq2.cif.gz	215.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7pq2.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7pq2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7pq2_validation.pdf.gz	432.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7pq2_full_validation.pdf.gz	438.7 KB	表示
XML形式データ	7pq2_validation.xml.gz	23.6 KB	表示
CIF形式データ	7pq2_validation.cif.gz	33.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pq/7pq2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pq/7pq2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7pq3C 7pq6C 7pqaC 3qyfS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7pq6-d 4osj-2 3cnv-d 3tqt-d 4dzl-d 3qyf-d 3da3-d 3mt5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: CRISPR-associated protein, APE2256 family, CRISPR Ring Nuclease

BBB: CRISPR-associated protein, APE2256 family, CRISPR Ring Nuclease

63.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.372, 106.436, 78.443
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 102.919, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン: (詳細: Chains AAA BBB)

#1: タンパク質	CRISPR-associated protein, APE2256 family, CRISPR Ring Nuclease 分子量: 31654.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sulfolobus islandicus REY15A (好気性・好酸性) 遺伝子: SiRe_0811 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: F0NH89
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.53 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 30% PEG3000, 0.1M CHES pH 9.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.38→61.73 Å / Num. obs: 24724 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 14.1
反射シェル	解像度: 2.38→2.43 Å / Num. unique obs: 1241 / CC_1/2: 0.756

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3QYF

3qyf

解像度: 2.38→61.61 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 15.932 / SU ML: 0.182 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.454 / ESU R Free: 0.25 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2226	1176	4.972 %
R_work	0.1634	22478	-
all	0.166	-	-
obs	-	23654	95.084 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.532 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.032 Å²	0 Å²	0.004 Å²
2-	-	-0.033 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.001 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.38→61.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4442	0	0	254	4696

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	4524
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.776	1.633	6099
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.239	5	545
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.116	23.982	226
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.298	15	874
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.626	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.124	0.2	573
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	3332
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	2035
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.32	0.2	3129
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	249
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.193	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.544	3.298	2186
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.043	4.935	2728
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.76	3.746	2338
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.916	5.409	3370
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.973	61.91	18853
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.14	0.05	8348

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.38-2.442	0.311	66	0.257	1257	X-RAY DIFFRACTION	71.9022
2.442-2.508	0.331	82	0.221	1329	X-RAY DIFFRACTION	79.9433
2.508-2.581	0.244	61	0.213	1454	X-RAY DIFFRACTION	86.8195
2.581-2.66	0.251	68	0.225	1517	X-RAY DIFFRACTION	93.8425
2.66-2.748	0.267	86	0.193	1534	X-RAY DIFFRACTION	99.6923
2.748-2.844	0.254	95	0.179	1478	X-RAY DIFFRACTION	100
2.844-2.951	0.298	81	0.177	1448	X-RAY DIFFRACTION	100
2.951-3.071	0.216	67	0.166	1409	X-RAY DIFFRACTION	99.9323
3.071-3.208	0.196	65	0.15	1344	X-RAY DIFFRACTION	99.9291
3.208-3.364	0.2	66	0.166	1278	X-RAY DIFFRACTION	100
3.364-3.546	0.229	64	0.16	1221	X-RAY DIFFRACTION	99.9222
3.546-3.76	0.186	54	0.14	1162	X-RAY DIFFRACTION	100
3.76-4.019	0.209	49	0.145	1096	X-RAY DIFFRACTION	99.9127
4.019-4.34	0.191	44	0.139	1034	X-RAY DIFFRACTION	100
4.34-4.753	0.192	52	0.132	920	X-RAY DIFFRACTION	99.8972
4.753-5.311	0.174	50	0.142	842	X-RAY DIFFRACTION	100
5.311-6.128	0.257	43	0.169	746	X-RAY DIFFRACTION	99.8734
6.128-7.493	0.293	42	0.2	628	X-RAY DIFFRACTION	100
7.493-10.546	0.152	29	0.126	500	X-RAY DIFFRACTION	100
10.546-61.61	0.204	12	0.161	281	X-RAY DIFFRACTION	97.6667

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7613	-0.1937	0.3225	0.0502	-0.0814	0.5164	-0.0544	-0.0105	-0.0317	0.0122	0.0018	0.0038	-0.0905	-0.1294	0.0526	0.0188	0.0227	-0.0017	0.1005	-0.0105	0.035	-31.612	-11.374	13.179
2	0.176	-0.1821	0.1898	0.2759	-0.2674	0.4054	0.0158	-0.0067	0.0363	0.0065	0.0167	-0.003	0.0107	0.0052	-0.0325	0.0083	-0.0004	0.0086	0.0867	-0.0111	0.0353	-15.976	-19.153	27.636

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	1 - 275
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BBB	1 - 272

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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