PDB-7pqa: Crystal Structure of the Ring Nuclease 0811 mutant-S12G/K169G fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7pqa

タイトル

Crystal Structure of the Ring Nuclease 0811 mutant-S12G/K169G from Sulfolobus islandicus (Sis0811)

要素

CRISPR-associated protein, APE2256 family

キーワード

ANTIVIRAL PROTEIN / RING NUCLEASE / CRISPR-ASSOCIATED PROTEIN / HELIX-TURN-HELIX / VIRAL RESISTANCE / CARF NUCLEOTIDE-BINDING DOMAIN / CRISPR Ring Nuclease

機能・相同性

CRISPR system ring nuclease SSO1393 / : / SSO1393-like, winged-helix domain / CRISPR system ring nuclease SSO1393-like / CRISPR-associated protein (Cas_APE2256) / CRISPR-associated protein, APE2256 family

機能・相同性情報

生物種

Sulfolobus islandicus REY15A (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.04 Å

データ登録者

Molina, R. / Jensen, A.L.G. / Marchena-Hurtado, J. / Lopez-Mendez, B. / Stella, S. / Montoya, G.

資金援助

デンマーク, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: Structural basis of cyclic oligoadenylate degradation by ancillary Type III CRISPR-Cas ring nucleases.
著者: Molina, R. / Jensen, A.L.G. / Marchena-Hurtado, J. / Lopez-Mendez, B. / Stella, S. / Montoya, G.

履歴

登録	2021年9月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年12月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_keywords / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_keywords.text / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._struct_keywords.text / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7pqa.cif.gz	213.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7pqa.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7pqa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7pqa_validation.pdf.gz	437.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7pqa_full_validation.pdf.gz	444.9 KB	表示
XML形式データ	7pqa_validation.xml.gz	21.2 KB	表示
CIF形式データ	7pqa_validation.cif.gz	29.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pq/7pqa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pq/7pqa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7pq2SC 7pq3C 7pq6C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7pq2-d 7pq6-d 3tqt-d 3mt5-d 4eze-d 4osj-2 4pbv-1 6vw8-2 3naf-d 3cnv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: CRISPR-associated protein, APE2256 family

BBB: CRISPR-associated protein, APE2256 family

63.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.930, 104.970, 78.306
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 102.890, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 1 - 267 / Label seq-ID: 1 - 267

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	AAA	A
2	BBB	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	CRISPR-associated protein, APE2256 family 分子量: 31551.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sulfolobus islandicus REY15A (古細菌) 遺伝子: SiRe_0811 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: F0NH89
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.63 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 20% PEG 3350, 0.1M Bis-Tris propane pH 7.5, 0.2M KSCN

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9779 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9779 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.04→76.38 Å / Num. obs: 38798 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 7.1 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 18.5
反射シェル	解像度: 2.04→2.07 Å / Num. unique obs: 1925 / CC_1/2: 0.839

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7PQ2

7pq2

解像度: 2.04→43.932 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 11.707 / SU ML: 0.145 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.199 / ESU R Free: 0.174 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2379	1913	5.002 %
R_work	0.1942	36331	-
all	0.196	-	-
obs	-	38244	99.096 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.097 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.007 Å²	-0 Å²	-0.514 Å²
2-	-	0.614 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.349 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.04→43.932 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4398	0	0	77	4475

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	4479
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	4365
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.86	1.639	6040
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.431	1.585	10097
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.326	5	541
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.476	23.973	224
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.624	15	860
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.626	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	566
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	4938
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	962
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	929
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.186	0.2	3934
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	2222
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	2247
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.186	0.2	113
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.104	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.224	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.221	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.181	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.397	4.09	2170
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.397	4.089	2169
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.123	6.12	2709
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.122	6.12	2710
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.962	4.552	2308
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.961	4.552	2309
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.2	6.628	3330
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.199	6.629	3331
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.777	47.82	5057
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.777	47.801	5053
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.157	0.05	8059

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.15665	0.05006
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.15665	0.05006

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.04-2.093	0.312	141	0.295	2672	0.296	2840	0.764	0.775	99.0493	0.285
2.093-2.15	0.289	137	0.269	2594	0.27	2756	0.823	0.84	99.0929	0.251
2.15-2.212	0.321	133	0.243	2535	0.247	2686	0.817	0.872	99.3299	0.223
2.212-2.28	0.287	128	0.23	2427	0.232	2597	0.877	0.895	98.3827	0.206
2.28-2.355	0.216	125	0.209	2388	0.209	2550	0.918	0.922	98.549	0.188
2.355-2.437	0.268	123	0.212	2335	0.215	2465	0.897	0.907	99.716	0.186
2.437-2.529	0.251	118	0.21	2229	0.212	2357	0.909	0.917	99.5757	0.184
2.529-2.632	0.29	113	0.208	2163	0.212	2290	0.903	0.923	99.3886	0.187
2.632-2.748	0.254	109	0.215	2062	0.217	2185	0.907	0.92	99.3593	0.19
2.748-2.882	0.27	103	0.201	1958	0.204	2076	0.904	0.926	99.2775	0.18
2.882-3.037	0.245	98	0.191	1870	0.194	1994	0.917	0.936	98.6961	0.176
3.037-3.22	0.215	94	0.189	1769	0.191	1891	0.937	0.942	98.5193	0.178
3.22-3.441	0.302	87	0.212	1666	0.216	1787	0.881	0.928	98.0974	0.207
3.441-3.715	0.23	82	0.201	1556	0.203	1639	0.938	0.939	99.939	0.199
3.715-4.067	0.222	77	0.17	1464	0.172	1542	0.931	0.952	99.9352	0.177
4.067-4.542	0.18	69	0.166	1298	0.166	1369	0.952	0.96	99.8539	0.182
4.542-5.235	0.203	61	0.166	1169	0.168	1234	0.95	0.961	99.6758	0.183
5.235-6.389	0.324	51	0.211	961	0.217	1044	0.933	0.95	96.9349	0.235
6.389-8.941	0.185	40	0.178	761	0.178	808	0.969	0.962	99.1337	0.207
8.941-43.932	0.19	24	0.158	454	0.16	479	0.969	0.973	99.7912	0.195

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.781	-0.2771	0.3892	0.1056	-0.1737	0.508	-0.1042	-0.059	-0.0237	0.0299	0.0323	-0.0188	-0.084	-0.1312	0.0719	0.1009	0.0269	0.0183	0.0384	-0.0212	0.1565	-31.4724	-11.4438	13.2054
2	0.1573	-0.2193	0.2403	0.3382	-0.4005	1.5834	0.0339	0.0028	0.0398	0.0188	-0.0053	-0.0377	-0.1632	0.0094	-0.0286	0.1479	-0.0018	0.0262	0.0013	-0.0135	0.171	-16.0011	-19.2731	27.5276

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	1 - 275
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BBB	1 - 268

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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