PDB-7png: Solution structure of 1:1 complex of an indoloquinoline derivativ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7png

タイトル

Solution structure of 1:1 complex of an indoloquinoline derivative SYUIQ-5 to parallel quadruplex-duplex (Q-D) hybrid

要素

DNA (37-MER)

キーワード

DNA / G-quadruplex / duplex / Quadruplex-duplex junction / SYUIQ-5 / complex

機能・相同性

Chem-7V5 / DNA / DNA (> 10)

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Vianney, Y.M. / Weisz, K.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Chemistry / 年: 2022
タイトル: Indoloquinoline Ligands Favor Intercalation at Quadruplex-Duplex Interfaces.
著者: Vianney, Y.M. / Weisz, K.

履歴

登録	2021年9月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年12月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年1月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2022年2月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2022年2月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.4	2024年6月19日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7png.cif.gz	242.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7png.ent.gz	198.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7png.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7png_validation.pdf.gz	419.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7png_full_validation.pdf.gz	477.2 KB	表示
XML形式データ	7png_validation.xml.gz	10.9 KB	表示
CIF形式データ	7png_validation.cif.gz	17.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/7png ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/7png	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7pneC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6j4k-d 1pfc-d 1rri-d 1wq2-d 4tt2-d 6fip-d 7m1o-d 1dhn-d 4ddj-d 1rsi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 34665Solution structure of 1:1 complex of an indoloquinoline derivative SYUIQ-5 to parallel quadruplex-duplex (Q-D) hybrid

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#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
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類似性 (1)
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類似性 (2)
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TALエフェクター (TAL Effectors)
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#150 - 2012年6月
スライディングクランプ (Sliding Clamps)
類似性 (1)
#135 - 2011年3月
インテグラーゼ (Integrase)
類似性 (1)
#40 - 2003年4月
RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase)
類似性 (1)
#155 - 2012年11月
ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
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トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
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#3 - 2000年3月
DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase)
類似性 (1)
#139 - 2011年7月
DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase)
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#125 - 2010年5月
パルボウイルス (Parvoviruses)
類似性 (1)
#131 - 2010年11月
インテイン (Inteins)
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制限酵素 (Restriction Enzymes)
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#7 - 2000年7月
ヌクレオソーム (Nucleosome)
類似性 (1)
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DNAリガーゼ (DNA Ligase)
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#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
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#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
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2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
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#33 - 2002年9月
HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase)
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p53腫瘍抑制因子 (p53 Tumor Suppressor)
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タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
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#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (37-MER)

ヘテロ分子

11.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 10	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: DNA鎖	DNA (37-MER) 分子量: 11210.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-7V5 / ~{N}-(5~{H}-indolo[3,2-b]quinolin-11-yl)-~{N}',~{N}'-dimethyl-propane-1,3-diamine 分子量: 320.431 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₄N₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D 1H-13C HSQC aromatic
1	2	1	isotropic	1	2D DQF-COSY
1	3	1	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY
1	4	1	isotropic	1	2D 1H-1H TOCSY

-
試料調製

詳細	タイプ: solution / 内容: 1 mM 0 DNA, 90% H2O/10% D2O / 詳細: Mycdup3-sbl : SYUIQ5 / Label: 1 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 1 mM / 構成要素: DNA / Isotopic labeling: 0
試料状態	詳細: Mycdup3-sbl : SYUIQ5 10mM K 303K / イオン強度: 10 mM / Label: conditions 1 / pH: 7.0 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE NEO / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE NEO / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CcpNmr Analysis	2.4.2	CCPN	chemical shift assignment
TopSpin	4.0.7	Bruker Biospin	解析
CcpNmr Analysis	2.4.2	CCPN	データ解析
X-PLOR NIH	3.0.3	Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore	structure calculation
Amber	16	Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 5

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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