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- PDB-7plq: Crystal structure of the PARP domain of wheat SRO1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7plq
タイトルCrystal structure of the PARP domain of wheat SRO1
要素SIMILAR TO RCD1 (SRO1)
キーワードPLANT PROTEIN / poly(ADP-ribose)-polymerase (PARP) domain
機能・相同性
機能・相同性情報


response to stress / NAD+ poly-ADP-ribosyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
Inactive poly [ADP-ribose] polymerase RCD1/SRO1-5 / RST domain / RCD1-SRO-TAF4 (RST) plant domain / RST domain profile. / Poly(ADP-ribose) polymerase, catalytic domain / PARP catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
1-ETHOXY-2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANE / PARP catalytic domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Triticum aestivum (コムギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Wirthmueller, L. / Loll, B.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)WI 3670/2-1 ドイツ
引用
ジャーナル: Plant Cell / 年: 2022
タイトル: The superior salinity tolerance of bread wheat cultivar Shanrong No. 3 is unlikely to be caused by elevated Ta-sro1 poly-(ADP-ribose) polymerase activity.
著者: Vogt, S. / Feijs, K. / Hosch, S. / De Masi, R. / Lintermann, R. / Loll, B. / Wirthmueller, L.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: The superior salinity tolerance of wheat cultivar Shanrong No. 3 cannot be attributed to elevated Ta-sro1 poly(ADP-ribose) polymerase activity
著者: Vogt, S. / Feijs, K. / Hosch, S. / Lintermann, R. / Loll, B. / Wirthmueller, L.
履歴
登録2021年9月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22022年11月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SIMILAR TO RCD1 (SRO1)
B: SIMILAR TO RCD1 (SRO1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4508
ポリマ－43,8792
非ポリマー5716
水1,49583
1
A: SIMILAR TO RCD1 (SRO1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,1283
ポリマ－21,9401
非ポリマー1882
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: SIMILAR TO RCD1 (SRO1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3225
ポリマ－21,9401
非ポリマー3824
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.513, 34.373, 132.581
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.220, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 250 through 261 or resid 263...
21(chain B and (resid 250 through 261 or resid 263...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11VALVALGLYGLY(chain A and (resid 250 through 261 or resid 263...AA250 - 2617 - 18
12GLYGLYTYRTYR(chain A and (resid 250 through 261 or resid 263...AA263 - 27520 - 32
13THRTHRGLNGLN(chain A and (resid 250 through 261 or resid 263...AA277 - 29234 - 49
14GLUGLULYSLYS(chain A and (resid 250 through 261 or resid 263...AA294 - 29951 - 56
15HISHISLYSLYS(chain A and (resid 250 through 261 or resid 263...AA301 - 31658 - 73
16THRTHRLYSLYS(chain A and (resid 250 through 261 or resid 263...AA318 - 33275 - 89
17VALVALTYRTYR(chain A and (resid 250 through 261 or resid 263...AA338 - 35795 - 114
18ASPASPLEULEU(chain A and (resid 250 through 261 or resid 263...AA359 - 402116 - 159
19PROPROASNASN(chain A and (resid 250 through 261 or resid 263...AA405 - 414162 - 171
110HISHISHISHIS(chain A and (resid 250 through 261 or resid 263...AA416173
111HISHISALAALA(chain A and (resid 250 through 261 or resid 263...AA418 - 429175 - 186
21VALVALGLYGLY(chain B and (resid 250 through 261 or resid 263...BB250 - 2617 - 18
22GLYGLYTYRTYR(chain B and (resid 250 through 261 or resid 263...BB263 - 27520 - 32
23THRTHRGLNGLN(chain B and (resid 250 through 261 or resid 263...BB277 - 29234 - 49
24GLUGLULYSLYS(chain B and (resid 250 through 261 or resid 263...BB294 - 29951 - 56
25HISHISLYSLYS(chain B and (resid 250 through 261 or resid 263...BB301 - 31658 - 73
26THRTHRLYSLYS(chain B and (resid 250 through 261 or resid 263...BB318 - 33275 - 89
27VALVALTYRTYR(chain B and (resid 250 through 261 or resid 263...BB338 - 35795 - 114
28ASPASPLEULEU(chain B and (resid 250 through 261 or resid 263...BB359 - 402116 - 159
29PROPROASNASN(chain B and (resid 250 through 261 or resid 263...BB405 - 414162 - 171
210HISHISHISHIS(chain B and (resid 250 through 261 or resid 263...BB416173
211HISHISALAALA(chain B and (resid 250 through 261 or resid 263...BB418 - 429175 - 186

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 SIMILAR TO RCD1 (SRO1)


分子量: 21939.543 Da / 分子数: 2 / 断片: PARP domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Triticum aestivum (コムギ) / プラスミド: pOPIN-F / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SHuffle / 参照: UniProt: A0A3B6LXD6

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非ポリマー , 5種, 89分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-P4G / 1-ETHOXY-2-(2-ETHOXYETHOXY)ETHANE / ジエチレングリコ-ルジエチルエ-テル


分子量: 162.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O3
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.8 / 詳細: 0.1 MES, 0.2 M ammonium sulfate, 17% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→43.35 Å / Num. obs: 37083 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 6.97 % / Biso Wilson estimate: 40.39 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rrim(I) all: 0.0194 / Net I/σ(I): 8.69
反射 シェル解像度: 2.13→2.26 Å / 冗長度: 6.28 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 5558 / CC1/2: 0.416 / Rrim(I) all: 0.1664 / % possible all: 89.7

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SOLVE位相決定
PHENIX1.19.1_4122精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.13→43.35 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 29.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2656 973 5 %
Rwork0.2141 18479 -
obs0.2167 19452 97.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 186.38 Å2 / Biso mean: 52.1544 Å2 / Biso min: 22.54 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.13→43.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2846 0 33 83 2962
Biso mean--55.02 43.51 -
残基数----361
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1404X-RAY DIFFRACTION7.875TORSIONAL
12B1404X-RAY DIFFRACTION7.875TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.13-2.240.34981270.2962417254490
2.24-2.380.34921400.27972653279399
2.38-2.570.31151390.248226372776100
2.57-2.820.28871420.21712694283699
2.82-3.230.25231370.20072613275097
3.23-4.070.25761420.18632686282899
4.07-43.350.23631460.21022779292598
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0461-0.41420.21251.22110.51015.0774-0.0150.06050.01760.03490.0409-0.0015-0.083-0.2078-0.03130.3705-0.00230.04240.29620.0220.29643.52859.09747.6343
21.8827-0.1656-1.96211.84590.52434.8601-0.0106-0.0479-0.01550.04690.0190.2164-0.0081-0.4315-0.00430.3310.0199-0.0280.28440.03450.31049.82385.897214.9182
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 250 through 431)A250 - 431
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 247 through 429)B247 - 429

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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