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- PDB-7ple: ArsH of Paracoccus denitrificans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ple
タイトルArsH of Paracoccus denitrificans
要素NADPH-dependent FMN reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / ArsH / Flavinreductase / Paracoccus denitrificans
機能・相同性Arsenate resistance ArsH / NADPH-dependent FMN reductase-like / NADPH-dependent FMN reductase / Flavoprotein-like superfamily / oxidoreductase activity / NADPH-dependent FMN reductase
機能・相同性情報
生物種Paracoccus denitrificans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Kryl, M.
資金援助 チェコ, 1件
組織認可番号国
Czech Science Foundation16-18476S チェコ
引用ジャーナル: Antioxidants / 年: 2022
タイトル: The ArsH Protein Product of the Paracoccus denitrificans ars Operon Has an Activity of Organoarsenic Reductase and Is Regulated by a Redox-Responsive Repressor.
著者: Sedlacek, V. / Kryl, M. / Kucera, I.
履歴
登録2021年8月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月25日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: citation / citation_author / refine
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _refine.pdbx_diffrn_id
改定 1.22022年6月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADPH-dependent FMN reductase
B: NADPH-dependent FMN reductase
C: NADPH-dependent FMN reductase
D: NADPH-dependent FMN reductase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,9724
ポリマ－122,9724
非ポリマー00
水3,801211
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14700 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area32430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.950, 112.950, 204.410
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"

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要素

#1: タンパク質
NADPH-dependent FMN reductase


分子量: 30742.939 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paracoccus denitrificans (strain Pd 1222) (バクテリア)
株: Pd 1222 / 遺伝子: Pden_3133, Pden_3339 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A1B6S0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.82 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9
詳細: 4.77 M sodium acetate, 3% w/v 6-aminohexanoic acid, 80 mM HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,k,-l / Fraction: 0.12
反射解像度: 2.6→97.82 Å / Num. obs: 47156 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 2 % / Rpim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Num. unique obs: 4684 / CC1/2: 0.34 / Rpim(I) all: 0.226 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: custom homologous model

解像度: 2.6→97.82 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 844.86 / 位相誤差: 39.439
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2775 2011 4.26 %
Rwork0.2553 45145 -
obs0.3151 47156 100 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 43.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→97.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6710 0 0 212 6922
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00526836
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.80899221
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04641048
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00541179
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.18542524
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.670.38191370.40133182X-RAY DIFFRACTION95.87
2.67-2.740.39851410.38533168X-RAY DIFFRACTION95.74
2.74-2.820.41781430.36713196X-RAY DIFFRACTION95.72
2.82-2.910.35971400.34933171X-RAY DIFFRACTION95.77
2.91-3.010.34761410.33883185X-RAY DIFFRACTION95.76
3.01-3.130.32641400.33323198X-RAY DIFFRACTION95.81
3.13-3.280.3551400.33523182X-RAY DIFFRACTION95.79
3.28-3.450.33491470.3253217X-RAY DIFFRACTION95.63
3.45-3.660.33461460.32023202X-RAY DIFFRACTION95.64
3.66-3.950.32141430.30793215X-RAY DIFFRACTION95.74
3.95-4.340.31381440.28153270X-RAY DIFFRACTION95.78
4.35-4.970.29071450.27063243X-RAY DIFFRACTION95.72
4.97-6.260.30041450.27223281X-RAY DIFFRACTION95.77
6.27-97.820.32731590.2983435X-RAY DIFFRACTION95.58

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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