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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4z9c | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | EcPltAB Oxidized | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | TRANSFERASE / Redox switch / Pertussis toxin / Typhoid toxin / ADP-ribosyltransferase / Escherichia coli / AB5 | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationNAD+ poly-ADP-ribosyltransferase activity / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / nucleotide binding / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.35 Å | ||||||
Authors | Littler, D.R. / Johnson, M.D. / Summers, R.J. / Schembri, M.A. / Rossjohn, J. / Beddoe, T. | ||||||
Citation | Journal: J. Biol. Chem. / Year: 2017Title: Structure and function analyses of a pertussis-like toxin from pathogenic Escherichia coli reveal a distinct mechanism of inhibition of trimeric G proteins. Authors: Littler, D.R. / Ang, S.Y. / Moriel, D.G. / Kocan, M. / Kleifeld, O. / Johnson, M.D. / Tran, M.T. / Paton, A.W. / Paton, J.C. / Summers, R. / Schrembri, M. / Rossjohn, J. / Beddoe, T.T. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 4z9c.cif.gz | 343.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb4z9c.ent.gz | 283 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 4z9c.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 4z9c_validation.pdf.gz | 491.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 4z9c_full_validation.pdf.gz | 506.6 KB | Display | |
| Data in XML | 4z9c_validation.xml.gz | 30.1 KB | Display | |
| Data in CIF | 4z9c_validation.cif.gz | 41 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/4z9c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z9/4z9c | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 4z9dC ![]() 3dwaS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
|---|---|
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
| ||||||||
| Unit cell |
|
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Components
| #1: Protein | Mass: 27565.160 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() References: UniProt: A0A0B1KWV6, NAD+ ADP-ribosyltransferase | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| #2: Protein | Mass: 14683.417 Da / Num. of mol.: 5 / Fragment: UNP residues 25-141 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #3: Chemical | ChemComp-PO4 / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.32 Å3/Da / Density % sol: 46.94 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 Details: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 15% w/v PEG3350 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.9537 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Mar 5, 2014 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9537 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.35→49.42 Å / Num. obs: 38825 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 12.1 |
| Reflection shell | Resolution: 2.35→2.48 Å / Redundancy: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.356 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.7 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB entry 3DWA Resolution: 2.35→40.312 Å / SU ML: 0.31 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 28.35 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.35→40.312 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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X-RAY DIFFRACTION
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