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万見
- PDB-7pi7: PfCyRPA bound to monoclonal antibody Cy.002 Fab fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pi7
タイトルPfCyRPA bound to monoclonal antibody Cy.002 Fab fragment
要素
  • Cysteine-rich protective antigen
  • Monoclonal antibody Cy.002 heavy chain
  • Monoclonal antibody Cy.002 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / malaria / Plasmodium falciparum / monoclonal antibody / vaccine
機能・相同性
機能・相同性情報


microneme lumen / microneme / symbiont entry into host / apical part of cell / cytoplasmic vesicle / host extracellular space / host cell plasma membrane / protein-containing complex / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cysteine-rich protective antigen 6 bladed domain / Cysteine-Rich Protective Antigen 6 bladed domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Cysteine-rich protective antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.72 Å
データ登録者Ragotte, R.J. / Higgins, M.K.
資金援助1件
組織認可番号国
Wellcome Trust
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Heterotypic interactions drive antibody synergy against a malaria vaccine candidate.
著者: Ragotte, R.J. / Pulido, D. / Lias, A.M. / Quinkert, D. / Alanine, D.G.W. / Jamwal, A. / Davies, H. / Nacer, A. / Lowe, E.D. / Grime, G.W. / Illingworth, J.J. / Donat, R.F. / Garman, E.F. / ...著者: Ragotte, R.J. / Pulido, D. / Lias, A.M. / Quinkert, D. / Alanine, D.G.W. / Jamwal, A. / Davies, H. / Nacer, A. / Lowe, E.D. / Grime, G.W. / Illingworth, J.J. / Donat, R.F. / Garman, E.F. / Bowyer, P.W. / Higgins, M.K. / Draper, S.J.
履歴
登録2021年8月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cysteine-rich protective antigen
B: Monoclonal antibody Cy.002 heavy chain
C: Monoclonal antibody Cy.002 light chain
D: Cysteine-rich protective antigen
E: Monoclonal antibody Cy.002 heavy chain
F: Monoclonal antibody Cy.002 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,7996
ポリマ－174,7996
非ポリマー00
水1,36976
1
A: Cysteine-rich protective antigen
B: Monoclonal antibody Cy.002 heavy chain
C: Monoclonal antibody Cy.002 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,3993
ポリマ－87,3993
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6040 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area32600 Å2
手法PISA
2
D: Cysteine-rich protective antigen
E: Monoclonal antibody Cy.002 heavy chain
F: Monoclonal antibody Cy.002 light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,3993
ポリマ－87,3993
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5970 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area33110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)205.050, 80.690, 117.360
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.730, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Cysteine-rich protective antigen / Inactive sialidase CyRPA / PfCyRPA


分子量: 40184.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: CyRPA, pfd1130w, PF3D7_0423800 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8IFM8
#2: 抗体 Monoclonal antibody Cy.002 heavy chain


分子量: 23525.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Monoclonal antibody Cy.002 light chain


分子量: 23690.127 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.23 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M lithium sulfate, 30 % polyvinylpyrrolidone K15, 0.1 M HEPES pH7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.72→48.55 Å / Num. obs: 169805 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 2.72→2.81 Å / Num. unique obs: 15709 / CC1/2: 0.864

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4 (20-APR-2021)精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TIH

5tih


解像度: 2.72→37.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.869 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.841 / SU R Cruickshank DPI: 2.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 1.453 / SU Rfree Blow DPI: 0.389 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.403
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3005 2096 4.28 %RANDOM
Rwork0.2728 ---
obs0.274 48960 99.8 %-
原子変位パラメータBiso max: 229.92 Å2 / Biso mean: 100.55 Å2 / Biso min: 30 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-21.2625 Å20 Å28.8946 Å2
2---38.2103 Å20 Å2
3---16.9478 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.51 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.72→37.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11867 0 0 76 11943
Biso mean---67.93 -
残基数----1377
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4142SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2054HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it12146HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1608SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8244SEMIHARMONIC0
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d12146HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg16479HARMONIC21.08
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.32
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.61
LS精密化 シェル解像度: 2.72→2.74 Å / Total num. of bins used: 51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3385 42 4.29 %
Rwork0.3862 938 -
all-980 -
obs--99.7 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.34970.3930.36240-0.27950.7409-0.06660.1144-0.04950.05440.02270.0494-0.03450.08590.0439-0.016-0.00670.0191-0.1167-0.0807-0.026319.7768-29.158141.8119
20.1776-0.3064-0.31430-0.46383.03440.1949-0.03490.0453-0.07910.13060.22120.02810.5628-0.3254-0.3040.0016-0.01230.304-0.16-0.23090.4216-29.786789.9358
30.6153-0.5402-1.30950.47081.08112.37240.0186-0.02740.12120.11480.1928-0.08050.190.1698-0.2114-0.01060.076-0.0006-0.001-0.1347-0.106-16.2608-23.725187.1643
41.98150.04930.88630.23040.21430.7780.0856-0.113-0.0497-0.1125-0.0552-0.07330.0301-0.1252-0.0305-0.03250.0197-0.0263-0.0982-0.0877-0.0262.747510.134741.0613
52.47040.2562-1.676801.92591.5955-0.1473-0.3650.50640.05850.41370.12330.23290.4509-0.2665-0.24750.1379-0.10370.304-0.1137-0.183239.195210.88684.5511
60.5406-0.4752-1.29510.01570.64742.9372-0.0111-0.07380.35720.16810.19850.04540.22970.5497-0.1874-0.16250.0939-0.07740.2169-0.1241-0.103330.37074.7591-9.7882
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|31 - A|361 }A31 - 361
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|20 - B|238 }B20 - 238
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|21 - C|236 }C21 - 236
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|31 - D|362 }D31 - 362
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|20 - E|238 }E20 - 238
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|21 - F|236 }F21 - 236

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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