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- PDB-7phx: Tsetse thrombin inhibitor in complex with human alpha-thrombin - ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7phx
タイトルTsetse thrombin inhibitor in complex with human alpha-thrombin - acid-stable sulfotyrosine analogue
要素
  • Thrombin heavy chain
  • Thrombin light chain
  • Tsetse thrombin inhibitor
キーワードBLOOD CLOTTING / anticoagulant / exosite II binding / sulfotyrosine sulfonate analogue
機能・相同性
機能・相同性情報


cytolysis by host of symbiont cells / thrombospondin receptor activity / thrombin-activated receptor signaling pathway / Defective factor XII causes hereditary angioedema / thrombin / negative regulation of astrocyte differentiation / regulation of blood coagulation / positive regulation of phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / Defective F8 cleavage by thrombin ...cytolysis by host of symbiont cells / thrombospondin receptor activity / thrombin-activated receptor signaling pathway / Defective factor XII causes hereditary angioedema / thrombin / negative regulation of astrocyte differentiation / regulation of blood coagulation / positive regulation of phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / Defective F8 cleavage by thrombin / Platelet Aggregation (Plug Formation) / ligand-gated ion channel signaling pathway / positive regulation of collagen biosynthetic process / negative regulation of platelet activation / negative regulation of blood coagulation / positive regulation of blood coagulation / negative regulation of fibrinolysis / regulation of cytosolic calcium ion concentration / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Gamma-carboxylation of protein precursors / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / fibrinolysis / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / negative regulation of proteolysis / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / Peptide ligand-binding receptors / Regulation of Complement cascade / acute-phase response / Cell surface interactions at the vascular wall / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / lipopolysaccharide binding / growth factor activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of insulin secretion / platelet activation / response to wounding / positive regulation of protein localization to nucleus / Golgi lumen / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / blood coagulation / regulation of cell shape / heparin binding / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / : / positive regulation of cell growth / blood microparticle / G alpha (q) signalling events / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor ligand activity / endoplasmic reticulum lumen / signaling receptor binding / serine-type endopeptidase activity / positive regulation of cell population proliferation / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Prothrombin/thrombin / Thrombin light chain / Thrombin light chain domain superfamily / : / Thrombin light chain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. ...Prothrombin/thrombin / Thrombin light chain / Thrombin light chain domain superfamily / : / Thrombin light chain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Kringle-like fold / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tsetse thrombin inhibitor / Prothrombin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Glossina morsitans morsitans (ハエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Pereira, P.J.B. / Ripoll-Rozada, J. / Calisto, B.M.
資金援助 ポルトガル, 2件
組織認可番号国
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaPTDC/BIA-BQM/2494/2020 ポルトガル
Fundacao para a Ciencia e a TecnologiaDL 57/2016/CP1355/CT0011 ポルトガル
引用ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2021
タイトル: Synthesis and evaluation of peptidic thrombin inhibitors bearing acid-stable sulfotyrosine analogues.
著者: Dowman, L.J. / Agten, S.M. / Ripoll-Rozada, J. / Calisto, B.M. / Pereira, P.J.B. / Payne, R.J.
履歴
登録2021年8月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22021年10月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Thrombin light chain
H: Thrombin heavy chain
I: Tsetse thrombin inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6505
ポリマ－37,4053
非ポリマー2442
水2,396133
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5790 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area12550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.700, 80.788, 85.891
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 LI

#1: タンパク質・ペプチド Thrombin light chain


分子量: 4096.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00734
#3: タンパク質・ペプチド Tsetse thrombin inhibitor


分子量: 3528.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Glossina morsitans morsitans (ハエ) / 参照: UniProt: O97373

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 H

#2: タンパク質 Thrombin heavy chain


分子量: 29780.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00734
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 134分子

#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M ammonium acetate, 25% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→42.95 Å / Num. obs: 27532 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 31.07 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rpim(I) all: 0.023 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.536 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 1617 / CC1/2: 0.834 / Rpim(I) all: 0.34 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6TKG

6tkg


解像度: 1.8→42.95 Å / SU ML: 0.2294 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.4648
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.221 1336 4.86 %
Rwork0.1828 26132 -
obs0.1848 27468 95.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 48.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→42.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2412 0 15 133 2560
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00812517
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.00543406
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0632358
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081441
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3909960
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.860.42721250.36472602X-RAY DIFFRACTION96.84
1.86-1.940.34181210.28772605X-RAY DIFFRACTION96.09
1.94-2.030.29931260.24232581X-RAY DIFFRACTION94.62
2.03-2.130.27411340.21932641X-RAY DIFFRACTION97.4
2.13-2.270.30511390.2092628X-RAY DIFFRACTION96.61
2.27-2.440.23581150.19112564X-RAY DIFFRACTION93.41
2.44-2.690.21691410.19382644X-RAY DIFFRACTION96.8
2.69-3.080.20891470.18522639X-RAY DIFFRACTION95.74
3.08-3.880.21281270.15612614X-RAY DIFFRACTION93.49
3.88-42.950.18511610.15632614X-RAY DIFFRACTION89.98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.71535302250.270796547060.3384984331114.99599953999-1.564086480252.071460100390.749560950157-0.720854788730.1251872922960.904574287372-0.09226480451040.385642309452-0.507159993057-0.220853195557-0.5857335835020.7262157548150.02227988615410.134889704310.3484873870950.02179671033860.284756827291-2.553626695888.8314439839328.3306258448
22.26153115422-0.362019420773-0.5709159070780.7793925324871.434935198042.690208635410.203014484284-0.5278314911740.2951934259420.3410017493620.317073045255-0.223868245125-0.148213097270.3767205732080.4153706311761.43249391284-0.07408160633440.1446982283170.369357307414-0.156961820.01573163204175.1097464677712.294080161730.647567558
38.847582282150.448027114924-1.156588734993.69323584038-2.863427694032.301853772910.208104878387-0.4576909729141.107577842480.457674444581-0.597620874412-0.0137475740317-1.049843128320.008047319623080.3281915545940.862520856873-0.0668742363774-0.0002271081632360.318349940856-0.09648093836570.4638598948518.6557509316420.974503626319.6765821178
41.739595658740.958112870293-1.265446939642.34307456636-0.2955657390052.73601549185-0.1228324385390.199362079654-0.221611726442-0.2519751916690.03545556566060.07976407582570.677799730042-0.1761716395520.08784812126750.629718989741-0.00792358664270.02367425479140.25038324844-0.005166287731440.2793443150810.25116493486-5.8040125288712.932703582
52.0403987090.807792626384-0.3551613982022.66336484559-0.4712285675792.891765784740.117423416949-0.0152855261790.03006980974830.225956097605-0.06232279293090.194878805988-0.1180685188290.0197989045862-0.07176731325720.5562421768180.03811949916530.06007679919180.19013115148-0.003788792135330.1980483610642.785594876815.2151504128616.6008011215
62.249535619550.734623123858-1.191270453422.52089668084-0.4545754129192.550229102150.02419121111670.2685746726850.226025730679-0.4343867499360.1202675885520.0979169232769-0.200263247883-0.00974072145809-0.1215771818410.5648587728440.0179608854310.008546994028970.220329007520.01963241374730.2041297491574.491127510149.310934463527.02736754256
72.40327749682-1.70006064013-1.560464798584.126886441311.152256374441.166690194450.3218639538380.7811620420910.130872233265-0.429434039511-0.228466048520.649427680573-0.472301632583-0.742214370314-0.1592764620650.895532971489-0.00598216091258-0.05938931231650.549525055950.1726168730010.303576828922-3.4410662246313.55495877650.0720289280918
82.595336161610.138330002217-1.768481285981.4202244169-1.301746246264.817799160980.1531522968160.0156369963552-0.0941168755301-0.283996805475-0.07120849139230.2362994669960.128769454919-0.405165782411-0.07552709366511.125416004850.03173919438360.05410379612520.4423654248890.03450713756170.27319630200910.833145439-2.09979838143-3.00466695443
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'L' and (resid 291 through 299 )LA291 - 2991 - 9
22chain 'L' and (resid 300 through 308 )LA300 - 30810 - 18
33chain 'L' and (resid 309 through 319 )LA309 - 31919 - 29
44chain 'H' and (resid 321 through 420 )HB321 - 4201 - 100
55chain 'H' and (resid 421 through 489 )HB421 - 489101 - 162
66chain 'H' and (resid 490 through 574 )HB490 - 574163 - 247
77chain 'I' and (resid 1 through 23 )IC - E1 - 231 - 15
88chain 'I' and (resid 24 through 32 )IE24 - 3216 - 24

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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