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- PDB-7phw: PfCyRPA bound to monoclonal antibody Cy.004 Fab fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7phw
タイトルPfCyRPA bound to monoclonal antibody Cy.004 Fab fragment
要素
  • Cysteine-rich protective antigen
  • Monoclonal antibody Cy.004 heavy chain
  • Monoclonal antibody Cy.004 light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / malaria / Plasmodium falciparum / monoclonal antibody / vaccine
機能・相同性
機能・相同性情報


microneme lumen / microneme / symbiont entry into host / apical part of cell / cytoplasmic vesicle / host extracellular space / host cell plasma membrane / protein-containing complex / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cysteine-rich protective antigen 6 bladed domain / Cysteine-Rich Protective Antigen 6 bladed domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Cysteine-rich protective antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.793 Å
データ登録者Ragotte, R.J. / Higgins, M.K.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Heterotypic interactions drive antibody synergy against a malaria vaccine candidate.
著者: Ragotte, R.J. / Pulido, D. / Lias, A.M. / Quinkert, D. / Alanine, D.G.W. / Jamwal, A. / Davies, H. / Nacer, A. / Lowe, E.D. / Grime, G.W. / Illingworth, J.J. / Donat, R.F. / Garman, E.F. / ...著者: Ragotte, R.J. / Pulido, D. / Lias, A.M. / Quinkert, D. / Alanine, D.G.W. / Jamwal, A. / Davies, H. / Nacer, A. / Lowe, E.D. / Grime, G.W. / Illingworth, J.J. / Donat, R.F. / Garman, E.F. / Bowyer, P.W. / Higgins, M.K. / Draper, S.J.
履歴
登録2021年8月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cysteine-rich protective antigen
B: Monoclonal antibody Cy.004 heavy chain
C: Monoclonal antibody Cy.004 light chain
D: Cysteine-rich protective antigen
E: Monoclonal antibody Cy.004 heavy chain
F: Monoclonal antibody Cy.004 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,76810
ポリマ－193,6086
非ポリマー1604
水00
1
A: Cysteine-rich protective antigen
B: Monoclonal antibody Cy.004 heavy chain
C: Monoclonal antibody Cy.004 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,8845
ポリマ－96,8043
非ポリマー802
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Cysteine-rich protective antigen
E: Monoclonal antibody Cy.004 heavy chain
F: Monoclonal antibody Cy.004 light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,8845
ポリマ－96,8043
非ポリマー802
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)103.057, 80.316, 114.910
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.230, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Cysteine-rich protective antigen / Inactive sialidase CyRPA / PfCyRPA


分子量: 40184.039 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: CyRPA, pfd1130w, PF3D7_0423800 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8IFM8
#2: 抗体 Monoclonal antibody Cy.004 heavy chain


分子量: 34168.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Monoclonal antibody Cy.004 light chain


分子量: 22451.641 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.64 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20 % PEG 6000, 0.1 M Tris pH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→47.11 Å / Num. obs: 284862 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 2.79→2.87 Å / Num. unique obs: 13827 / CC1/2: 0.757

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4 (24-FEB-2021)精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TIH

5tih


解像度: 2.793→47.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.895 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.86 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.392
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2769 2164 5.15 %RANDOM
Rwork0.2391 ---
obs0.2411 42008 99 %-
原子変位パラメータBiso max: 176.5 Å2 / Biso mean: 90.11 Å2 / Biso min: 43.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--15.5246 Å20 Å29.2231 Å2
2---11.0269 Å20 Å2
3---26.5515 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.44 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.793→47.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11676 0 4 0 11680
Biso mean--82.54 --
残基数----1494
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4033SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2025HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it11956HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1574SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8649SEMIHARMONIC0
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d11956HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg16224HARMONIC21.06
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.09
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.45
LS精密化 シェル解像度: 2.793→2.82 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.434 49 5.83 %
Rwork0.4146 792 -
obs--77.47 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.30920.59510.04670.8794-0.28693.23850.02940.03710.02720.041-0.0146-0.0415-0.14110.0606-0.01480.21350.060.0263-0.08190.02560.096686.9602-27.9585-14.2793
20.0907-0.2744-0.66610.43530.35284.4920.0303-0.05080.012-0.1224-0.0132-0.04-0.1233-0.2661-0.01710.0821-0.0333-0.04740.05470.01080.139569.4627-16.660635.703
30.3921-0.2216-0.257800.05952.74270.108-0.03150.09610.05440.0122-0.02640.42130.0337-0.12020.284-0.0962-0.0008-0.03030.00460.053177.4601-29.678646.0787
40.28720.29920.19650.14930.35496.7827-0.06870.24520.1320.2415-0.1052-0.19640.5535-0.20320.17390.2661-0.0698-0.0126-0.0565-0.0644-0.107276.221811.8057-39.4784
5-0.0142-0.2106-0.45130.753-0.60224.3143-0.1167-0.04640.1374-0.12250.2898-0.067-0.1632-0.4319-0.1731-0.0404-0.0071-0.07850.17230.02120.131360.332125.451811.8071
6-0.0079-0.08680.03880-0.02933.5303-0.0329-0.1320.0768-0.15270.2013-0.15550.4287-0.4744-0.16840.2760.007-0.03280.05070.04510.006866.85611.325521.656
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A31 - 362
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B20 - 246
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C23 - 231
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D31 - 362
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }E20 - 245
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }F24 - 230

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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