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- PDB-7pgb: NaV_Ae1/Sp1CTD_pore-SAT09 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pgb
タイトルNaV_Ae1/Sp1CTD_pore-SAT09 complex
要素
  • (SAT09 fab fragment, ...) x 2
  • Ion transport protein,Voltage-gated sodium channel
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ion channel membrane protein transport protein antibody complex
機能・相同性
機能・相同性情報


voltage-gated sodium channel complex / membrane depolarization during action potential / voltage-gated sodium channel activity / monoatomic cation channel activity / membrane => GO:0016020 / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Voltage-dependent channel domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
4-NITROBENZOIC ACID / BENZENE HEXACARBOXYLIC ACID / DODECANE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / PENTANE / N-OCTANE / HEXADECANE / Voltage-gated sodium channel / Ion transport protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Alkalilimnicola ehrlichii (紅色硫黄細菌)
Ruegeria pomeroyi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Lolicato, M. / Arrigoni, C.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI) 米国
National Institutes of Health/National Institute on Deafness and Other Communication Disorders (NIH/NIDCD) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2022
タイトル: Quaternary structure independent folding of voltage-gated ion channel pore domain subunits.
著者: Arrigoni, C. / Lolicato, M. / Shaya, D. / Rohaim, A. / Findeisen, F. / Fong, L.K. / Colleran, C.M. / Dominik, P. / Kim, S.S. / Schuermann, J.P. / DeGrado, W.F. / Grabe, M. / Kossiakoff, A.A. / Minor Jr., D.L.
履歴
登録2021年8月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年6月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
H: SAT09 fab fragment, heavy chain
L: SAT09 fab fragment, light chain
c: Ion transport protein,Voltage-gated sodium channel
A: SAT09 fab fragment, heavy chain
B: SAT09 fab fragment, light chain
C: Ion transport protein,Voltage-gated sodium channel
R: SAT09 fab fragment, heavy chain
S: SAT09 fab fragment, light chain
T: Ion transport protein,Voltage-gated sodium channel
U: SAT09 fab fragment, heavy chain
V: SAT09 fab fragment, light chain
W: Ion transport protein,Voltage-gated sodium channel
X: SAT09 fab fragment, heavy chain
Y: SAT09 fab fragment, light chain
Z: Ion transport protein,Voltage-gated sodium channel
a: SAT09 fab fragment, heavy chain
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d: Ion transport protein,Voltage-gated sodium channel
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n: SAT09 fab fragment, light chain
l: Ion transport protein,Voltage-gated sodium channel
p: SAT09 fab fragment, heavy chain
q: SAT09 fab fragment, light chain
o: Ion transport protein,Voltage-gated sodium channel
f: SAT09 fab fragment, heavy chain
g: SAT09 fab fragment, light chain
i: SAT09 fab fragment, heavy chain
k: SAT09 fab fragment, light chain
h: Ion transport protein,Voltage-gated sodium channel
e: Ion transport protein,Voltage-gated sodium channel
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)660,553107
ポリマ－643,30230
非ポリマー17,25177
水1629
1
H: SAT09 fab fragment, heavy chain
L: SAT09 fab fragment, light chain
c: Ion transport protein,Voltage-gated sodium channel
R: SAT09 fab fragment, heavy chain
S: SAT09 fab fragment, light chain
T: Ion transport protein,Voltage-gated sodium channel
X: SAT09 fab fragment, heavy chain
Y: SAT09 fab fragment, light chain
Z: Ion transport protein,Voltage-gated sodium channel
f: SAT09 fab fragment, heavy chain
g: SAT09 fab fragment, light chain
i: SAT09 fab fragment, heavy chain
k: SAT09 fab fragment, light chain
h: Ion transport protein,Voltage-gated sodium channel
e: Ion transport protein,Voltage-gated sodium channel
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)330,85857
ポリマ－321,65115
非ポリマー9,20742
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: SAT09 fab fragment, heavy chain
B: SAT09 fab fragment, light chain
C: Ion transport protein,Voltage-gated sodium channel
U: SAT09 fab fragment, heavy chain
V: SAT09 fab fragment, light chain
W: Ion transport protein,Voltage-gated sodium channel
a: SAT09 fab fragment, heavy chain
b: SAT09 fab fragment, light chain
d: Ion transport protein,Voltage-gated sodium channel
m: SAT09 fab fragment, heavy chain
n: SAT09 fab fragment, light chain
l: Ion transport protein,Voltage-gated sodium channel
p: SAT09 fab fragment, heavy chain
q: SAT09 fab fragment, light chain
o: Ion transport protein,Voltage-gated sodium channel
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)329,69550
ポリマ－321,65115
非ポリマー8,04435
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)200.865, 200.865, 327.727
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43
Space group name HallP4cw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+3/4
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#4: -x,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
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13
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103

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
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NCSアンサンブル:
ID
1
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IDCodeMatrixベクター
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25given(-0.587792847372, 0.808544723342, 0.0274772439302), (0.808786687578, 0.58648990199, 0.0435165354799), (0.0190699390408, 0.0478019373996, -0.998674777996)-238.561793288, 123.038188783, -60.2678519903
26given(-0.807685284941, -0.587043214156, -0.0549976836252), (0.588630707259, -0.808207368438, -0.0177409152734), (-0.0340348492288, -0.0467024016177, 0.998328861008)-224.336887223, 138.275965453, -2.92949697655
27given(-0.809143269597, 0.586640832261, -0.0337594903566), (-0.584941804337, -0.809607020293, -0.0487807157744), (-0.0559486800944, -0.0197232506523, 0.998238818409)-262.908805275, -19.9141090286, -6.74299567441

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 10分子 cCTWZdlohe

#3: タンパク質
Ion transport protein,Voltage-gated sodium channel


分子量: 16121.689 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alkalilimnicola ehrlichii (strain ATCC BAA-1101 / DSM 17681 / MLHE-1) (紅色硫黄細菌), (組換発現) Ruegeria pomeroyi (strain ATCC 700808 / DSM 15171 / DSS-3) (バクテリア)
株: ATCC BAA-1101 / DSM 17681 / MLHE-1, ATCC 700808 / DSM 15171 / DSS-3
遺伝子: Mlg_0322, SPO0030 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0ABW0, UniProt: F7IVA8

-
抗体 , 2種, 20分子 HARUXampfiLBSVYbnqgk

#1: 抗体
SAT09 fab fragment, heavy chain


分子量: 24885.594 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体
SAT09 fab fragment, light chain


分子量: 23322.895 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 11種, 86分子

#4: 化合物...
ChemComp-4NB / 4-NITROBENZOIC ACID / PARA NITROBENZOIC ACID


分子量: 167.119 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H5NO4
#5: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#6: 化合物
ChemComp-OCT / N-OCTANE / オクタン


分子量: 114.229 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18
#7: 化合物 ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル


分子量: 354.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 化合物
ChemComp-LNK / PENTANE / ペンタン


分子量: 72.149 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12
#9: 化合物
ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#10: 化合物 ChemComp-D12 / DODECANE / ドデカン


分子量: 170.335 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26
#11: 化合物 ChemComp-R16 / HEXADECANE / ヘキサデカン


分子量: 226.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34
#12: 化合物 ChemComp-BHC / BENZENE HEXACARBOXYLIC ACID / メリト酸


分子量: 342.169 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H6O12
#13: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#14: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 12-14% PEG4000 0.1M NaCl, 0.1M MgCl2, 1 M Na acetate, pH 3.2-3.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→15 Å / Num. obs: 147489 / % possible obs: 98.47 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 156.76 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.166 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 3.6→3.73 Å / Rmerge(I) obs: 1 / Num. unique obs: 14754 / CC1/2: 0.13

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Coot1.17.1_3660モデル構築
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5HK7

5hk7


解像度: 3.6→15 Å / SU ML: 0.6014 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.0704
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2321 7391 5.02 %
Rwork0.207 139933 -
obs0.2082 147324 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 190.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数41538 0 1197 9 42744
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00343781
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.734359411
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04756552
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00587394
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.483915348
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.6-3.640.35812420.37774579X-RAY DIFFRACTION98.81
3.64-3.680.41492540.38284673X-RAY DIFFRACTION99.52
3.68-3.730.37722340.39454674X-RAY DIFFRACTION99.68
3.73-3.770.39022800.37774607X-RAY DIFFRACTION99.96
3.77-3.820.38532360.36574638X-RAY DIFFRACTION99.98
3.82-3.870.36382620.34724698X-RAY DIFFRACTION99.96
3.87-3.930.37362560.34124598X-RAY DIFFRACTION99.96
3.93-3.990.3822380.34984647X-RAY DIFFRACTION100
3.99-4.050.3542500.32284702X-RAY DIFFRACTION99.98
4.05-4.110.32062250.30044652X-RAY DIFFRACTION100
4.11-4.180.29682210.2764757X-RAY DIFFRACTION99.98
4.18-4.260.29742550.24334586X-RAY DIFFRACTION100
4.26-4.340.25732260.22994665X-RAY DIFFRACTION100
4.34-4.420.26482280.2184685X-RAY DIFFRACTION100
4.42-4.510.2292350.19664710X-RAY DIFFRACTION100
4.52-4.620.21932620.19454605X-RAY DIFFRACTION100
4.62-4.730.2082370.18474704X-RAY DIFFRACTION100
4.73-4.850.22572410.19034657X-RAY DIFFRACTION100
4.85-4.990.24932860.18244655X-RAY DIFFRACTION100
4.99-5.140.22052340.18644683X-RAY DIFFRACTION99.92
5.15-5.320.19522270.18654634X-RAY DIFFRACTION100
5.32-5.520.192690.1734703X-RAY DIFFRACTION99.96
5.52-5.760.19942480.17644690X-RAY DIFFRACTION100
5.76-6.050.26232530.18794655X-RAY DIFFRACTION100
6.05-6.40.2062170.18834713X-RAY DIFFRACTION100
6.4-6.850.21892570.18994641X-RAY DIFFRACTION100
6.85-7.460.20212350.1864724X-RAY DIFFRACTION100
7.46-8.370.17292560.16444677X-RAY DIFFRACTION100
8.37-100.17572690.15164652X-RAY DIFFRACTION99.98
10-150.18892580.17124669X-RAY DIFFRACTION98.88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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