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- PDB-7pgi: NaVAb1p (bicelles) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pgi
タイトルNaVAb1p (bicelles)
要素Ion transport protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ion channel membrane protein transport protein antibody complex
機能・相同性Voltage-gated cation channel calcium and sodium / voltage-gated sodium channel complex / voltage-gated sodium channel activity / Voltage-dependent channel domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein / identical protein binding / ACETATE ION / Ion transport protein
機能・相同性情報
生物種Alcanivorax borkumensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.638 Å
データ登録者Lolicato, M. / Arrigoni, C.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI) 米国
National Institutes of Health/National Institute on Deafness and Other Communication Disorders (NIH/NIDCD) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2022
タイトル: Quaternary structure independent folding of voltage-gated ion channel pore domain subunits.
著者: Arrigoni, C. / Lolicato, M. / Shaya, D. / Rohaim, A. / Findeisen, F. / Fong, L.K. / Colleran, C.M. / Dominik, P. / Kim, S.S. / Schuermann, J.P. / DeGrado, W.F. / Grabe, M. / Kossiakoff, A.A. / Minor Jr., D.L.
履歴
登録2021年8月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年6月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ion transport protein
B: Ion transport protein
C: Ion transport protein
D: Ion transport protein
E: Ion transport protein
F: Ion transport protein
G: Ion transport protein
H: Ion transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,04519
ポリマ－135,5748
非ポリマー47111
水00
1
A: Ion transport protein
B: Ion transport protein
C: Ion transport protein
D: Ion transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,0109
ポリマ－67,7874
非ポリマー2235
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14140 Å2
ΔGint-160 kcal/mol
Surface area30210 Å2
手法PISA
2
E: Ion transport protein
F: Ion transport protein
G: Ion transport protein
H: Ion transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,03510
ポリマ－67,7874
非ポリマー2476
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14260 Å2
ΔGint-170 kcal/mol
Surface area29950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)178.180, 191.800, 192.320
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 134 through 135 or resid 138...
21(chain B and (resid 134 through 135 or resid 138...
31(chain C and (resid 134 through 135 or resid 138...
41(chain D and (resid 134 through 135 or resid 138...
51(chain E and (resid 134 through 135 or resid 138...
61(chain F and (resid 134 through 135 or resid 138...
71(chain G and (resid 134 through 135 or resid 138...
81(chain H and (resid 134 through 135 or resid 138...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 134 through 135 or resid 138...A134 - 135
121(chain A and (resid 134 through 135 or resid 138...A138 - 165
131(chain A and (resid 134 through 135 or resid 138...A167 - 190
141(chain A and (resid 134 through 135 or resid 138...A192
151(chain A and (resid 134 through 135 or resid 138...A133 - 278
161(chain A and (resid 134 through 135 or resid 138...A202 - 265
171(chain A and (resid 134 through 135 or resid 138...A267 - 268
181(chain A and (resid 134 through 135 or resid 138...A267 - 268
191(chain A and (resid 134 through 135 or resid 138...A274 - 275
1101(chain A and (resid 134 through 135 or resid 138...A277 - 278
211(chain B and (resid 134 through 135 or resid 138...B134 - 135
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241(chain B and (resid 134 through 135 or resid 138...B192
251(chain B and (resid 134 through 135 or resid 138...B133 - 278
261(chain B and (resid 134 through 135 or resid 138...B202 - 265
271(chain B and (resid 134 through 135 or resid 138...B267 - 268
281(chain B and (resid 134 through 135 or resid 138...B267 - 268
291(chain B and (resid 134 through 135 or resid 138...B274 - 275
2101(chain B and (resid 134 through 135 or resid 138...B277 - 278
311(chain C and (resid 134 through 135 or resid 138...C134 - 135
321(chain C and (resid 134 through 135 or resid 138...C138 - 165
331(chain C and (resid 134 through 135 or resid 138...C133 - 278
341(chain C and (resid 134 through 135 or resid 138...C194
351(chain C and (resid 134 through 135 or resid 138...C192
361(chain C and (resid 134 through 135 or resid 138...C194 - 200
371(chain C and (resid 134 through 135 or resid 138...C208 - 200
381(chain C and (resid 134 through 135 or resid 138...C267 - 268
391(chain C and (resid 134 through 135 or resid 138...C274 - 275
3101(chain C and (resid 134 through 135 or resid 138...C277 - 278
411(chain D and (resid 134 through 135 or resid 138...D134 - 135
421(chain D and (resid 134 through 135 or resid 138...D138 - 165
431(chain D and (resid 134 through 135 or resid 138...D132 - 278
441(chain D and (resid 134 through 135 or resid 138...D194
451(chain D and (resid 134 through 135 or resid 138...D192
461(chain D and (resid 134 through 135 or resid 138...D198 - 200
471(chain D and (resid 134 through 135 or resid 138...D202 - 2652
481(chain D and (resid 134 through 135 or resid 138...D267 - 268
491(chain D and (resid 134 through 135 or resid 138...D270 - 272
4101(chain D and (resid 134 through 135 or resid 138...D274 - 275
4111(chain D and (resid 134 through 135 or resid 138...D277 - 278
511(chain E and (resid 134 through 135 or resid 138...E134 - 135
521(chain E and (resid 134 through 135 or resid 138...E138 - 165
531(chain E and (resid 134 through 135 or resid 138...E132 - 278
541(chain E and (resid 134 through 135 or resid 138...E194
551(chain E and (resid 134 through 135 or resid 138...E192
561(chain E and (resid 134 through 135 or resid 138...E194 - 200
571(chain E and (resid 134 through 135 or resid 138...E208 - 200
581(chain E and (resid 134 through 135 or resid 138...E267 - 268
591(chain E and (resid 134 through 135 or resid 138...E274 - 275
5101(chain E and (resid 134 through 135 or resid 138...E277 - 278
611(chain F and (resid 134 through 135 or resid 138...F134 - 135
621(chain F and (resid 134 through 135 or resid 138...F138 - 165
631(chain F and (resid 134 through 135 or resid 138...F167 - 190
641(chain F and (resid 134 through 135 or resid 138...F192
651(chain F and (resid 134 through 135 or resid 138...F133 - 278
661(chain F and (resid 134 through 135 or resid 138...F202 - 265
671(chain F and (resid 134 through 135 or resid 138...F267 - 268
681(chain F and (resid 134 through 135 or resid 138...F267 - 268
691(chain F and (resid 134 through 135 or resid 138...F274 - 275
6101(chain F and (resid 134 through 135 or resid 138...F277 - 278
711(chain G and (resid 134 through 135 or resid 138...G134 - 135
721(chain G and (resid 134 through 135 or resid 138...G138 - 165
731(chain G and (resid 134 through 135 or resid 138...G167 - 190
741(chain G and (resid 134 through 135 or resid 138...G198 - 200
751(chain G and (resid 134 through 135 or resid 138...G202 - 265
761(chain G and (resid 134 through 135 or resid 138...G267 - 268
771(chain G and (resid 134 through 135 or resid 138...G274 - 27
781(chain G and (resid 134 through 135 or resid 138...G274 - 275
791(chain G and (resid 134 through 135 or resid 138...G277 - 278
811(chain H and (resid 134 through 135 or resid 138...H134 - 135
821(chain H and (resid 134 through 135 or resid 138...H138 - 165
831(chain H and (resid 134 through 135 or resid 138...H167 - 190
841(chain H and (resid 134 through 135 or resid 138...H198 - 200
851(chain H and (resid 134 through 135 or resid 138...H202 - 265
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881(chain H and (resid 134 through 135 or resid 138...H274 - 275
891(chain H and (resid 134 through 135 or resid 138...H277 - 278

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要素

#1: タンパク質
Ion transport protein


分子量: 16946.805 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alcanivorax borkumensis (strain ATCC 700651 / DSM 11573 / NCIMB 13689 / SK2) (バクテリア)
株: ATCC 700651 / DSM 11573 / NCIMB 13689 / SK2 / 遺伝子: ABO_1668 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0VNY2
#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M Sodium acetate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 20% PEG 3000, 8% Bicelles

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.638→19.98 Å / Num. obs: 36662 / % possible obs: 98.41 % / 冗長度: 4.2 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.157 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル解像度: 3.64→3.769 Å / Rmerge(I) obs: 1 / Num. unique obs: 3616 / CC1/2: 0.172

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7PGG

7pgg


解像度: 3.638→14.993 Å / SU ML: 0.69 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3035 1755 4.83 %
Rwork0.2872 34602 -
obs0.2879 36357 99.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 363.98 Å2 / Biso mean: 130.7106 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.638→14.993 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9246 0 29 0 9275
Biso mean--104.68 --
残基数----1170
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1047X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.666
12B1047X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.666
13C1047X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.681
14D1047X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.627
15E1047X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.654
16F1047X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.771
17G1047X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.541
18H1047X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.802
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.638-3.73490.40411700.37042515268598
3.7349-3.8430.33881310.37092673280499
3.843-3.96490.37251570.35392637279499
3.9649-4.10380.33541350.35372617275299
4.1038-4.26450.38451370.32352657279499
4.2645-4.45370.28891530.30352617277099
4.4537-4.68170.30141570.26592637279499
4.6817-4.9650.2881180.26782656277499
4.965-5.33230.28321210.28142694281599
5.3323-5.83990.2961320.28226762808100
5.8399-6.62050.3241320.28782706283899
6.6205-8.11470.2906980.27782751284999
8.1147-14.9930.24811140.25162766288098

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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