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- PDB-7pgg: NaVAb1p detergent (DM) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pgg
タイトルNaVAb1p detergent (DM)
要素Ion transport protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ion channel membrane protein transport protein antibody complex / folding
機能・相同性
機能・相同性情報


voltage-gated sodium channel complex / voltage-gated sodium channel activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Helix Hairpins - #70 / Voltage-dependent channel domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-VVA / Ion transport protein
類似検索 - 構成要素
生物種Alcanivorax borkumensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Lolicato, M. / Arrigoni, C.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI) 米国
National Institutes of Health/National Institute on Deafness and Other Communication Disorders (NIH/NIDCD) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2022
タイトル: Quaternary structure independent folding of voltage-gated ion channel pore domain subunits.
著者: Arrigoni, C. / Lolicato, M. / Shaya, D. / Rohaim, A. / Findeisen, F. / Fong, L.K. / Colleran, C.M. / Dominik, P. / Kim, S.S. / Schuermann, J.P. / DeGrado, W.F. / Grabe, M. / Kossiakoff, A.A. / Minor Jr., D.L.
履歴
登録2021年8月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ion transport protein
B: Ion transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7343
ポリマ－34,2972
非ポリマー4381
水00
1
A: Ion transport protein
B: Ion transport protein
ヘテロ分子

A: Ion transport protein
B: Ion transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,4686
ポリマ－68,5934
非ポリマー8752
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area14090 Å2
ΔGint-152 kcal/mol
Surface area30090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)157.471, 157.471, 106.394
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111(chain 'A' and ((resid 132 and (name N or name...
221(chain 'B' and (resid 132 through 135 or resid 137...

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.499178619406, 0.499744636522, 0.707867222151), (0.497959927409, 0.503107491957, -0.706341816851), (-0.709123837297, 0.705080243522, 0.00228770032254)ベクター: 0. ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.499178619406, 0.499744636522, 0.707867222151), (0.497959927409, 0.503107491957, -0.706341816851), (-0.709123837297, 0.705080243522, 0.00228770032254)
ベクター: 0.0186513051623, -0.0845827936714, 0.62556915973)

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要素

#1: タンパク質 Ion transport protein


分子量: 17148.291 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alcanivorax borkumensis (バクテリア)
遺伝子: ABO_1668 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0VNY2
#2: 化合物 ChemComp-VVA / 2-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}ethyl heptadecanoate


分子量: 437.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H44NO6P
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: SeMet labelled NavAb1 purified in DM was concentrated to 13 mg mL-1 and crystallized in 3% PEG300, 0.75M ammonium sulfate.
Temp details: RT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.115869, 0.97698, 0.97953, 0.95368
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月19日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.1158691
20.976981
30.979531
40.953681
反射解像度: 2.85→50 Å / Num. obs: 31433 / % possible obs: 98.99 % / 冗長度: 16.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.169 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 2.852→2.953 Å / Num. unique obs: 3087 / CC1/2: 0.473

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータスケーリング
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.85→14.96 Å / SU ML: 0.4893 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.3194
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2781 1582 5.04 %
Rwork0.2664 29820 -
obs0.2669 31402 99.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 98.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→14.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2332 0 21 0 2353
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00832460
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.09243338
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0912370
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0099415
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.5843334
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.85-2.940.41891480.41212663X-RAY DIFFRACTION99.57
2.94-3.050.38521470.38142660X-RAY DIFFRACTION99.89
3.05-3.170.41241340.37272682X-RAY DIFFRACTION100
3.17-3.310.37821450.36732661X-RAY DIFFRACTION99.93
3.31-3.480.40141470.34842692X-RAY DIFFRACTION99.86
3.48-3.70.26051490.29332684X-RAY DIFFRACTION99.86
3.7-3.980.25291430.28572691X-RAY DIFFRACTION99.72
3.98-4.370.29241460.28412709X-RAY DIFFRACTION99.58
4.37-4.980.21551410.23872720X-RAY DIFFRACTION99.37
4.98-6.20.2891340.25282778X-RAY DIFFRACTION99.69
6.2-14.960.23961480.20082880X-RAY DIFFRACTION99.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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