PDB-7pg8: NaV_Ae1/Sp1CTD_pore-ANT05 complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7pg8

タイトル

NaV_Ae1/Sp1CTD_pore-ANT05 complex

要素

ANT05 H12 fab fragment, heavy chain
ANT05 H12 fab fragment, light chain
Ion transport protein,Voltage-gated sodium channel

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / ion channel membrane protein transport protein antibody complex

機能・相同性

機能・相同性情報

voltage-gated sodium channel complex / voltage-gated sodium channel activity / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1 (紅色硫黄細菌)

Ruegeria pomeroyi DSS-3 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 4.5 Å

データ登録者

Lolicato, M. / Arrigoni, C.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2022
タイトル: Quaternary structure independent folding of voltage-gated ion channel pore domain subunits.
著者: Arrigoni, C. / Lolicato, M. / Shaya, D. / Rohaim, A. / Findeisen, F. / Fong, L.K. / Colleran, C.M. / Dominik, P. / Kim, S.S. / Schuermann, J.P. / DeGrado, W.F. / Grabe, M. / Kossiakoff, A.A. / Minor Jr., D.L.

履歴

登録	2021年8月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年6月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2022年6月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb7pg8.ent.gz	483 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7pg8_validation.pdf.gz	547.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7pg8_full_validation.pdf.gz	593.8 KB	表示
XML形式データ	7pg8_validation.xml.gz	130.9 KB	表示
CIF形式データ	7pg8_validation.cif.gz	180.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pg/7pg8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pg/7pg8	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7pgbC 7pgfC 7pggC 7pghC 7pgiC 5hk7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #243 - 2020年3月電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels) 類似性 (2)

登録構造単位

P: ANT05 H12 fab fragment, light chain

M: ANT05 H12 fab fragment, light chain

V: ANT05 H12 fab fragment, light chain

S: ANT05 H12 fab fragment, light chain

G: ANT05 H12 fab fragment, light chain

D: ANT05 H12 fab fragment, light chain

J: ANT05 H12 fab fragment, light chain

A: ANT05 H12 fab fragment, light chain

B: ANT05 H12 fab fragment, heavy chain

F: ANT05 H12 fab fragment, heavy chain

I: ANT05 H12 fab fragment, heavy chain

L: ANT05 H12 fab fragment, heavy chain

N: ANT05 H12 fab fragment, heavy chain

R: ANT05 H12 fab fragment, heavy chain

U: ANT05 H12 fab fragment, heavy chain

X: ANT05 H12 fab fragment, heavy chain

C: Ion transport protein,Voltage-gated sodium channel

E: Ion transport protein,Voltage-gated sodium channel

H: Ion transport protein,Voltage-gated sodium channel

K: Ion transport protein,Voltage-gated sodium channel

O: Ion transport protein,Voltage-gated sodium channel

Q: Ion transport protein,Voltage-gated sodium channel

T: Ion transport protein,Voltage-gated sodium channel

W: Ion transport protein,Voltage-gated sodium channel

516 kDa, 24 ポリマー
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1

P: ANT05 H12 fab fragment, light chain

M: ANT05 H12 fab fragment, light chain

V: ANT05 H12 fab fragment, light chain

S: ANT05 H12 fab fragment, light chain

N: ANT05 H12 fab fragment, heavy chain

R: ANT05 H12 fab fragment, heavy chain

U: ANT05 H12 fab fragment, heavy chain

X: ANT05 H12 fab fragment, heavy chain

O: Ion transport protein,Voltage-gated sodium channel

Q: Ion transport protein,Voltage-gated sodium channel

T: Ion transport protein,Voltage-gated sodium channel

W: Ion transport protein,Voltage-gated sodium channel

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
258 kDa, 12 ポリマー
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2

G: ANT05 H12 fab fragment, light chain

D: ANT05 H12 fab fragment, light chain

J: ANT05 H12 fab fragment, light chain

A: ANT05 H12 fab fragment, light chain

B: ANT05 H12 fab fragment, heavy chain

F: ANT05 H12 fab fragment, heavy chain

I: ANT05 H12 fab fragment, heavy chain

L: ANT05 H12 fab fragment, heavy chain

C: Ion transport protein,Voltage-gated sodium channel

E: Ion transport protein,Voltage-gated sodium channel

H: Ion transport protein,Voltage-gated sodium channel

K: Ion transport protein,Voltage-gated sodium channel

登録者が定義した集合体
258 kDa, 12 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	127.175, 127.175, 445.206
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	GLY	GLY	P	A	0 - 214	1 - 215
2	1	SER	SER	GLY	GLY	M	B	0 - 214	1 - 215
1	2	SER	SER	GLY	GLY	P	A	0 - 214	1 - 215
2	2	SER	SER	GLY	GLY	V	C	0 - 214	1 - 215
1	3	SER	SER	GLY	GLY	P	A	0 - 214	1 - 215
2	3	SER	SER	GLY	GLY	S	D	0 - 214	1 - 215
1	4	SER	SER	GLY	GLY	P	A	0 - 214	1 - 215
2	4	SER	SER	GLY	GLY	G	E	0 - 214	1 - 215
1	5	SER	SER	GLY	GLY	P	A	0 - 214	1 - 215
2	5	SER	SER	GLY	GLY	D	F	0 - 214	1 - 215
1	6	SER	SER	GLY	GLY	P	A	0 - 214	1 - 215
2	6	SER	SER	GLY	GLY	J	G	0 - 214	1 - 215
1	7	SER	SER	GLY	GLY	P	A	0 - 214	1 - 215
2	7	SER	SER	GLY	GLY	A	H	0 - 214	1 - 215
1	8	SER	SER	GLY	GLY	M	B	0 - 214	1 - 215
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1	10	SER	SER	GLY	GLY	M	B	0 - 214	1 - 215
2	10	SER	SER	GLY	GLY	G	E	0 - 214	1 - 215
1	11	SER	SER	GLY	GLY	M	B	0 - 214	1 - 215
2	11	SER	SER	GLY	GLY	D	F	0 - 214	1 - 215
1	12	SER	SER	GLY	GLY	M	B	0 - 214	1 - 215
2	12	SER	SER	GLY	GLY	J	G	0 - 214	1 - 215
1	13	SER	SER	GLY	GLY	M	B	0 - 214	1 - 215
2	13	SER	SER	GLY	GLY	A	H	0 - 214	1 - 215
1	14	SER	SER	GLY	GLY	V	C	0 - 214	1 - 215
2	14	SER	SER	GLY	GLY	S	D	0 - 214	1 - 215
1	15	SER	SER	GLY	GLY	V	C	0 - 214	1 - 215
2	15	SER	SER	GLY	GLY	G	E	0 - 214	1 - 215
1	16	SER	SER	GLY	GLY	V	C	0 - 214	1 - 215
2	16	SER	SER	GLY	GLY	D	F	0 - 214	1 - 215
1	17	SER	SER	GLY	GLY	V	C	0 - 214	1 - 215
2	17	SER	SER	GLY	GLY	J	G	0 - 214	1 - 215
1	18	SER	SER	GLY	GLY	V	C	0 - 214	1 - 215
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1	19	SER	SER	GLY	GLY	S	D	0 - 214	1 - 215
2	19	SER	SER	GLY	GLY	G	E	0 - 214	1 - 215
1	20	SER	SER	GLY	GLY	S	D	0 - 214	1 - 215
2	20	SER	SER	GLY	GLY	D	F	0 - 214	1 - 215
1	21	SER	SER	GLY	GLY	S	D	0 - 214	1 - 215
2	21	SER	SER	GLY	GLY	J	G	0 - 214	1 - 215
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2	23	SER	SER	GLY	GLY	D	F	0 - 214	1 - 215
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1	27	SER	SER	GLY	GLY	D	F	0 - 214	1 - 215
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1	28	SER	SER	GLY	GLY	J	G	0 - 214	1 - 215
2	28	SER	SER	GLY	GLY	A	H	0 - 214	1 - 215
1	29	VAL	VAL	PRO	PRO	B	I	2 - 218	5 - 225
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1	30	VAL	VAL	PRO	PRO	B	I	2 - 218	5 - 225
2	30	VAL	VAL	PRO	PRO	I	K	2 - 218	5 - 225
1	31	VAL	VAL	PRO	PRO	B	I	2 - 218	5 - 225
2	31	VAL	VAL	PRO	PRO	L	L	2 - 218	5 - 225
1	32	VAL	VAL	PRO	PRO	B	I	2 - 218	5 - 225
2	32	VAL	VAL	PRO	PRO	N	M	2 - 218	5 - 225
1	33	VAL	VAL	PRO	PRO	B	I	2 - 218	5 - 225
2	33	VAL	VAL	PRO	PRO	R	N	2 - 218	5 - 225
1	34	VAL	VAL	PRO	PRO	B	I	2 - 218	5 - 225
2	34	VAL	VAL	PRO	PRO	U	O	2 - 218	5 - 225
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2	35	VAL	VAL	PRO	PRO	X	P	2 - 218	5 - 225
1	36	VAL	VAL	PRO	PRO	F	J	2 - 218	5 - 225
2	36	VAL	VAL	PRO	PRO	I	K	2 - 218	5 - 225
1	37	VAL	VAL	PRO	PRO	F	J	2 - 218	5 - 225
2	37	VAL	VAL	PRO	PRO	L	L	2 - 218	5 - 225
1	38	VAL	VAL	PRO	PRO	F	J	2 - 218	5 - 225
2	38	VAL	VAL	PRO	PRO	N	M	2 - 218	5 - 225
1	39	VAL	VAL	PRO	PRO	F	J	2 - 218	5 - 225
2	39	VAL	VAL	PRO	PRO	R	N	2 - 218	5 - 225
1	40	VAL	VAL	PRO	PRO	F	J	2 - 218	5 - 225
2	40	VAL	VAL	PRO	PRO	U	O	2 - 218	5 - 225
1	41	VAL	VAL	PRO	PRO	F	J	2 - 218	5 - 225
2	41	VAL	VAL	PRO	PRO	X	P	2 - 218	5 - 225
1	42	VAL	VAL	PRO	PRO	I	K	2 - 218	5 - 225
2	42	VAL	VAL	PRO	PRO	L	L	2 - 218	5 - 225
1	43	VAL	VAL	PRO	PRO	I	K	2 - 218	5 - 225
2	43	VAL	VAL	PRO	PRO	N	M	2 - 218	5 - 225
1	44	VAL	VAL	PRO	PRO	I	K	2 - 218	5 - 225
2	44	VAL	VAL	PRO	PRO	R	N	2 - 218	5 - 225
1	45	VAL	VAL	PRO	PRO	I	K	2 - 218	5 - 225
2	45	VAL	VAL	PRO	PRO	U	O	2 - 218	5 - 225
1	46	VAL	VAL	PRO	PRO	I	K	2 - 218	5 - 225
2	46	VAL	VAL	PRO	PRO	X	P	2 - 218	5 - 225
1	47	VAL	VAL	PRO	PRO	L	L	2 - 218	5 - 225
2	47	VAL	VAL	PRO	PRO	N	M	2 - 218	5 - 225
1	48	VAL	VAL	PRO	PRO	L	L	2 - 218	5 - 225
2	48	VAL	VAL	PRO	PRO	R	N	2 - 218	5 - 225
1	49	VAL	VAL	PRO	PRO	L	L	2 - 218	5 - 225
2	49	VAL	VAL	PRO	PRO	U	O	2 - 218	5 - 225
1	50	VAL	VAL	PRO	PRO	L	L	2 - 218	5 - 225
2	50	VAL	VAL	PRO	PRO	X	P	2 - 218	5 - 225
1	51	VAL	VAL	PRO	PRO	N	M	2 - 218	5 - 225
2	51	VAL	VAL	PRO	PRO	R	N	2 - 218	5 - 225
1	52	VAL	VAL	PRO	PRO	N	M	2 - 218	5 - 225
2	52	VAL	VAL	PRO	PRO	U	O	2 - 218	5 - 225
1	53	VAL	VAL	PRO	PRO	N	M	2 - 218	5 - 225
2	53	VAL	VAL	PRO	PRO	X	P	2 - 218	5 - 225
1	54	VAL	VAL	PRO	PRO	R	N	2 - 218	5 - 225
2	54	VAL	VAL	PRO	PRO	U	O	2 - 218	5 - 225
1	55	VAL	VAL	PRO	PRO	R	N	2 - 218	5 - 225
2	55	VAL	VAL	PRO	PRO	X	P	2 - 218	5 - 225
1	56	VAL	VAL	PRO	PRO	U	O	2 - 218	5 - 225
2	56	VAL	VAL	PRO	PRO	X	P	2 - 218	5 - 225
1	57	ALA	ALA	GLN	GLN	C	Q	146 - 269	10 - 133
2	57	ALA	ALA	GLN	GLN	E	R	146 - 269	10 - 133
1	58	ALA	ALA	LEU	LEU	C	Q	146 - 271	10 - 135
2	58	ALA	ALA	LEU	LEU	H	S	146 - 271	10 - 135
1	59	ALA	ALA	ARG	ARG	C	Q	146 - 270	10 - 134
2	59	ALA	ALA	ARG	ARG	K	T	146 - 270	10 - 134
1	60	ALA	ALA	LEU	LEU	C	Q	146 - 271	10 - 135
2	60	ALA	ALA	LEU	LEU	O	U	146 - 271	10 - 135
1	61	ALA	ALA	ILE	ILE	C	Q	146 - 267	10 - 131
2	61	ALA	ALA	ILE	ILE	Q	V	146 - 267	10 - 131
1	62	ALA	ALA	LEU	LEU	C	Q	146 - 271	10 - 135
2	62	ALA	ALA	LEU	LEU	T	W	146 - 271	10 - 135
1	63	ALA	ALA	ARG	ARG	C	Q	146 - 270	10 - 134
2	63	ALA	ALA	ARG	ARG	W	X	146 - 270	10 - 134
1	64	LEU	LEU	GLN	GLN	E	R	143 - 269	7 - 133
2	64	LEU	LEU	GLN	GLN	H	S	143 - 269	7 - 133
1	65	LEU	LEU	GLN	GLN	E	R	143 - 269	7 - 133
2	65	LEU	LEU	GLN	GLN	K	T	143 - 269	7 - 133
1	66	LEU	LEU	GLN	GLN	E	R	143 - 269	7 - 133
2	66	LEU	LEU	GLN	GLN	O	U	143 - 269	7 - 133
1	67	LEU	LEU	ILE	ILE	E	R	143 - 267	7 - 131
2	67	LEU	LEU	ILE	ILE	Q	V	143 - 267	7 - 131
1	68	LEU	LEU	GLN	GLN	E	R	143 - 269	7 - 133
2	68	LEU	LEU	GLN	GLN	T	W	143 - 269	7 - 133
1	69	LEU	LEU	GLN	GLN	E	R	143 - 269	7 - 133
2	69	LEU	LEU	GLN	GLN	W	X	143 - 269	7 - 133
1	70	LEU	LEU	ARG	ARG	H	S	143 - 270	7 - 134
2	70	LEU	LEU	ARG	ARG	K	T	143 - 270	7 - 134
1	71	LEU	LEU	ASN	ASN	H	S	143 - 272	7 - 136
2	71	LEU	LEU	ASN	ASN	O	U	143 - 272	7 - 136
1	72	LEU	LEU	ILE	ILE	H	S	143 - 267	7 - 131
2	72	LEU	LEU	ILE	ILE	Q	V	143 - 267	7 - 131
1	73	LEU	LEU	ASN	ASN	H	S	143 - 272	7 - 136
2	73	LEU	LEU	ASN	ASN	T	W	143 - 272	7 - 136
1	74	LEU	LEU	ARG	ARG	H	S	143 - 270	7 - 134
2	74	LEU	LEU	ARG	ARG	W	X	143 - 270	7 - 134
1	75	LEU	LEU	ARG	ARG	K	T	143 - 270	7 - 134
2	75	LEU	LEU	ARG	ARG	O	U	143 - 270	7 - 134
1	76	LEU	LEU	ILE	ILE	K	T	143 - 267	7 - 131
2	76	LEU	LEU	ILE	ILE	Q	V	143 - 267	7 - 131
1	77	LEU	LEU	ARG	ARG	K	T	143 - 270	7 - 134
2	77	LEU	LEU	ARG	ARG	T	W	143 - 270	7 - 134
1	78	LEU	LEU	LEU	LEU	K	T	143 - 271	7 - 135
2	78	LEU	LEU	LEU	LEU	W	X	143 - 271	7 - 135
1	79	LEU	LEU	ILE	ILE	O	U	143 - 267	7 - 131
2	79	LEU	LEU	ILE	ILE	Q	V	143 - 267	7 - 131
1	80	LEU	LEU	ASN	ASN	O	U	143 - 272	7 - 136
2	80	LEU	LEU	ASN	ASN	T	W	143 - 272	7 - 136
1	81	LEU	LEU	ARG	ARG	O	U	143 - 270	7 - 134
2	81	LEU	LEU	ARG	ARG	W	X	143 - 270	7 - 134
1	82	LEU	LEU	ILE	ILE	Q	V	143 - 267	7 - 131
2	82	LEU	LEU	ILE	ILE	T	W	143 - 267	7 - 131
1	83	LEU	LEU	ILE	ILE	Q	V	143 - 267	7 - 131
2	83	LEU	LEU	ILE	ILE	W	X	143 - 267	7 - 131
1	84	LEU	LEU	ARG	ARG	T	W	143 - 270	7 - 134
2	84	LEU	LEU	ARG	ARG	W	X	143 - 270	7 - 134

NCSアンサンブル:

#1: 抗体	ANT05 H12 fab fragment, light chain 分子量: 23688.275 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体	ANT05 H12 fab fragment, heavy chain 分子量: 24651.496 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質	Ion transport protein,Voltage-gated sodium channel 分子量: 16121.689 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1 (紅色硫黄細菌), (組換発現) Ruegeria pomeroyi DSS-3 (バクテリア) 株: ATCC BAA-1101 / DSM 17681 / MLHE-1, ATCC 700808 / DSM 15171 / DSS-3 遺伝子: Mlg_0322, SPO0030 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0ABW0, UniProt: F7IVA8

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.83 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 13% PEG4000, 2% propanol, 0.1M LiS04, 0.1 M 2-[(2-amino-2-oxoethyl)-(carboxymethyl)amino]acetic acid (ADA) pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 4.46→122.3 Å / Num. obs: 42377 / % possible obs: 98.31 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 254.59 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.031 / Net I/σ(I): 12.8
反射シェル	解像度: 4.46→4.62 Å / R_merge(I) obs: 1 / Num. unique obs: 3816 / CC_1/2: 0.442

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5HK7

5hk7

解像度: 4.5→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.926 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.907 / SU B: 196.06 / SU ML: 2.238 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 1.255 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.3517	2044	5.1 %	RANDOM
R_work	0.3031	-	-	-
obs	0.3056	38175	96.44 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 653.57 Å² / B_iso mean: 163.129 Å² / B_iso min: 90.06 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.92 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	5.92 Å²	0 Å²
3-	-	-	-11.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 4.5→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	22623	0	0	0	22623
残基数	-	-	-	-	4517

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

LS精密化シェル

解像度: 4.5→4.606 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.425	124	-
R_work	0.445	2377	-
all	-	2501	-
obs	-	-	89.55 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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