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- PDB-7pel: CryoEM structure of simian T-cell lymphotropic virus intasome in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pel
タイトルCryoEM structure of simian T-cell lymphotropic virus intasome in complex with PP2A regulatory subunit B56 gamma
要素
  • DNA (5'-D(*AP*CP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*GP*GP*CP*GP*CP*TP*TP*CP*TP*CP*TP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*AP*GP*AP*GP*AP*AP*GP*CP*GP*CP*CP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*A)-3')
  • Isoform 3 of PC4 and SFRS1-interacting protein,Isoform Gamma-2 of Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform
  • Pol protein
キーワードVIRAL PROTEIN / integrase / transferase / deltaretrovirus / PP2A / B56 / phosphatase / molecular mimicry / host factor / DNA-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


protein phosphatase type 2A complex / meiotic sister chromatid cohesion / protein phosphatase regulator activity / APC truncation mutants have impaired AXIN binding / AXIN missense mutants destabilize the destruction complex / Truncations of AMER1 destabilize the destruction complex / Beta-catenin phosphorylation cascade / Signaling by GSK3beta mutants / CTNNB1 S33 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S37 mutants aren't phosphorylated ...protein phosphatase type 2A complex / meiotic sister chromatid cohesion / protein phosphatase regulator activity / APC truncation mutants have impaired AXIN binding / AXIN missense mutants destabilize the destruction complex / Truncations of AMER1 destabilize the destruction complex / Beta-catenin phosphorylation cascade / Signaling by GSK3beta mutants / CTNNB1 S33 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S37 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S45 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 T41 mutants aren't phosphorylated / Co-stimulation by CD28 / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / supercoiled DNA binding / Integration of viral DNA into host genomic DNA / Autointegration results in viral DNA circles / Co-inhibition by CTLA4 / Platelet sensitization by LDL / 2-LTR circle formation / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / Vpr-mediated nuclear import of PICs / mRNA 5'-splice site recognition / Integration of provirus / APOBEC3G mediated resistance to HIV-1 infection / protein phosphatase activator activity / chromosome, centromeric region / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / heterochromatin / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / nuclear periphery / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / RHO GTPases Activate Formins / RAF activation / euchromatin / DNA integration / Negative regulation of MAPK pathway / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA stem-loop binding / Separation of Sister Chromatids / RNA-directed DNA polymerase activity / Regulation of TP53 Degradation / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / response to heat / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / response to oxidative stress / DNA recombination / DNA-binding transcription factor binding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / transcription coactivator activity / chromatin remodeling / negative regulation of cell population proliferation / chromatin binding / symbiont entry into host cell / Golgi apparatus / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protein phosphatase 2A, regulatory B subunit, B56 / Protein phosphatase 2A regulatory B subunit (B56 family) / Lens epithelium-derived growth factor, integrase-binding domain / HIV integrase-binding domain superfamily / Lens epithelium-derived growth factor (LEDGF) / TFIIS/LEDGF domain superfamily / domain with conserved PWWP motif / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain ...Protein phosphatase 2A, regulatory B subunit, B56 / Protein phosphatase 2A regulatory B subunit (B56 family) / Lens epithelium-derived growth factor, integrase-binding domain / HIV integrase-binding domain superfamily / Lens epithelium-derived growth factor (LEDGF) / TFIIS/LEDGF domain superfamily / domain with conserved PWWP motif / PWWP domain / PWWP domain profile. / PWWP domain / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Integrase Zinc binding domain / Integrase DNA binding domain / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Armadillo-like helical / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Armadillo-type fold / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / PC4 and SFRS1-interacting protein / Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform / Pol protein
類似検索 - 構成要素
生物種Simian T-lymphotropic virus 1 (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.34 Å
データ登録者Barski, M. / Pye, V.E. / Nans, A. / Cherepanov, P. / Maertens, G.N.
資金援助 英国, 5件
組織認可番号国
Wellcome Trust107005/Z/15Z 英国
Royal SocietyRG120032 英国
Cancer Research UKFC001061 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)FC001061 英国
Wellcome TrustFC001061 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM structure of the deltaretroviral intasome in complex with the PP2A regulatory subunit B56γ.
著者: Michał S Barski / Jordan J Minnell / Zuzana Hodakova / Valerie E Pye / Andrea Nans / Peter Cherepanov / Goedele N Maertens /
要旨: Human T-cell lymphotropic virus type 1 (HTLV-1) is a deltaretrovirus and the most oncogenic pathogen. Many of the ~20 million HTLV-1 infected people will develop severe leukaemia or an ALS-like motor ...Human T-cell lymphotropic virus type 1 (HTLV-1) is a deltaretrovirus and the most oncogenic pathogen. Many of the ~20 million HTLV-1 infected people will develop severe leukaemia or an ALS-like motor disease, unless a therapy becomes available. A key step in the establishment of infection is the integration of viral genetic material into the host genome, catalysed by the retroviral integrase (IN) enzyme. Here, we use X-ray crystallography and single-particle cryo-electron microscopy to determine the structure of the functional deltaretroviral IN assembled on viral DNA ends and bound to the B56γ subunit of its human host factor, protein phosphatase 2 A. The structure reveals a tetrameric IN assembly bound to two molecules of the phosphatase via a conserved short linear motif. Insight into the deltaretroviral intasome and its interaction with the host will be crucial for understanding the pattern of integration events in infected individuals and therefore bears important clinical implications.
履歴
登録2021年8月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2021年8月25日ID: 6Z2Y
改定 1.02021年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / pdbx_database_related / pdbx_initial_refinement_model
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pol protein
B: Pol protein
C: Isoform 3 of PC4 and SFRS1-interacting protein,Isoform Gamma-2 of Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform
K: DNA (5'-D(*AP*CP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*GP*GP*CP*GP*CP*TP*TP*CP*TP*CP*TP*C)-3')
L: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*AP*GP*AP*AP*GP*CP*GP*CP*CP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*A)-3')
D: Pol protein
E: Pol protein
F: Isoform 3 of PC4 and SFRS1-interacting protein,Isoform Gamma-2 of Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform
M: DNA (5'-D(*AP*CP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*GP*GP*CP*GP*CP*TP*TP*CP*TP*CP*TP*C)-3')
N: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*AP*GP*AP*AP*GP*CP*GP*CP*CP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)332,22414
ポリマ－331,96210
非ポリマー2624
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, gel filtration, native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area29290 Å2
ΔGint-153 kcal/mol
Surface area89850 Å2

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要素

#1: タンパク質
Pol protein


分子量: 33885.504 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Simian T-lymphotropic virus 1 (ウイルス)
遺伝子: pol / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 pLacI (Rosetta-2) / 参照: UniProt: Q4QY51
#2: タンパク質 Isoform 3 of PC4 and SFRS1-interacting protein,Isoform Gamma-2 of Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoform / PP2A B subunit isoform B'-gamma / PP2A B subunit isoform B56-gamma / PP2A B subunit isoform PR61- ...PP2A B subunit isoform B'-gamma / PP2A B subunit isoform B56-gamma / PP2A B subunit isoform PR61-gamma / PP2A B subunit isoform R5-gamma / Renal carcinoma antigen NY-REN-29


分子量: 80394.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: fusion construct containing human LEDGF (residues 1-324 thus without the IBD domain) (gene PSIP1; O75475)) and human B56gammma (residues 11-380) regulatory subunit of PP2A (gene PPP2R5C) (no ...詳細: fusion construct containing human LEDGF (residues 1-324 thus without the IBD domain) (gene PSIP1; O75475)) and human B56gammma (residues 11-380) regulatory subunit of PP2A (gene PPP2R5C) (no space for these details below),fusion construct containing human LEDGF (residues 1-324 thus without the IBD domain) (gene PSIP1; O75475)) and human B56gammma (residues 11-380) regulatory subunit of PP2A (gene PPP2R5C) (no space for these details below),fusion construct containing human LEDGF (residues 1-324 thus without the IBD domain) (gene PSIP1; O75475)) and human B56gammma (residues 11-380) regulatory subunit of PP2A (gene PPP2R5C) (no space for these details below),fusion construct containing human LEDGF (residues 1-324 thus without the IBD domain) (gene PSIP1; O75475)) and human B56gammma (residues 11-380) regulatory subunit of PP2A (gene PPP2R5C) (no space for these details below)
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPP2R5C, KIAA0044 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): LOBSTR(RIL) / 参照: UniProt: O75475, UniProt: Q13362
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*TP*GP*TP*GP*TP*TP*TP*GP*GP*CP*GP*CP*TP*TP*CP*TP*CP*TP*C)-3')


分子量: 9221.909 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*GP*AP*GP*AP*AP*GP*CP*GP*CP*CP*AP*AP*AP*CP*AP*CP*A)-3')


分子量: 8593.560 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1Complex of STLV-1 MarB43 integrase with nascent viral DNA and the human PP2A B56 subunitCOMPLEXSample composition and source have been described in "macromolecules"#1-#40MULTIPLE SOURCES
2Pol proteinCOMPLEX#11RECOMBINANT
3Isoform 3 of PC4 and SFRS1-interacting protein,Isoform Gamma-2 of Serine/threonine-protein phosphatase 2A 56 kDa regulatory subunit gamma isoformCOMPLEX#21RECOMBINANT
4DNACOMPLEX#3-#41RECOMBINANT
分子量値: 0.3311 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Simian T-lymphotropic virus 1 (ウイルス)33747
23Homo sapiens (ヒト)9606
34synthetic construct (人工物)32630
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Escherichia coli (大腸菌)562
23Escherichia coli (大腸菌)562
34synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 6
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMBis tris propane1
20.3 MSodium ChlorideNaCl1
試料濃度: 0.76 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Complex has been purified by SEC chromatography
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: C-flat-1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 295.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 50.4 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18_3845: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Gautomatch粒子像選択
4Gctf1.06CTF補正
7UCSF Chimera1.12モデルフィッティング
8NAMDNamdinatorモデルフィッティング
9Coot0.8.9.2モデルフィッティング
11PHENIX1.18-3845モデル精密化
12Coot0.8.9.2モデル精密化
13cryoSPARC2初期オイラー角割当
15RELION3.1分類
16RELION3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 4356108
詳細: 2,198,454 (OH dataset) and 2,157,654 (GO dataset) 3D reconstructions using either separate subsets resulted in highly anisotropic maps due to severe preferential orientations. Because 3D-FCS ...詳細: 2,198,454 (OH dataset) and 2,157,654 (GO dataset) 3D reconstructions using either separate subsets resulted in highly anisotropic maps due to severe preferential orientations. Because 3D-FCS analysis indicated favourable complementarity of the data, the datasets were merged as separate optic groups in Relion-3.1. 3D reconstruction, including Bayesian particle polishing, CTF and beam tilt refinement, as implemented in Relion-3.1, resulted in the final map with minimal anisotropy; 3D-FSC sphericity index of the final map was 0.967.
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.34 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 161921
詳細: 3D reconstruction, including Bayesian particle polishing, CTF and beam tilt refinement, as implemented in Relion-3.1, resulted in the final map with minimal anisotropy; 3D-FSC sphericity ...詳細: 3D reconstruction, including Bayesian particle polishing, CTF and beam tilt refinement, as implemented in Relion-3.1, resulted in the final map with minimal anisotropy; 3D-FSC sphericity index of the final map was 0.967.
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 31.31 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB-IDPDB chain-IDAccession codeInitial refinement model-IDPdb chain residue range
16QBW

6qbw

A6QBW153-221
26TOQ

6toq

A6TOQ2212-218
36TJU

6tju

C6TJU3238-286
45JJA

5jja

A5JJA429-375
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00415588
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5621558
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d23.1485784
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0412406
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0042452

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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