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- PDB-7pe2: Cryo-EM structure of BMV-derived VLP expressed in E. coli (eVLP) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pe2
タイトルCryo-EM structure of BMV-derived VLP expressed in E. coli (eVLP)
要素Coat protein
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / BMV / brome mosaic virus / capsid proteins
機能・相同性Bromovirus coat protein / Bromovirus coat protein / viral capsid / structural molecule activity / Coat protein
機能・相同性情報
生物種Brome mosaic virus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Ruszkowski, M. / Strugala, A. / Indyka, P. / Urbanowicz, A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nanoscale / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM reconstructions of BMV-derived virus-like particles reveal assembly defects in the icosahedral lattice structure.
著者: Milosz Ruszkowski / Aleksander Strugala / Paulina Indyka / Guillaume Tresset / Marek Figlerowicz / Anna Urbanowicz /
要旨: The increasing interest in virus-like particles (VLPs) has been reflected by the growing number of studies on their assembly and application. However, the formation of complete VLPs is a complex ...The increasing interest in virus-like particles (VLPs) has been reflected by the growing number of studies on their assembly and application. However, the formation of complete VLPs is a complex phenomenon, making it difficult to rationally design VLPs with desired features . In this paper, we describe VLPs assembled from the recombinant capsid protein of brome mosaic virus (BMV). The analysis of VLPs was performed by Cryo-EM reconstructions and allowed us to visualize a few classes of VLPs, giving insight into the VLP self-assembly process. Apart from the mature icosahedral VLP practically identical with native virions, we describe putative VLP intermediates displaying non-icosahedral arrangements of capsomers, proposed to occur before the final disorder-order transition stage of icosahedral VLP assembly. Some of the described VLP classes show a lack of protein shell continuity, possibly resulting from too strong interaction with the cargo (in this case tRNA) with the capsid protein. We believe that our results are a useful prerequisite for the rational design of VLPs in the future and lead the way to the effective production of modified VLPs.
履歴
登録2021年8月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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  • マップデータ: EMDB-13345
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  • マップデータ: EMDB-13345
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MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Coat protein
B: Coat protein
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D: Coat protein
E: Coat protein
F: Coat protein
G: Coat protein
H: Coat protein
I: Coat protein
J: Coat protein
K: Coat protein
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M: Coat protein
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CA: Coat protein
DA: Coat protein
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HA: Coat protein
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XB: Coat protein
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CC: Coat protein
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GC: Coat protein
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IC: Coat protein
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MC: Coat protein
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QC: Coat protein
RC: Coat protein
SC: Coat protein
TC: Coat protein
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BD: Coat protein
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LF: Coat protein
MF: Coat protein
NF: Coat protein
OF: Coat protein
PF: Coat protein
QF: Coat protein
RF: Coat protein
SF: Coat protein
TF: Coat protein
UF: Coat protein
VF: Coat protein
WF: Coat protein
XF: Coat protein
YF: Coat protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,702,365180
ポリマ－3,702,365180
非ポリマー00
水3,243180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area756760 Å2
ΔGint-4448 kcal/mol
Surface area1121670 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 ...
Coat protein


分子量: 20568.693 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Brome mosaic virus (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9QCJ1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Brome mosaic virus / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Brome mosaic virus (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
ウイルスについての詳細中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
緩衝液pH: 4.8
詳細: 25 mM NaOAc pH 4.8, 5 mM MgCl2, 25 mM NaCl, 10 mM KCl
試料濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（補正後）: 105000 X / Calibrated defocus min: 900 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3000 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 12569

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7Cootモデルフィッティング
9RELION3.1初期オイラー角割当
12RELION3.1３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 260759
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 11521 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 6VOC

6voc

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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