PDB-7pbf: Crystal structure of Paradendryphiella salina PL7A alginate lyase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7pbf

タイトル

Crystal structure of Paradendryphiella salina PL7A alginate lyase in complex with di-mannuronic acid

要素

Alginate lyase (PL7)

キーワード

LYASE / complex / beta jelly roll / mutant / alginate lyase

機能・相同性

Alginate lyase 2 / Alginate lyase / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / lyase activity / Alginate lyase (PL7)

機能・相同性情報

生物種

Paradendryphiella salina (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.54 Å

データ登録者

Fredslund, F. / Welner, D.H. / Wilkens, C.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Paradendryphiella salina PL7A alginate lyase in complex with di-mannuronic acid
著者: Fredslund, F. / Welner, D.H. / Wilkens, C.

履歴

登録	2021年8月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年8月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7pbf.cif.gz	172.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7pbf.ent.gz	113.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7pbf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7pbf_validation.pdf.gz	873.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7pbf_full_validation.pdf.gz	873.6 KB	表示
XML形式データ	7pbf_validation.xml.gz	11.4 KB	表示
CIF形式データ	7pbf_validation.cif.gz	15.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pb/7pbf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pb/7pbf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7nczS 6ywf 7nl3 7nm6 7npp 7ny3 7o6h 7oof 7ory 7p25 7p90 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alginate lyase (PL7)

ヘテロ分子

25.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.000, 80.640, 81.190
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質

Alginate lyase (PL7)

分子量: 25468.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Paradendryphiella salina (菌類) / 遺伝子: PsAlg7A / 発現宿主:

Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: A0A485PVH1

#2: 多糖

beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-alpha-D-mannopyranuronic acid

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 370.263 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpAb1-4DManpAa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a1122A-1a_1-5][a1122A-1b_1-5]/1-2/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-ManpA]{[(4+1)][b-D-ManpA]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.32 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 20% PEG 1500 and 0.1 M TBG buffer pH 4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.976254 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976254 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.54→40.32 Å / Num. obs: 34390 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 12.89 % / B_iso Wilson estimate: 25.9 Å² / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 18.68
反射シェル	解像度: 1.54→1.64 Å / Num. unique obs: 5324 / CC_1/2: 0.65

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
MxCuBE	3	データ収集
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
Coot	0.9.4	モデル構築
PHASER	1.19.2_4158	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7NCZ

7ncz

解像度: 1.54→40.32 Å / SU ML: 0.2054 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.1641
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.195	1720	5.01 %
R_work	0.1707	32619	-
obs	0.1719	34339	99.39 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.54→40.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1742	0	25	117	1884

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0085	1850
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9791	2535
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0612	305
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	328
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.4369	641

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.54-1.59	0.402	133	0.3822	2515	X-RAY DIFFRACTION	93.8
1.59-1.64	0.3361	142	0.2877	2690	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.64-1.7	0.2971	142	0.2617	2694	X-RAY DIFFRACTION	99.79
1.7-1.77	0.2706	142	0.2273	2692	X-RAY DIFFRACTION	99.82
1.77-1.85	0.2565	143	0.2164	2709	X-RAY DIFFRACTION	99.79
1.85-1.95	0.2213	142	0.1817	2699	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.95-2.07	0.2262	143	0.171	2708	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.07-2.23	0.1988	142	0.1681	2698	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.23-2.45	0.1876	145	0.1645	2745	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.45-2.81	0.2007	144	0.1708	2740	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.81-3.53	0.2047	148	0.1737	2810	X-RAY DIFFRACTION	100
3.54-40.32	0.1482	154	0.1419	2919	X-RAY DIFFRACTION	99.93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.93027630185	-0.178439496536	0.882934704302	4.87570737349	-1.60886933627	4.55645792216	-0.0978616282476	0.0592263383519	0.00683225234915	-0.32615729857	0.0678109691653	-0.246372081496	0.275137440297	0.204738640421	0.00965555467796	0.218688518947	0.0244987573749	0.0241587644827	0.182266344591	-0.0281525214333	0.179912048097	4.18617949814	12.8395903615	5.15838915311
2	1.39811720363	0.209636254717	0.349814202649	3.05026808919	0.400002833052	2.8272761255	-0.0254597600641	-0.167450288633	0.0291754284559	0.387113583864	0.073128445747	-0.137357775725	-0.00920161531803	0.0100197752239	-0.0286386114737	0.218683268084	0.0175372476656	-0.024865075307	0.22343732627	-0.004750029466	0.221721758798	1.81049754478	22.4317178529	21.1338012194
3	1.61790372233	0.717526723386	-1.79058605155	2.79822711281	0.796348407073	3.0171529042	-0.169304272355	0.0254547979102	0.477259084472	0.128575649115	0.0762059070355	-0.0151250079435	-0.355289981156	-0.175697945678	0.0789133652182	0.312409944645	-0.0146531419079	-0.113087334703	0.172956530858	-0.00958740184402	0.389732468133	-1.7115394334	19.2660676264	15.3667693782

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 0 through 63 )	A	0 - 63	1 - 42
2	2	chain 'A' and (resid 64 through 232 )	A	64 - 232	43 - 211
3	3	chain 'A' and (resid 233 through 247 )	A - C	233 - 306	212

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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