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- PDB-7pbb: Crystal structure of CD73 in complex with caffeine in the open form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pbb
タイトルCrystal structure of CD73 in complex with caffeine in the open form
要素5'-nucleotidase
キーワードHYDROLASE / ecto-5'-nucleotidase / eN / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


thymidylate 5'-phosphatase / thymidylate 5'-phosphatase activity / ADP catabolic process / 5'-deoxynucleotidase / 5'-deoxynucleotidase activity / 7-methylguanosine nucleotidase / inhibition of non-skeletal tissue mineralization / adenosine biosynthetic process / Pyrimidine catabolism / AMP catabolic process ...thymidylate 5'-phosphatase / thymidylate 5'-phosphatase activity / ADP catabolic process / 5'-deoxynucleotidase / 5'-deoxynucleotidase activity / 7-methylguanosine nucleotidase / inhibition of non-skeletal tissue mineralization / adenosine biosynthetic process / Pyrimidine catabolism / AMP catabolic process / GMP 5'-nucleotidase activity / IMP-specific 5'-nucleotidase / IMP 5'-nucleotidase activity / Nicotinate metabolism / Purine catabolism / XMP 5'-nucleosidase activity / 5'-nucleotidase / 5'-nucleotidase activity / DNA metabolic process / leukocyte cell-cell adhesion / response to ATP / : / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / calcium ion homeostasis / ATP metabolic process / negative regulation of inflammatory response / external side of plasma membrane / nucleotide binding / cell surface / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
5'-nucleotidase signature 1. / 5'-Nucleotidase, conserved site / 5'-nucleotidase signature 2. / 5'-Nucleotidase, C-terminal / 5'-nucleotidase, C-terminal domain / 5'-Nucleotidase/apyrase / 5'-Nucleotidase, C-terminal domain superfamily / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
CAFFEINE / 5'-nucleotidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.47 Å
データ登録者Scaletti, E.R. / Strater, N.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Purinergic Signal / 年: 2021
タイトル: Substrate binding modes of purine and pyrimidine nucleotides to human ecto-5'-nucleotidase (CD73) and inhibition by their bisphosphonic acid derivatives.
著者: Scaletti, E. / Huschmann, F.U. / Mueller, U. / Weiss, M.S. / Strater, N.
履歴
登録2021年8月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-nucleotidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,0928
ポリマ－60,4641
非ポリマー6277
水6,287349
1
A: 5'-nucleotidase
ヘテロ分子

A: 5'-nucleotidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,18316
ポリマ－120,9292
非ポリマー1,25514
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area4940 Å2
ΔGint-191 kcal/mol
Surface area39950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.243, 131.799, 66.316
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 5'-nucleotidase / 5'-NT / Ecto-5'-nucleotidase


分子量: 60464.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NT5E, NT5, NTE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P21589, 5'-nucleotidase

-
非ポリマー , 6種, 356分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-CFF / CAFFEINE / 3,7-DIHYDRO-1,3,7-TRIMETHYL-1H-PURINE-2,6-DIONE / カフェイン


分子量: 194.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10N4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 349 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.38 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 7 mg/mL protein concentration, 100 mM Tris pH 7.8, 10 % PEG6000, equal amounts of protein and reservoir. Following crystal formation (1-2 days), the crystals were transferred to soaking ...詳細: 7 mg/mL protein concentration, 100 mM Tris pH 7.8, 10 % PEG6000, equal amounts of protein and reservoir. Following crystal formation (1-2 days), the crystals were transferred to soaking solution containing reservoir solution and 50 mM caffeine. Crystals were then transferred to cryo solution containing an additional 20 % glycerol, soaked for ~2-5 min, and flash frozen in liquid nitrogen.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.47→47.26 Å / Num. obs: 99458 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.172 / Rpim(I) all: 0.072 / Rrim(I) all: 0.187 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.47-1.56.51.4433075546990.3480.5971.5661.495.4
8.06-47.225.60.06640617190.9940.0320.07423.599.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 4h2g

4h2g


解像度: 1.47→47.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 3.174 / SU ML: 0.05 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.064 / ESU R Free: 0.065 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1956 4820 4.8 %RANDOM
Rwork0.1726 ---
obs0.1738 94572 98.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 65.23 Å2 / Biso mean: 13.828 Å2 / Biso min: 6.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.09 Å20 Å20 Å2
2--0.2 Å2-0 Å2
3----0.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.47→47.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4062 0 33 349 4444
Biso mean--22.56 22.73 -
残基数----524
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0134355
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174140
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9661.6315950
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.571.5829572
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.2085573
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.75223.099213
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.72615739
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1031522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2565
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.025076
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02972
LS精密化 シェル解像度: 1.472→1.51 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 326 -
Rwork0.291 6780 -
all-7106 -
obs--97.02 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 24.122 Å / Origin y: 24.426 Å / Origin z: 22.754 Å
111213212223313233
T0.0041 Å2-0.0019 Å2-0.0009 Å2-0.0077 Å2-0.0026 Å2--0.0203 Å2
L0.0812 °2-0.1213 °20.0842 °2-0.3571 °2-0.1506 °2--0.141 °2
S0.0002 Å °-0.0015 Å °-0.005 Å °-0.0224 Å °0.0152 Å °0.0146 Å °0.0006 Å °0.0145 Å °-0.0154 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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