PDB-7pa9: JC polyomavirus VP1 in complex with Fab 98D3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7pa9

タイトル

JC polyomavirus VP1 in complex with Fab 98D3

要素

Fab 98D3 VH
Fab 98D3 VL
Major capsid protein VP1

キーワード

VIRAL PROTEIN / antibody / polyomavirus / VP1 / neutralization

機能・相同性

機能・相同性情報

T=7 icosahedral viral capsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能

生物種

JC polyomavirus (JC ポリオーマウイルス)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Stroeh, L.J. / Harprecht, C. / Freytag, J. / Stehle, T.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural characterization of human neutralizing antibodies against JC and BK polyomavirus
著者: Harprecht, C. / Stroeh, L.J. / Senn, L. / O'Hara, B.A. / Nagel, F. / Freytag, J. / Stiehrof, Y.D. / Atwood, W.J. / Combaluzier, B. / Stehle, T.

履歴

登録	2021年7月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7pa9.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7pa9.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7pa9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7pa9_validation.pdf.gz	667.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7pa9_full_validation.pdf.gz	731.3 KB	表示
XML形式データ	7pa9_validation.xml.gz	212.3 KB	表示
CIF形式データ	7pa9_validation.cif.gz	286.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pa/7pa9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pa/7pa9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7pa6C 7pa7C 7pa8C 7paaC 3nxgS 5bvjS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (4) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (5)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#47 - 2003年11月
シミアンウイルス40 (Simian Virus 40)
類似性 (4)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)
#200 - 2016年8月
正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses)
類似性 (5)

登録構造単位

AAA: Major capsid protein VP1

BBB: Major capsid protein VP1

CCC: Major capsid protein VP1

DDD: Major capsid protein VP1

EEE: Major capsid protein VP1

FFF: Major capsid protein VP1

GGG: Major capsid protein VP1

HHH: Major capsid protein VP1

III: Major capsid protein VP1

JJJ: Major capsid protein VP1

KKK: Fab 98D3 VH

LLL: Fab 98D3 VL

MMM: Fab 98D3 VH

NNN: Fab 98D3 VL

OOO: Fab 98D3 VH

PPP: Fab 98D3 VL

QQQ: Fab 98D3 VH

RRR: Fab 98D3 VL

SSS: Fab 98D3 VL

TTT: Fab 98D3 VH

UUU: Fab 98D3 VL

VVV: Fab 98D3 VH

WWW: Fab 98D3 VL

XXX: Fab 98D3 VH

YYY: Fab 98D3 VH

ZZZ: Fab 98D3 VL

aaa: Fab 98D3 VL

bbb: Fab 98D3 VH

ccc: Fab 98D3 VH

ddd: Fab 98D3 VL

971 kDa, 30 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Major capsid protein VP1

BBB: Major capsid protein VP1

CCC: Major capsid protein VP1

DDD: Major capsid protein VP1

EEE: Major capsid protein VP1

KKK: Fab 98D3 VH

LLL: Fab 98D3 VL

MMM: Fab 98D3 VH

NNN: Fab 98D3 VL

OOO: Fab 98D3 VH

PPP: Fab 98D3 VL

QQQ: Fab 98D3 VH

RRR: Fab 98D3 VL

ccc: Fab 98D3 VH

ddd: Fab 98D3 VL

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
486 kDa, 15 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

FFF: Major capsid protein VP1

GGG: Major capsid protein VP1

HHH: Major capsid protein VP1

III: Major capsid protein VP1

JJJ: Major capsid protein VP1

SSS: Fab 98D3 VL

TTT: Fab 98D3 VH

UUU: Fab 98D3 VL

VVV: Fab 98D3 VH

WWW: Fab 98D3 VL

XXX: Fab 98D3 VH

YYY: Fab 98D3 VH

ZZZ: Fab 98D3 VL

aaa: Fab 98D3 VL

bbb: Fab 98D3 VH

登録者が定義した集合体
486 kDa, 15 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	170.970, 202.310, 251.660
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Major capsid protein VP1 / Major structural protein VP1 分子量: 30075.861 Da / 分子数: 10 / 断片: UNP residues 23-290 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) JC polyomavirus (JC ポリオーマウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03089
#2: 抗体	Fab 98D3 VH 分子量: 43939.391 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体	Fab 98D3 VL 分子量: 23117.639 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.86 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M Ammonium tartrate dibasic pH 7.0, 12% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.99999 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.75→50 Å / Num. obs: 225685 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.8 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 11.99
反射シェル	解像度: 2.75→2.85 Å / Num. unique obs: 16539 / CC_1/2: 0.68

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3NXG, 5BVJ

3nxg

5bvj

解像度: 2.75→49.153 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.925 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.88 / WR_factor R_free: 0.227 / WR_factor R_work: 0.177 / Average fsc free: 0.863 / Average fsc work: 0.8829 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 1.287 / ESU R Free: 0.359 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2628	11285	5 %
R_work	0.2068	214400	-
all	0.21	-	-
obs	-	225685	99.957 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.959 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.966 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	5.19 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-4.224 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.75→49.153 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	50676	0	0	346	51022

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	51864
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.036	0.017	46099
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.676	1.644	70637
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.441	1.569	107317
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.709	5	6607
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.298	22.94	2401
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.705	15	7987
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.467	15	236
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	6861
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	58429
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	10675
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.196	0.2	8540
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.219	0.2	43006
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	23993
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	22643
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	1213
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.082	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.257	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.232	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.239	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.016	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.863	4.981	26623
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.863	4.981	26622
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.584	7.457	33165
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.584	7.457	33166
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.729	5.073	25241
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.729	5.073	25242
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.416	7.551	37472
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.416	7.551	37472
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.973	92.626	201779
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.973	92.631	201734

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.75-2.821	0.39	825	0.331	15663	0.334	16494	0.677	0.713	99.9636	0.305
2.821-2.898	0.341	806	0.3	15324	0.302	16132	0.764	0.772	99.9876	0.265
2.898-2.982	0.326	782	0.281	14847	0.283	15632	0.795	0.808	99.9808	0.244
2.982-3.073	0.322	764	0.261	14515	0.264	15282	0.809	0.836	99.9804	0.222
3.073-3.174	0.294	737	0.24	14005	0.243	14744	0.845	0.866	99.9864	0.204
3.174-3.285	0.305	712	0.227	13537	0.231	14250	0.849	0.881	99.993	0.192
3.285-3.408	0.288	691	0.221	13119	0.224	13814	0.871	0.898	99.971	0.19
3.408-3.547	0.282	665	0.214	12638	0.217	13305	0.883	0.912	99.985	0.188
3.547-3.703	0.263	637	0.206	12116	0.208	12755	0.9	0.919	99.9843	0.182
3.703-3.883	0.247	613	0.192	11630	0.195	12243	0.913	0.93	100	0.169
3.883-4.092	0.238	580	0.171	11026	0.175	11607	0.922	0.943	99.9914	0.149
4.092-4.338	0.22	552	0.158	10490	0.161	11045	0.936	0.951	99.9728	0.136
4.338-4.635	0.19	520	0.142	9878	0.145	10401	0.954	0.963	99.9712	0.124
4.635-5.003	0.213	484	0.152	9205	0.154	9691	0.941	0.956	99.9794	0.132
5.003-5.474	0.218	448	0.164	8509	0.167	8957	0.942	0.954	100	0.143
5.474-6.111	0.261	408	0.197	7752	0.2	8160	0.91	0.934	100	0.171
6.111-7.038	0.273	360	0.198	6845	0.202	7205	0.918	0.935	100	0.171
7.038-8.576	0.238	309	0.195	5865	0.197	6175	0.931	0.94	99.9838	0.175
8.576-11.948	0.207	244	0.192	4629	0.193	4878	0.948	0.953	99.8975	0.185
11.948-49.153	0.327	148	0.31	2807	0.311	2958	0.884	0.886	99.8986	0.309

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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