PDB-7pa8: JC polyomavirus VP1 in complex with Fab 27C2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7pa8

タイトル

JC polyomavirus VP1 in complex with Fab 27C2

要素

Fab 27C2 heavy chain
Fab 27C2 light chain
Major capsid protein VP1

キーワード

VIRAL PROTEIN / antibody / polyomavirus / VP1 / neutralization

機能・相同性

機能・相同性情報

T=7 icosahedral viral capsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能

生物種

JC polyomavirus (JC ポリオーマウイルス)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.15 Å

データ登録者

Stroeh, L.J. / Harprecht, C. / Freytag, J. / Stehle, T.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural characterization of human neutralizing antibodies against JC and BK polyomavirus
著者: Harprecht, C. / Stroeh, L.J. / Senn, L. / O'Hara, B.A. / Nagel, F. / Freytag, J. / Stiehrof, Y.D. / Atwood, W.J. / Combaluzier, B. / Stehle, T.

履歴

登録	2021年7月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7pa8.cif.gz	549.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7pa8.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7pa8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pa/7pa8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pa/7pa8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7pa6C 7pa7C 7pa9C 7paaC 3nxgS 5bvjS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (4) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (5)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#47 - 2003年11月
シミアンウイルス40 (Simian Virus 40)
類似性 (4)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)
#200 - 2016年8月
正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses)
類似性 (5)

登録構造単位

AAA: Major capsid protein VP1

BBB: Major capsid protein VP1

CCC: Major capsid protein VP1

DDD: Major capsid protein VP1

EEE: Major capsid protein VP1

FFF: Fab 27C2 light chain

GGG: Fab 27C2 light chain

HHH: Fab 27C2 heavy chain

III: Fab 27C2 light chain

JJJ: Fab 27C2 heavy chain

KKK: Fab 27C2 light chain

LLL: Fab 27C2 heavy chain

MMM: Fab 27C2 light chain

NNN: Fab 27C2 heavy chain

YYY: Fab 27C2 heavy chain

479 kDa, 15 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	137.070, 110.440, 158.210
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.115, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Major capsid protein VP1 / Major structural protein VP1 分子量: 30075.861 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 23-290 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) JC polyomavirus (JC ポリオーマウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03089
#2: 抗体	Fab 27C2 light chain 分子量: 22227.623 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体	Fab 27C2 heavy chain 分子量: 43524.938 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.64 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Ammonium citrate tribasic pH 7.0, 12% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.99 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.15→49.007 Å / Num. obs: 81593 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.03 % / CC_1/2: 0.98 / R_rim(I) all: 0.32 / Net I/σ(I): 9.49
反射シェル	解像度: 3.15→3.34 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 12843 / CC_1/2: 0.53 / R_rim(I) all: 1.05

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3NXG, 5BVJ

3nxg

5bvj

解像度: 3.15→49.007 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.903 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.872 / WR_factor R_free: 0.217 / WR_factor R_work: 0.193 / Average fsc free: 0.8945 / Average fsc work: 0.9052 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.405 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2407	4079	5.001 %
R_work	0.212	77491	-
all	0.213	-	-
obs	-	81570	99.682 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.462 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	6.326 Å²	-0 Å²	0.325 Å²
2-	-	-2.023 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.313 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.15→49.007 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21270	0	0	0	21270

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	21774
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.037	0.017	19268
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.604	1.642	29671
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.444	1.569	44756
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.859	5	2803
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.411	22.653	965
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.348	15	3202
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.891	15	104
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	2872
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	24617
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.008	0.02	4507
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	3734
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.224	0.2	17795
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	10335
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	9343
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	401
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.05	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.273	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.293	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.204	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.689	5.036	11341
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.689	5.036	11340
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.403	7.525	14101
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.403	7.525	14102
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.628	4.923	10433
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.628	4.924	10434
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.285	7.379	15570
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.285	7.379	15571
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.549	90.886	84636
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.549	90.886	84637

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
3.15-3.232	0.35	288	0.33	5475	0.331	5984	0.746	0.762	96.3068	0.312
3.232-3.32	0.327	293	0.278	5572	0.28	5869	0.798	0.825	99.9318	0.262
3.32-3.415	0.301	282	0.261	5356	0.263	5638	0.841	0.851	100	0.241
3.415-3.52	0.265	279	0.243	5300	0.244	5579	0.873	0.882	100	0.223
3.52-3.635	0.236	267	0.216	5067	0.217	5335	0.914	0.916	99.9813	0.194
3.635-3.762	0.254	259	0.214	4913	0.216	5172	0.901	0.913	100	0.192
3.762-3.903	0.234	250	0.195	4763	0.197	5013	0.916	0.935	100	0.174
3.903-4.061	0.226	242	0.189	4591	0.191	4833	0.923	0.935	100	0.167
4.061-4.24	0.198	230	0.169	4382	0.171	4613	0.945	0.951	99.9783	0.15
4.24-4.446	0.178	222	0.16	4205	0.161	4427	0.957	0.958	100	0.141
4.446-4.684	0.187	211	0.155	4006	0.156	4217	0.955	0.963	100	0.137
4.684-4.965	0.183	199	0.158	3796	0.159	3995	0.952	0.958	100	0.139
4.965-5.304	0.201	189	0.171	3580	0.173	3769	0.94	0.954	100	0.151
5.304-5.724	0.278	175	0.204	3329	0.208	3504	0.895	0.924	100	0.18
5.724-6.261	0.248	162	0.227	3085	0.228	3249	0.921	0.917	99.9384	0.2
6.261-6.986	0.281	148	0.222	2797	0.225	2945	0.903	0.923	100	0.198
6.986-8.04	0.229	130	0.221	2478	0.221	2608	0.925	0.929	100	0.199
8.04-9.781	0.231	112	0.229	2119	0.229	2231	0.93	0.933	100	0.215
9.781-13.565	0.242	88	0.246	1672	0.246	1761	0.937	0.927	99.9432	0.239
13.565-49.007	0.337	53	0.363	1006	0.362	1062	0.85	0.86	99.7175	0.361

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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