PDB-7pa7: BK polyomavirus VP1 in complex with scFv 29B1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7pa7

タイトル

BK polyomavirus VP1 in complex with scFv 29B1

要素

Major capsid protein VP1
scFv 29B1 antibody heavy chain

キーワード

VIRAL PROTEIN / antibody / polyomavirus / VP1 / neutralization

機能・相同性

機能・相同性情報

caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / T=7 icosahedral viral capsid / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Betapolyomavirus hominis (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Harprecht, C. / Stroeh, L.J. / Freytag, J. / Stehle, T.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural characterization of human neutralizing antibodies against JC and BK polyomavirus
著者: Harprecht, C. / Stroeh, L.J. / Senn, L. / O'Hara, B.A. / Nagel, F. / Freytag, J. / Stiehrof, Y.D. / Atwood, W.J. / Combaluzier, B. / Stehle, T.

履歴

登録	2021年7月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7pa7.cif.gz	924.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7pa7.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7pa7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7pa7_validation.pdf.gz	557.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7pa7_full_validation.pdf.gz	583 KB	表示
XML形式データ	7pa7_validation.xml.gz	156.4 KB	表示
CIF形式データ	7pa7_validation.cif.gz	213.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pa/7pa7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pa/7pa7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7pa6C 7pa8C 7pa9C 7paaC 4kq3S 4mj1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (4) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (5)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#47 - 2003年11月
シミアンウイルス40 (Simian Virus 40)
類似性 (4)
#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
類似性 (1)
#200 - 2016年8月
正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses)
類似性 (5)

登録構造単位

eee: scFv 29B1 antibody heavy chain

AAA: Major capsid protein VP1

BBB: Major capsid protein VP1

CCC: Major capsid protein VP1

DDD: Major capsid protein VP1

EEE: Major capsid protein VP1

MMM: Major capsid protein VP1

NNN: Major capsid protein VP1

OOO: Major capsid protein VP1

PPP: Major capsid protein VP1

QQQ: Major capsid protein VP1

aaa: scFv 29B1 antibody heavy chain

bbb: scFv 29B1 antibody heavy chain

ccc: scFv 29B1 antibody heavy chain

ddd: scFv 29B1 antibody heavy chain

mmm: scFv 29B1 antibody heavy chain

nnn: scFv 29B1 antibody heavy chain

ooo: scFv 29B1 antibody heavy chain

ppp: scFv 29B1 antibody heavy chain

qqq: scFv 29B1 antibody heavy chain

572 kDa, 20 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

eee: scFv 29B1 antibody heavy chain

AAA: Major capsid protein VP1

BBB: Major capsid protein VP1

CCC: Major capsid protein VP1

DDD: Major capsid protein VP1

EEE: Major capsid protein VP1

aaa: scFv 29B1 antibody heavy chain

bbb: scFv 29B1 antibody heavy chain

ccc: scFv 29B1 antibody heavy chain

ddd: scFv 29B1 antibody heavy chain

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
286 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

MMM: Major capsid protein VP1

NNN: Major capsid protein VP1

OOO: Major capsid protein VP1

PPP: Major capsid protein VP1

QQQ: Major capsid protein VP1

mmm: scFv 29B1 antibody heavy chain

nnn: scFv 29B1 antibody heavy chain

ooo: scFv 29B1 antibody heavy chain

ppp: scFv 29B1 antibody heavy chain

qqq: scFv 29B1 antibody heavy chain

登録者が定義した集合体
286 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	114.588, 114.614, 142.373
Angle α, β, γ (deg.)	92.315, 105.996, 111.407
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: 抗体	scFv 29B1 antibody heavy chain 分子量: 26947.736 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
#2: タンパク質	Major capsid protein VP1 / Major structural protein VP1 分子量: 30261.039 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Betapolyomavirus hominis (ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P03088
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 726 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.65 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium malonate (pH 5.5), 14.4% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.99 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→49.2 Å / Num. obs: 181005 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 1.8 % / B_iso Wilson estimate: 34 Å² / CC_1/2: 0.98 / R_rim(I) all: 0.17 / Net I/σ(I): 5.9
反射シェル	解像度: 2.6→2.81 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 55527 / CC_1/2: 0.61 / R_rim(I) all: 0.74

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4MJ1, 4KQ3

4mj1

4kq3

解像度: 2.6→48.444 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.898 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.87 / WR_factor R_free: 0.248 / WR_factor R_work: 0.223 / Average fsc free: 0.8545 / Average fsc work: 0.865 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.764 / ESU R Free: 0.335 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2724	1810	1 %
R_work	0.2471	179174	-
all	0.247	-	-
obs	-	180984	91.922 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.747 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.103 Å²	-0.183 Å²	0.491 Å²
2-	-	-1.288 Å²	0.287 Å²
3-	-	-	1.898 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→48.444 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	36978	0	0	726	37704

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	37873
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.037	0.017	33398
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.438	1.648	51569
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.376	1.572	77534
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.792	5	4822
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.569	22.199	1878
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.608	15	5716
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.388	15	227
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	4923
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	43139
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	8014
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	6089
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.223	0.2	31517
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.166	0.2	17731
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	16921
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.209	0.2	862
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.189	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.199	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.285	0.2	115
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.278	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.044	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.639	2.874	19418
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.639	2.874	19417
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.158	4.292	24195
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.158	4.292	24196
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.848	2.939	18455
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.848	2.939	18455
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.507	4.348	27374
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.507	4.348	27375
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.778	53.295	153107
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.781	53.29	152985

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.6-2.667	0.389	139	0.362	13779	0.362	14569	0.692	0.717	95.5316	0.358
2.667-2.74	0.33	138	0.325	13718	0.325	14162	0.788	0.773	97.8393	0.319
2.74-2.819	0.335	135	0.312	13305	0.313	13700	0.786	0.784	98.1022	0.3
2.819-2.906	0.353	131	0.296	13035	0.297	13396	0.789	0.822	98.2831	0.283
2.906-3.001	0.267	128	0.276	12630	0.276	12965	0.845	0.856	98.4034	0.261
3.001-3.106	0.31	124	0.27	12283	0.27	12590	0.848	0.863	98.5465	0.254
3.106-3.222	0.279	119	0.261	11742	0.261	12023	0.875	0.875	98.6526	0.246
3.222-3.353	0.295	115	0.263	11389	0.264	11663	0.87	0.873	98.6367	0.251
3.353-3.502	0.289	49	0.253	4911	0.254	11211	0.888	0.891	44.2423	0.239
3.502-3.672	0.236	87	0.243	8547	0.243	10689	0.916	0.915	80.7746	0.229
3.672-3.869	0.255	82	0.228	8097	0.228	10148	0.91	0.93	80.5972	0.212
3.869-4.102	0.25	66	0.215	6566	0.215	9639	0.919	0.932	68.8038	0.2
4.102-4.383	0.236	89	0.2	8834	0.201	9022	0.921	0.943	98.9027	0.188
4.383-4.731	0.206	84	0.186	8275	0.187	8435	0.945	0.95	99.099	0.175
4.731-5.178	0.193	76	0.19	7604	0.19	7743	0.951	0.946	99.1864	0.176
5.178-5.781	0.245	70	0.221	6874	0.221	7003	0.925	0.933	99.1575	0.203
5.781-6.659	0.274	61	0.254	6081	0.254	6193	0.92	0.923	99.1765	0.23
6.659-8.117	0.328	53	0.243	5175	0.244	5278	0.85	0.914	99.0527	0.226
8.117-11.322	0.261	40	0.23	3997	0.23	4063	0.916	0.923	99.3601	0.222
11.322-48.444	0.33	24	0.28	2332	0.28	2365	0.834	0.879	99.6194	0.282

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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