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- PDB-7p9m: BrxU, GmrSD-family Type IV restriction enzyme -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p9m
タイトルBrxU, GmrSD-family Type IV restriction enzyme
要素DUF262 domain-containing protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Restriction endonuclease / Phage defence protein
機能・相同性Domain of unknown function DUF262 / GmrSD restriction endonuclease, N-terminal domain / GmrSD restriction endonucleases N-terminal domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Escherichia fergusonii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Picton, D.M. / Luyten, Y. / Morgan, R.D. / Nelson, A. / Smith, D.L. / Dryden, D.T.F. / Hinton, J.C.D. / Blower, T.R.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M011186/1 英国
Other privateLister Insitute of Preventative Medicine Prize Fellowship 英国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021
タイトル: The phage defence island of a multidrug resistant plasmid uses both BREX and type IV restriction for complementary protection from viruses.
著者: Picton, D.M. / Luyten, Y.A. / Morgan, R.D. / Nelson, A. / Smith, D.L. / Dryden, D.T.F. / Hinton, J.C.D. / Blower, T.R.
履歴
登録2021年7月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct / Item: _struct.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DUF262 domain-containing protein
B: DUF262 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,3016
ポリマ－135,9782
非ポリマー3244
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5860 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area55800 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)196.875, 68.367, 129.591
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.448, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 DUF262 domain-containing protein


分子量: 67988.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Plasmid pEFER
由来: (組換発現) Escherichia fergusonii (strain ATCC 35469 / DSM 13698 / CCUG 18766 / IAM 14443 / JCM 21226 / LMG 7866 / NBRC 102419 / NCTC 12128 / CDC 0568-73) (バクテリア)
株: ATCC 35469 / DSM 13698 / CCUG 18766 / IAM 14443 / JCM 21226 / LMG 7866 / NBRC 102419 / NCTC 12128 / CDC 0568-73
遺伝子: EFER_p0024 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B7L3S9
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.53 % / 解説: Crystals looked like irregular shards
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Tris-HCl (pH 7.5), 0.2 M ammonium sulphate, 20% w/v PEG3350
PH範囲: 7.4-7.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→98.14 Å / Num. obs: 40622 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 98.18 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2.85→2.96 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 1.021 / Num. unique obs: 4514 / CC1/2: 0.368 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMACCCP4 Program Suite v7.1.015精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.85→98.14 Å / SU ML: 0.6402 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 37.6959
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2776 1783 4.7 %
Rwork0.2655 36151 -
obs0.2661 37934 93.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 97.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→98.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9136 0 16 0 9152
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01269339
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.89412612
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.13261364
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00741633
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.76353493
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.85-2.930.4381410.4299849X-RAY DIFFRACTION29.04
2.93-3.010.41621360.42782520X-RAY DIFFRACTION85.13
3.01-3.110.46551360.41132932X-RAY DIFFRACTION99
3.11-3.220.41381200.38852969X-RAY DIFFRACTION99.81
3.22-3.350.39251280.34442975X-RAY DIFFRACTION99.97
3.35-3.50.31371570.3142938X-RAY DIFFRACTION99.94
3.5-3.690.30481450.29082966X-RAY DIFFRACTION99.97
3.69-3.920.27081670.27652957X-RAY DIFFRACTION99.9
3.92-4.220.29971350.25532985X-RAY DIFFRACTION100
4.22-4.640.25471330.23722985X-RAY DIFFRACTION99.97
4.64-5.320.24021890.23772961X-RAY DIFFRACTION100
5.32-6.70.28711680.27352995X-RAY DIFFRACTION100
6.7-98.140.22381280.22233119X-RAY DIFFRACTION99.72

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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