+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ag6 | ||||||
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Title | Structure of VirB4 of Thermoanaerobacter pseudethanolicus | ||||||
Components | TYPE IV SECRETORY PATHWAY VIRB4 COMPONENTS-LIKE PROTEIN | ||||||
Keywords | HYDROLASE / TYPE IV SECRETION / CONJUGATION | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | THERMOANAEROBACTER PSEUDETHANOLICUS (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.35 Å | ||||||
Authors | Wallden, K. / Williams, R. / Yan, J. / Lian, P.W. / Wang, L. / Thalassinos, K. / Orlova, E.V. / Waksman, G. | ||||||
Citation | Journal: Proc Natl Acad Sci U S A / Year: 2012 Title: Structure of the VirB4 ATPase, alone and bound to the core complex of a type IV secretion system. Authors: Karin Walldén / Robert Williams / Jun Yan / Pei W Lian / Luchun Wang / Konstantinos Thalassinos / Elena V Orlova / Gabriel Waksman / Abstract: Type IV secretion (T4S) systems mediate the transfer of proteins and DNA across the cell envelope of bacteria. These systems play important roles in bacterial pathogenesis and in horizontal transfer ...Type IV secretion (T4S) systems mediate the transfer of proteins and DNA across the cell envelope of bacteria. These systems play important roles in bacterial pathogenesis and in horizontal transfer of antibiotic resistance. The VirB4 ATPase of the T4S system is essential for both the assembly of the system and substrate transfer. In this article, we present the crystal structure of the C-terminal domain of Thermoanaerobacter pseudethanolicus VirB4. This structure is strikingly similar to that of another T4S ATPase, VirD4, a protein that shares only 12% sequence identity with VirB4. The VirB4 domain purifies as a monomer, but the full-length protein is observed in a monomer-dimer equilibrium, even in the presence of nucleotides and DNAs. We also report the negative stain electron microscopy structure of the core complex of the T4S system of the Escherichia coli pKM101 plasmid, with VirB4 bound. In this structure, VirB4 is also monomeric and bound through its N-terminal domain to the core's VirB9 protein. Remarkably, VirB4 is observed bound to the side of the complex where it is ideally placed to play its known regulatory role in substrate transfer. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4ag6.cif.gz | 460 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4ag6.ent.gz | 390.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4ag6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/4ag6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/4ag6 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 44447.320 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: ATPASE DOMAIN, RESIDUES 203-594 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) THERMOANAEROBACTER PSEUDETHANOLICUS (bacteria) Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): STAR / References: UniProt: B0KAW2 #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.7 Å3/Da / Density % sol: 54 % / Description: NONE |
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Crystal grow | Details: 30% PEG 3350; 100 MM BIS-TRIS, PH 5.75; 200 MM AMMONIUM SULPHATE |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I02 / Wavelength: 0.9808 |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Dec 6, 2010 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9808 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.35→19.96 Å / Num. obs: 80446 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 39.26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 14.8 |
Reflection shell | Resolution: 2.35→2.48 Å / Redundancy: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 99.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD Starting model: NONE Resolution: 2.35→19.956 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 0 / Phase error: 25.08 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.95 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 65.239 Å2 / ksol: 0.353 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.35→19.956 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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