PDB-7p97: Structure of 3-phospho-D-glycerate guanylyltransferase with produ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7p97

タイトル

Structure of 3-phospho-D-glycerate guanylyltransferase with product 3-GPPG bound

要素

3-phospho-D-glycerate guanylyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / F420 synthesis / FbiD / CofC / guanylyltransferase / 3-phospho-glycerate

機能・相同性

3-phospho-D-glycerate guanylyltransferase / phospholactate guanylyltransferase activity / Phosphoenolpyruvate guanylyltransferase CofC / Guanylyl transferase CofC like / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / GTP binding / 3-(guanosine-5'-diphospho)-D-glycerate / 3-phospho-D-glycerate guanylyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Mycetohabitans rhizoxinica (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Palm, G.J. / Berndt, L. / Lammers, M.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Mbio / 年: 2022
タイトル: Diversification by CofC and Control by CofD Govern Biosynthesis and Evolution of Coenzyme F 420 and Its Derivative 3PG-F 420.
著者: Hasan, M. / Schulze, S. / Berndt, L. / Palm, G.J. / Braga, D. / Richter, I. / Last, D. / Lammers, M. / Lackner, G.

履歴

登録	2021年7月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年2月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年11月30日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / citation / citation_author Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2022年12月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7p97.cif.gz	292.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7p97.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7p97.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7p97_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7p97_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	7p97_validation.xml.gz	18.5 KB	表示
CIF形式データ	7p97_validation.cif.gz	26.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p9/7p97 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p9/7p97	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6bwgS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6e87-d 5vt7-1 1g5m-d 2jhh-1 6bpv-d 6n42-d 4wkc-d 1lof-2 4xfb-d 2ic1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: 3-phospho-D-glycerate guanylyltransferase

BBB: 3-phospho-D-glycerate guanylyltransferase

ヘテロ分子

53.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: 3-phospho-D-glycerate guanylyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
26.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: 3-phospho-D-glycerate guanylyltransferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
26.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.090, 57.090, 228.970
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	BBB-305- CL
2	1	BBB-491- HOH

#1: タンパク質	3-phospho-D-glycerate guanylyltransferase / 3PG guanylyltransferase 分子量: 25906.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycetohabitans rhizoxinica (strain DSM 19002 / CIP 109453 / HKI 454) (バクテリア) 株: DSM 19002 / CIP 109453 / HKI 454 / 遺伝子: cofC, RBRH_02550 / プラスミド: pACYCduet / 詳細 (発現宿主): N-terminal His-tag / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) 参照: UniProt: E5ASS2, 3-phospho-D-glycerate guanylyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-6WI / 3-(guanosine-5'-diphospho)-D-glycerate / 3GPPG / (2~{R})-3-[[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-2-oxidanyl-propanoic acid 分子量: 531.263 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₉N₅O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 10% PEG 3000, 200 mm MgCl2, 100 mm sodium cacodylate pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月28日 / 詳細: Si111
放射	モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 18963 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.1 % / B_iso Wilson estimate: 29.9 Å² / CC_1/2: 0.975 / R_rim(I) all: 0.489 / R_sym value: 0.465 / Net I/σ(I): 5.4
反射シェル	解像度: 2.35→2.49 Å / 冗長度: 10.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 31546 / CC_1/2: 0.511 / R_rim(I) all: 1.898 / R_sym value: 1.805 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS	Feb 5, 2021	データ削減
XDS	Feb 5, 2021	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6bwg

6bwg

解像度: 2.35→49.49 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.904 / SU B: 22.024 / SU ML: 0.221 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.35 / ESU R Free: 0.24 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2381	878	4.63 %
R_work	0.1865	18084	-
all	0.189	-	-
obs	-	18962	99.832 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.473 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.004 Å²	0.002 Å²	0 Å²
2-	-	0.004 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.013 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→49.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2945	0	75	194	3214

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	3091
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2916
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.822	1.666	4220
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.299	1.59	6699
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.321	5	400
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	25.429	19.404	151
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.585	15	459
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.79	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	412
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.036	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3492
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	700
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	628
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.181	0.2	2673
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.159	0.2	1467
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	1570
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.159	0.2	140
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.053	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.155	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.2	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.104	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.69	1.56	1594
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.678	1.559	1593
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.158	2.336	1990
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.159	2.338	1991
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.032	1.732	1497
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.032	1.732	1498
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.731	2.523	2228
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.73	2.523	2229
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.109	18.518	3380
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.099	18.501	3370

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.35-2.41	0.375	54	0.306	1302	X-RAY DIFFRACTION	98.4749
2.41-2.476	0.285	47	0.29	1311	X-RAY DIFFRACTION	99.9264
2.476-2.548	0.285	67	0.262	1190	X-RAY DIFFRACTION	100
2.548-2.626	0.361	58	0.239	1220	X-RAY DIFFRACTION	100
2.626-2.712	0.258	48	0.211	1197	X-RAY DIFFRACTION	99.9197
2.712-2.808	0.269	45	0.217	1123	X-RAY DIFFRACTION	99.9145
2.808-2.914	0.302	54	0.205	1118	X-RAY DIFFRACTION	99.9147
2.914-3.033	0.278	51	0.205	1042	X-RAY DIFFRACTION	100
3.033-3.167	0.28	72	0.204	1012	X-RAY DIFFRACTION	100
3.167-3.322	0.262	43	0.193	987	X-RAY DIFFRACTION	99.903
3.322-3.502	0.239	49	0.167	915	X-RAY DIFFRACTION	99.8964
3.502-3.714	0.195	47	0.144	876	X-RAY DIFFRACTION	99.7838
3.714-3.97	0.188	35	0.148	846	X-RAY DIFFRACTION	99.8866
3.97-4.288	0.191	45	0.142	794	X-RAY DIFFRACTION	100
4.288-4.697	0.142	49	0.125	708	X-RAY DIFFRACTION	100
4.697-5.252	0.202	26	0.133	666	X-RAY DIFFRACTION	100
5.252-6.063	0.229	29	0.177	596	X-RAY DIFFRACTION	100
6.063-7.425	0.146	17	0.163	521	X-RAY DIFFRACTION	100
7.425-10.495	0.256	29	0.124	402	X-RAY DIFFRACTION	100
10.495-49.49	0.177	13	0.245	260	X-RAY DIFFRACTION	99.2727

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9297	-0.5806	0.712	1.9892	-0.3912	2.1591	0.01	-0.014	0.0233	0.0847	-0.0832	0.0729	-0.0184	-0.0929	0.0732	0.0118	-0.0054	0.0073	0.0315	-0.0054	0.0091	-18.3748	19.9083	42.882
2	2.1247	0.6149	-0.1254	2.4971	-0.5628	2.6654	-0.0073	0.0091	-0.0761	0.0409	0.0079	0.052	0.0777	-0.0976	-0.0006	0.0457	0.005	-0.0016	0.0526	-0.0079	0.0064	-17.7896	-2.8391	66.2015

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	12 - 214
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BBB	12 - 206

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)