PDB-7p8r: X-ray structure of the adduct of a vanadium picolinate complex wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7p8r

タイトル

X-ray structure of the adduct of a vanadium picolinate complex with RNase A at pH 5.1

要素

Ribonuclease pancreatic

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / vanadium / ribonuclease / metalation

機能・相同性

機能・相同性情報

pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.27 Å

データ登録者

Ferraro, G. / Merlino, A.

引用

ジャーナル: Inorg.Chem. / 年: 2021
タイトル: Spectroscopic/Computational Characterization and the X-ray Structure of the Adduct of the V IV O-Picolinato Complex with RNase A.
著者: Ferraro, G. / Demitri, N. / Vitale, L. / Sciortino, G. / Sanna, D. / Ugone, V. / Garribba, E. / Merlino, A.

履歴

登録	2021年7月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年12月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7p8r.cif.gz	125.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7p8r.ent.gz	95 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7p8r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7p8r_validation.pdf.gz	857.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7p8r_full_validation.pdf.gz	859.7 KB	表示
XML形式データ	7p8r_validation.xml.gz	16.6 KB	表示
CIF形式データ	7p8r_validation.cif.gz	25.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p8/7p8r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p8/7p8r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1jvtS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4mxf-2 1bel-d 2xoi-2 4g8v-2 2xog-2 3ev0-2 1lsq-1 3d8z-1 2g4w-1 1o0h-1 1jvv-1 1w4q-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (9) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Ribonuclease pancreatic

B: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

27.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
14.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.230, 33.020, 72.710
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.161, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Ribonuclease pancreatic / RNase 1 / RNase A 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823, pancreatic ribonuclease
#2: 化合物	ChemComp-AIV / hydroxy(oxo)bis(pyridine-2-carboxylato-kappa~2~N,O)vanadium(3+) 分子量: 328.151 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₉N₂O₆V / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 389 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.95 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.1 / 詳細: 22% PEG 4K 10 mM sodium citrate pH 5.1

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.96 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.268→72.71 Å / Num. obs: 58090 / % possible obs: 91.3 % / 冗長度: 5 % / CC_1/2: 0.992 / R_merge(I) obs: 0.095 / R_pim(I) all: 0.042 / R_rim(I) all: 0.105 / Net I/σ(I): 8.6
反射シェル	解像度: 1.268→1.29 Å / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.664 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 2507 / CC_1/2: 0.828 / R_pim(I) all: 0.365 / R_rim(I) all: 0.761 / % possible all: 79.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1jvt

1jvt

解像度: 1.27→72.71 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.978 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 3.164 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.062 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2222	2754	4.766 %
R_work	0.158	55036	-
all	0.161	-	-
obs	-	57790	91.291 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.638 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.101 Å²	0 Å²	-0.021 Å²
2-	-	0.651 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.27→72.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1862	0	30	389	2281

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.013	2084
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.018	1751
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	3.549	1.669	2850
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.621	1.587	4129
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.79	5	270
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.638	23.925	107
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.551	15	355
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.521	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.106	0.2	278
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	2429
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	414
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	443
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.2	0.2	1666
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	992
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.089	0.2	909
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.196	0.2	252
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.2	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.238	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.192	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.181	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.66	1.814	1041
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.656	1.814	1040
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.143	2.731	1321
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.142	2.731	1322
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.49	2.16	1042
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.446	2.155	1038
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.052	3.084	1528
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.95	3.075	1522
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.549	24.404	2451
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.285	23.077	2340
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.077	3	3833

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.27-1.303	0.461	196	0.432	3489	0.434	4628	0.55	0.561	79.624	0.421
1.303-1.339	0.467	177	0.416	3509	0.419	4497	0.54	0.577	81.9658	0.401
1.339-1.377	0.39	165	0.379	3556	0.38	4456	0.673	0.692	83.5054	0.357
1.377-1.42	0.402	175	0.337	3514	0.34	4252	0.691	0.74	86.7592	0.311
1.42-1.466	0.321	193	0.28	3489	0.282	4162	0.818	0.831	88.4671	0.253
1.466-1.518	0.305	159	0.247	3408	0.249	4008	0.834	0.861	88.997	0.221
1.518-1.575	0.26	171	0.194	3400	0.198	3890	0.899	0.914	91.7995	0.176
1.575-1.639	0.261	162	0.16	3324	0.165	3740	0.906	0.935	93.2086	0.148
1.639-1.712	0.231	151	0.138	3192	0.142	3562	0.932	0.952	93.8518	0.132
1.712-1.796	0.205	145	0.121	3121	0.124	3435	0.939	0.961	95.0801	0.121
1.796-1.893	0.181	175	0.113	2916	0.117	3261	0.957	0.97	94.7869	0.117
1.893-2.008	0.181	147	0.112	2843	0.116	3102	0.957	0.971	96.3894	0.123
2.008-2.146	0.19	116	0.118	2728	0.121	2916	0.959	0.97	97.5309	0.134
2.146-2.318	0.16	126	0.101	2523	0.103	2710	0.967	0.979	97.7491	0.118
2.318-2.539	0.168	110	0.111	2355	0.113	2520	0.963	0.974	97.8175	0.139
2.539-2.838	0.193	107	0.12	2120	0.124	2258	0.956	0.969	98.6271	0.153
2.838-3.276	0.211	87	0.137	1935	0.14	2051	0.945	0.964	98.5861	0.179
3.276-4.011	0.195	76	0.124	1610	0.127	1704	0.964	0.975	98.9437	0.165
4.011-5.663	0.166	71	0.129	1272	0.131	1353	0.977	0.98	99.2609	0.187
5.663-72.71	0.258	44	0.237	719	0.238	780	0.949	0.941	97.8205	0.34

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