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万見
- PDB-7p8q: Structure of E.coli RlmJ in complex with an RNA conjugate (GA-SAM) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p8q
タイトルStructure of E.coli RlmJ in complex with an RNA conjugate (GA-SAM)
要素
  • RNA conjugate (GA-SAM)
  • Ribosomal RNA large subunit methyltransferase J
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RNA MTases / methyltransferase / SAM analogue / m6A / RNA binding / SAM conjugate / RlmJ / conjugate analogue / RNA recognition / bisubstrate analogue
機能・相同性
機能・相同性情報


23S rRNA (adenine2030-N6)-methyltransferase / 23S rRNA (adenine(2030)-N(6))-methyltransferase activity / rRNA (adenine-N6-)-methyltransferase activity / carbon utilization / rRNA base methylation / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosomal RNA large subunit methyltransferase J / Ribosomal RNA large subunit methyltransferase D, RlmJ / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6D6 / RNA / Ribosomal RNA large subunit methyltransferase J
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.289 Å
データ登録者Meynier, V. / Catala, M. / Oerum, S. / Barraud, P. / Tisne, C.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-19-CE07-0028 フランス
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: Synthesis of RNA-cofactor conjugates and structural exploration of RNA recognition by an m6A RNA methyltransferase.
著者: Meynier, V. / Iannazzo, L. / Catala, M. / Oerum, S. / Braud, E. / Atdjian, C. / Barraud, P. / Fonvielle, M. / Tisne, C. / Etheve-Quelquejeu, M.
履歴
登録2021年7月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosomal RNA large subunit methyltransferase J
B: RNA conjugate (GA-SAM)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9643
ポリマ－32,5392
非ポリマー4241
水90150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Global Stoichiometry: Monomer - A1
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1710 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area12340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.320, 38.300, 90.800
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.360, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Ribosomal RNA large subunit methyltransferase J / 23S rRNA (adenine(2030)-N6)-methyltransferase / 23S rRNA m6A2030 methyltransferase


分子量: 31989.607 Da / 分子数: 1 / 変異: K60E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rlmJ, yhiR, b3499, JW3466 / プラスミド: pET15B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P37634, 23S rRNA (adenine2030-N6)-methyltransferase
#2: RNA鎖 RNA conjugate (GA-SAM)


分子量: 549.474 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-6D6 / 5'-{[(3S)-3-amino-3-carboxypropyl](3-aminopropyl)amino}-5'-deoxyadenosine / (S)-2-アミノ-4-(5′-アデノシル3-アミノプロピルアミノ)ブタン酸


分子量: 424.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H28N8O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.57 % / 解説: Plate
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M BIS-TRIS pH 6.5 0.2M NaCl 25% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月17日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.289→39.5 Å / Num. obs: 12282 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6 % / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.1765 / Rpim(I) all: 0.07894 / Rrim(I) all: 0.1943 / Net I/σ(I): 7.59
反射 シェル解像度: 2.289→2.37 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.7592 / Num. unique obs: 1108 / CC1/2: 0.809 / Rpim(I) all: 0.3245 / Rrim(I) all: 0.8272 / % possible all: 89.94

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6QDX

6qdx


解像度: 2.289→39.5 Å / SU ML: 0.56 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.17 / 位相誤差: 36.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2754 609 4.99 %
Rwork0.2177 22007 -
obs0.2206 12282 98.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 203.51 Å2 / Biso mean: 60.8363 Å2 / Biso min: 27.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.289→39.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2213 0 119 50 2382
Biso mean--70.82 50.85 -
残基数----275
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.289-2.39080.45581300.4001248988
2.3908-2.51690.35351480.35352788100
2.5169-2.67450.33331480.32022788100
2.6745-2.8810.35531440.31332768100
2.881-3.17090.33551530.264284599
3.1709-3.62950.32471390.2296273599
3.6295-4.5720.21541450.1613278999
4.572-39.50.20461480.15042805100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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