[日本語] English
万見
- PDB-7p8k: Crystal structure of in planta processed AvrRps4 in complex with ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p8k
タイトルCrystal structure of in planta processed AvrRps4 in complex with the WRKY domain of RRS1
要素
  • Avirulence protein,Avirulence protein
  • Disease resistance protein RRS1
キーワードTRANSCRIPTION / Type III secreted effector / NLR / Integrated domain
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response / ADP binding / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / signal transduction / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / : / WRKY domain / WRKY domain superfamily / WRKY DNA -binding domain / WRKY domain profile. / DNA binding domain / Leucine-rich repeat 3 / Leucine Rich Repeat / Disease resistance protein Roq1-like, winged-helix domain ...: / : / WRKY domain / WRKY domain superfamily / WRKY DNA -binding domain / WRKY domain profile. / DNA binding domain / Leucine-rich repeat 3 / Leucine Rich Repeat / Disease resistance protein Roq1-like, winged-helix domain / Disease resistance protein, plants / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Disease resistance protein RRS1 / Avirulence protein
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
Pseudomonas syringae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Mukhi, N. / Brown, H. / Gorenkin, D. / Ding, P. / Bentham, A.R. / Jones, J.D.G. / Banfield, M.J.
資金援助 英国, 4件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)669926 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M011216/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/P012574 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BBS/E/J/000PR9795 英国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Perception of structurally distinct effectors by the integrated WRKY domain of a plant immune receptor.
著者: Mukhi, N. / Brown, H. / Gorenkin, D. / Ding, P. / Bentham, A.R. / Stevenson, C.E.M. / Jones, J.D.G. / Banfield, M.J.
履歴
登録2021年7月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: Disease resistance protein RRS1
A: Avirulence protein,Avirulence protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4573
ポリマ－19,3922
非ポリマー651
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1180 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area8610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.607, 105.607, 66.987
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

-
要素

#1: タンパク質 Disease resistance protein RRS1 / Disease resistance protein RCH2 / Probable WRKY transcription factor 52 / Resistance to ...Disease resistance protein RCH2 / Probable WRKY transcription factor 52 / Resistance to Colletotrichum higginsianum 2 protein / Resistance to Ralstonia solanacearum 1 protein


分子量: 9294.553 Da / 分子数: 1 / 変異: No / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: RRS1, RCH2, RRS1-R, WRKY52 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SHuffle / 参照: UniProt: C4B7M5
#2: タンパク質 Avirulence protein,Avirulence protein


分子量: 10097.181 Da / 分子数: 1 / 変異: No / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas syringae (バクテリア)
遺伝子: avrRps4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): SHuffle / 参照: UniProt: Q52432
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.8M Potassium sodium tartrate tertrahydrate, 0.1M Sodium HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91188 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91188 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→45.77 Å / Num. obs: 6800 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 20.8 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.097 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.65-2.7821.91.185194138880.9040.2381.2112.3100
8.79-45.7316.70.031381322910.0070.03257.598.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4B6X, 5W3X

4b6x

5w3x


解像度: 2.65→45.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 33.631 / SU ML: 0.31 / SU R Cruickshank DPI: 0.4311 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.431 / ESU R Free: 0.303 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2838 299 4.4 %RANDOM
Rwork0.2454 ---
obs0.2473 6477 99.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 173.5 Å2 / Biso mean: 93.11 Å2 / Biso min: 73.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.25 Å21.63 Å20 Å2
2--3.25 Å2-0 Å2
3----10.55 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.65→45.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1016 0 1 3 1020
Biso mean--90.94 78.87 -
残基数----126
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0131034
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.017968
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2371.6551394
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1441.5962212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5855124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.63821.14370
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.65215180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7641512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0490.2132
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021197
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02267
LS精密化 シェル解像度: 2.651→2.72 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.451 19 -
Rwork0.353 467 -
all-486 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.40230.1236-2.51363.68711.92175.6965-0.05280.0757-0.42580.2830.2887-0.10560.52510.3921-0.23590.08620.10660.02870.160.08950.173649.3828-20.6583-0.0356
210.06480.81983.64294.72421.46653.6987-0.2279-0.01280.43060.12380.287-0.0364-0.13830.6671-0.05910.05860.03240.07070.24460.02040.158848.5794-3.71235.4607
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B1210 - 1301
2X-RAY DIFFRACTION2A153 - 214

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る