[日本語] English
万見
- PDB-7p70: The PDZ-domain of SNTB1 complexed with the PDZ-binding motif of H... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p70
タイトルThe PDZ-domain of SNTB1 complexed with the PDZ-binding motif of HPV35-E6
要素
  • Beta-1-syntrophin,Annexin A2
  • Protein E6
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / PDZ / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / positive regulation of low-density lipoprotein particle receptor binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis involved in cholesterol transport / AnxA2-p11 complex / membrane raft assembly / dystrophin-associated glycoprotein complex / positive regulation of vacuole organization / positive regulation of low-density lipoprotein particle clearance / phospholipase A2 inhibitor activity / positive regulation of vesicle fusion ...: / positive regulation of low-density lipoprotein particle receptor binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis involved in cholesterol transport / AnxA2-p11 complex / membrane raft assembly / dystrophin-associated glycoprotein complex / positive regulation of vacuole organization / positive regulation of low-density lipoprotein particle clearance / phospholipase A2 inhibitor activity / positive regulation of vesicle fusion / negative regulation of low-density lipoprotein particle receptor catabolic process / positive regulation of plasma membrane repair / positive regulation of plasminogen activation / PCSK9-AnxA2 complex / myelin sheath adaxonal region / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / Schmidt-Lanterman incisure / vesicle budding from membrane / cornified envelope / plasma membrane protein complex / calcium-dependent phospholipid binding / negative regulation of receptor internalization / collagen fibril organization / S100 protein binding / Dissolution of Fibrin Clot / virion binding / osteoclast development / positive regulation of low-density lipoprotein receptor activity / epithelial cell apoptotic process / positive regulation of receptor recycling / phosphatidylserine binding / positive regulation of exocytosis / 基底膜 / regulation of neurogenesis / Smooth Muscle Contraction / fibrinolysis / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / cytoskeletal protein binding / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / lipid droplet / cell-matrix adhesion / : / response to activity / muscle contraction / PDZ domain binding / 接着結合 / lung development / calcium channel activity / mRNA transcription by RNA polymerase II / serine-type endopeptidase inhibitor activity / 筋鞘 / nuclear matrix / RNA polymerase II transcription regulator complex / calcium-dependent protein binding / azurophil granule lumen / メラノソーム / late endosome membrane / actin binding / midbody / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / basolateral plasma membrane / 血管新生 / collagen-containing extracellular matrix / protease binding / vesicle / host cell cytoplasm / エンドソーム / 細胞骨格 / calmodulin binding / エンドソーム / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / lysosomal membrane / focal adhesion / DNA-templated transcription / シナプス / calcium ion binding / host cell nucleus / Neutrophil degranulation / regulation of DNA-templated transcription / structural molecule activity / 細胞膜 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Syntrophin, split Pleckstrin homology (PH) domain / PH domain / Syntrophin / Annexin A2 / E6 early regulatory protein / E6 superfamily / Early Protein (E6) / Annexin repeat, conserved site / Annexin repeat signature. / Annexin ...Syntrophin, split Pleckstrin homology (PH) domain / PH domain / Syntrophin / Annexin A2 / E6 early regulatory protein / E6 superfamily / Early Protein (E6) / Annexin repeat, conserved site / Annexin repeat signature. / Annexin / Annexin / Annexin repeats / Annexin repeat / Annexin superfamily / Annexin repeat profile. / PH domain / PH domain profile. / PDZドメイン / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZドメイン / PDZ superfamily / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Annexin A2 / Protein E6 / Beta-1-syntrophin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human papillomavirus 35 (パピローマウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Gogl, G. / Cousido-Siah, A. / Trave, G.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Quantitative fragmentomics allow affinity mapping of interactomes.
著者: Gogl, G. / Zambo, B. / Kostmann, C. / Cousido-Siah, A. / Morlet, B. / Durbesson, F. / Negroni, L. / Eberling, P. / Jane, P. / Nomine, Y. / Zeke, A. / Ostergaard, S. / Monsellier, E. / Vincentelli, R. / Trave, G.
履歴
登録2021年7月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
C: Protein E6
A: Beta-1-syntrophin,Annexin A2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6219
ポリマ－48,2362
非ポリマー3857
水4,558253
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2010 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area21000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.800, 60.580, 140.640
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド Protein E6


分子量: 1536.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: N-terminal biotin-ttds label
由来: (合成) Human papillomavirus 35 (パピローマウイルス)
参照: UniProt: P27228
#2: タンパク質 Beta-1-syntrophin,Annexin A2 / 59 kDa dystrophin-associated protein A1 basic component 1 / DAPA1B / BSYN2 / Syntrophin-2 / Tax ...59 kDa dystrophin-associated protein A1 basic component 1 / DAPA1B / BSYN2 / Syntrophin-2 / Tax interaction protein 43 / TIP-43 / Annexin II / Annexin-2 / Calpactin I heavy chain / Calpactin-1 heavy chain / Chromobindin-8 / Lipocortin II / Placental anticoagulant protein IV / PAP-IV / Protein I / p36


分子量: 46699.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNTB1, SNT2B1, ANXA2, ANX2, ANX2L4, CAL1H, LPC2D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13884, UniProt: P07355
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% polyethylene glycol 3350, 200 mM sodium malonate buffered at pH 7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→46 Å / Num. obs: 32358 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 13.2 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.153 / Net I/σ(I): 12.57
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.36 / Num. unique obs: 2327 / CC1/2: 0.503 / Rrim(I) all: 2.13

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5N7D, 2VRF

5n7d

2vrf


解像度: 2→45.897 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2087 1613 4.99 %
Rwork0.1826 30686 -
obs0.184 32299 99.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 118.63 Å2 / Biso mean: 46.0567 Å2 / Biso min: 17.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→45.897 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3283 0 17 253 3553
Biso mean--45.07 48.32 -
残基数----414
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.0001-2.05890.33291300.2848248399
2.0589-2.12540.28761330.2502251299
2.1254-2.20130.2581320.2224251999
2.2013-2.28950.23351320.2171251299
2.2895-2.39360.25061320.20012534100
2.3936-2.51980.20671330.19182523100
2.5198-2.67770.24351330.19772523100
2.6777-2.88440.22721360.19592583100
2.8844-3.17460.23741340.18712543100
3.1746-3.63380.21661370.17512590100
3.6338-4.57760.15871370.14782623100
4.5776-45.8970.17941440.16892741100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る