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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7p70 | ||||||
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タイトル | The PDZ-domain of SNTB1 complexed with the PDZ-binding motif of HPV35-E6 | ||||||
要素 |
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キーワード | PEPTIDE BINDING PROTEIN / PDZ / complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / : / positive regulation of low-density lipoprotein particle receptor binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis involved in cholesterol transport / AnxA2-p11 complex / membrane raft assembly / dystrophin-associated glycoprotein complex / positive regulation of vacuole organization / positive regulation of low-density lipoprotein particle clearance / phospholipase A2 inhibitor activity ...: / : / positive regulation of low-density lipoprotein particle receptor binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis involved in cholesterol transport / AnxA2-p11 complex / membrane raft assembly / dystrophin-associated glycoprotein complex / positive regulation of vacuole organization / positive regulation of low-density lipoprotein particle clearance / phospholipase A2 inhibitor activity / positive regulation of vesicle fusion / negative regulation of low-density lipoprotein particle receptor catabolic process / positive regulation of plasma membrane repair / positive regulation of plasminogen activation / PCSK9-AnxA2 complex / myelin sheath adaxonal region / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / Schmidt-Lanterman incisure / vesicle budding from membrane / cornified envelope / plasma membrane protein complex / calcium-dependent phospholipid binding / negative regulation of receptor internalization / collagen fibril organization / Dissolution of Fibrin Clot / S100 protein binding / virion binding / positive regulation of low-density lipoprotein receptor activity / osteoclast development / epithelial cell apoptotic process / positive regulation of receptor recycling / phosphatidylserine binding / positive regulation of exocytosis / basement membrane / regulation of neurogenesis / Smooth Muscle Contraction / fibrinolysis / cytoskeletal protein binding / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / lipid droplet / cell-matrix adhesion / response to activity / muscle contraction / PDZ domain binding / adherens junction / lung development / calcium channel activity / mRNA transcription by RNA polymerase II / serine-type endopeptidase inhibitor activity / sarcolemma / nuclear matrix / RNA polymerase II transcription regulator complex / calcium-dependent protein binding / azurophil granule lumen / melanosome / late endosome membrane / actin binding / midbody / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / basolateral plasma membrane / angiogenesis / collagen-containing extracellular matrix / protease binding / vesicle / host cell cytoplasm / early endosome / cytoskeleton / calmodulin binding / endosome / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / lysosomal membrane / focal adhesion / DNA-templated transcription / synapse / calcium ion binding / host cell nucleus / Neutrophil degranulation / regulation of DNA-templated transcription / structural molecule activity / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Human papillomavirus 35 (パピローマウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Gogl, G. / Cousido-Siah, A. / Trave, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Quantitative fragmentomics allow affinity mapping of interactomes. 著者: Gogl, G. / Zambo, B. / Kostmann, C. / Cousido-Siah, A. / Morlet, B. / Durbesson, F. / Negroni, L. / Eberling, P. / Jane, P. / Nomine, Y. / Zeke, A. / Ostergaard, S. / Monsellier, E. / Vincentelli, R. / Trave, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7p70.cif.gz | 186.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7p70.ent.gz | 146.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7p70.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7p70_validation.pdf.gz | 443.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7p70_full_validation.pdf.gz | 445.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7p70_validation.xml.gz | 18.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7p70_validation.cif.gz | 27.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p7/7p70 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p7/7p70 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1536.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: N-terminal biotin-ttds label 由来: (合成) Human papillomavirus 35 (パピローマウイルス) 参照: UniProt: P27228 | ||||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 46699.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNTB1, SNT2B1, ANXA2, ANX2, ANX2L4, CAL1H, LPC2D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13884, UniProt: P07355 | ||||||
#3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.56 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 20% polyethylene glycol 3350, 200 mM sodium malonate buffered at pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→46 Å / Num. obs: 32358 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 13.2 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.153 / Net I/σ(I): 12.57 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.36 / Num. unique obs: 2327 / CC1/2: 0.503 / Rrim(I) all: 2.13 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5N7D, 2VRF 解像度: 2→45.897 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.75 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 118.63 Å2 / Biso mean: 46.0567 Å2 / Biso min: 17.57 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2→45.897 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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