PDB-7p6y: N-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD4 WITH compound 5ef

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7p6y

タイトル

N-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD4 WITH compound 5ef

要素

Bromodomain-containing protein 4

キーワード

TRANSCRIPTION / INHIBITOR / HISTONE / EPIGENETIC READER / BROMODOMAIN / BRD4 / BROMODOMAIN CONTAINING PROTEIN 4 / ANTAGONIST

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA polymerase II C-terminal domain binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone reader activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.881 Å

データ登録者

Chung, C.

引用

ジャーナル: Chemistry / 年: 2021
タイトル: One-Step Synthesis of Photoaffinity Probes for Live-Cell MS-Based Proteomics.
著者: Fallon, D.J. / Lehmann, S. / Chung, C.W. / Phillipou, A. / Eberl, C. / Fantom, K.G.M. / Zappacosta, F. / Patel, V.K. / Bantscheff, M. / Schofield, C.J. / Tomkinson, N.C.O. / Bush, J.T.

履歴

登録	2021年7月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年10月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月29日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / diffrn_source Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7p6y.cif.gz	77.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7p6y.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7p6y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7p6y_validation.pdf.gz	918.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7p6y_full_validation.pdf.gz	920.9 KB	表示
XML形式データ	7p6y_validation.xml.gz	14.7 KB	表示
CIF形式データ	7p6y_validation.cif.gz	20.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p6/7p6y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p6/7p6y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7p6vC 7p6wC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5v67-d 7khl-2 5hls-d 4cfk-d 4ioo-d 4yh4-d 6ji3-d 4mr3-d 6mh1-1 6q3y-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Bromodomain-containing protein 4

BBB: Bromodomain-containing protein 4

ヘテロ分子

32 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Bromodomain-containing protein 4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
16 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Bromodomain-containing protein 4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.035, 52.166, 59.957
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.144, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1 分子量: 15099.380 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885
#2: 化合物	ChemComp-5Z1 / 4-benzoyl-N-(2-(2-(2-((2-(1,5-dimethyl-6-oxo-1,6-dihydropyridin-3-yl)-1-((tetrahydro-2H-pyran-4-yl)methyl)-1H-benzo[d]imidazol-6-yl)(methyl)amino)ethoxy)ethoxy)ethyl)-N-(2-oxo-2-((2-(2-(prop-2-yn-1-yloxy)ethoxy)ethyl)amino)ethyl)benzamide 分子量: 889.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₀H₆₀N₆O₉ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.49 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0.1 sodium citrate pH 5.6, 10% w/v PEG4K, 10% w/v propan-2-ol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.97951 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月7日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97951 Å / 相対比: 1

Reflection twin

タイプ	Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
pseudo-merohedral	1	1	H, K, L	1	0.696
pseudo-merohedral	2	2	-h,-k,l	2	0.304

反射

解像度: 1.88→59.96 Å / Num. obs: 20355 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 16.8

反射シェル

解像度: 1.88→1.92 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.478 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 1034 / CC_1/2: 0.839 / % possible all: 96.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: in house model

解像度: 1.881→59.957 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 2.996 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.037 / ESU R Free: 0.032 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.222	1071	5.262 %
R_work	0.177	19283	-
all	0.179	-	-
obs	-	20354	95.775 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.513 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-15.037 Å²	-0 Å²	-4.747 Å²
2-	-	7.438 Å²	0 Å²
3-	-	-	7.599 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.881→59.957 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2096	0	130	208	2434

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	2305
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	2180
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.308	1.661	3135
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.133	1.661	5039
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.809	5	252
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.818	25	112
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.277	15	385
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.478	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.058	0.2	281
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2540
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	518
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.193	0.2	508
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.176	0.2	1975
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	1083
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	927
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.172	0.2	137
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.207	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.185	0.2	109
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.675	4.372	1011
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.659	4.37	1010
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.771	9.821	1262
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.77	9.827	1263
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.133	5.1	1294
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.132	5.1	1295
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.798	11.147	1873
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.797	11.146	1874
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.274	40.762	2754
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.273	40.765	2755

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.881-1.93	0.272	88	0.214	1313	X-RAY DIFFRACTION	89.578
1.93-1.982	0.249	112	0.21	1352	X-RAY DIFFRACTION	96.5699
1.982-2.04	0.274	78	0.202	1352	X-RAY DIFFRACTION	96.8179
2.04-2.103	0.21	57	0.198	1357	X-RAY DIFFRACTION	97.249
2.103-2.171	0.264	94	0.234	1218	X-RAY DIFFRACTION	97.3294
2.171-2.248	0.273	53	0.207	1208	X-RAY DIFFRACTION	92.381
2.248-2.332	0.292	51	0.201	1101	X-RAY DIFFRACTION	88.1408
2.332-2.427	0.307	69	0.209	1138	X-RAY DIFFRACTION	97.2603
2.427-2.535	0.249	53	0.228	1132	X-RAY DIFFRACTION	98.4219
2.535-2.659	0.269	54	0.201	1088	X-RAY DIFFRACTION	97.6068
2.659-2.802	0.157	60		1008	X-RAY DIFFRACTION	96.7391
2.802-2.972	0.258	40	0.19	960	X-RAY DIFFRACTION	97.2763
2.972-3.176	0.272	41	0.185	920	X-RAY DIFFRACTION	97.3658
3.176-3.43	0.231	70	0.173	818	X-RAY DIFFRACTION	97.6898
3.43-3.756	0.145	40		780	X-RAY DIFFRACTION	96.3572
3.756-4.197	0.184	32	0.126	701	X-RAY DIFFRACTION	97.344
4.197-4.843	0.157	39	0.119	618	X-RAY DIFFRACTION	97.1893
4.843-5.922	0.208	20	0.163	540	X-RAY DIFFRACTION	97.3913
5.922-8.334	0.246	8	0.175	440	X-RAY DIFFRACTION	97.6035
8-10	0.238	12	0.165	239	X-RAY DIFFRACTION	95.0758

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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