PDB-7p6w: N-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD4 WITH compound 3bg

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7p6w

タイトル

N-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD4 WITH compound 3bg

要素

Bromodomain-containing protein 4

キーワード

TRANSCRIPTION / INHIBITOR / HISTONE / EPIGENETIC READER / BROMODOMAIN / BRD4 / BROMODOMAIN CONTAINING PROTEIN 4 / ANTAGONIST

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA polymerase II C-terminal domain binding / P-TEFb complex binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / histone H4 reader activity / host-mediated suppression of viral transcription / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / : / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.31 Å

データ登録者

Chung, C.

引用

ジャーナル: Chemistry / 年: 2021
タイトル: One-Step Synthesis of Photoaffinity Probes for Live-Cell MS-Based Proteomics.
著者: Fallon, D.J. / Lehmann, S. / Chung, C.W. / Phillipou, A. / Eberl, C. / Fantom, K.G.M. / Zappacosta, F. / Patel, V.K. / Bantscheff, M. / Schofield, C.J. / Tomkinson, N.C.O. / Bush, J.T.

履歴

登録	2021年7月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年10月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月29日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / diffrn_source Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7p6w.cif.gz	50.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7p6w.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7p6w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7p6w_validation.pdf.gz	717.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7p6w_full_validation.pdf.gz	717.7 KB	表示
XML形式データ	7p6w_validation.xml.gz	9.5 KB	表示
CIF形式データ	7p6w_validation.cif.gz	13.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p6/7p6w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p6/7p6w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7p6vC 7p6yC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4mr3-d 4o75-d 5u2f-2 4cfk-d 6tpx-d 5ti4-d 6mh1-1 5kj0-d 7k6h-d 4lyi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Bromodomain-containing protein 4

ヘテロ分子

15.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.351, 52.103, 57.176
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1 分子量: 15099.380 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885
#2: 化合物	ChemComp-5YY / ethyl 2-(2-(4-azido-N-((2-(1,5-dimethyl-6-oxo-1,6-dihydropyridin-3-yl)-1-((tetrahydro-2H-pyran-4-yl)methyl)-1H-benzo[d]imidazol-6-yl)methyl)benzamido)acetamido)acetate 分子量: 655.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₉N₈O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.12 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 30%w/v PEG 4K, 0.2M Na Acet, 0.1M TRIS pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.31→34.02 Å / Num. obs: 30602 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.1 % / CC_1/2: 0.989 / R_merge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 17.9
反射シェル	解像度: 1.31→1.34 Å / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.996 / Num. unique obs: 2182 / CC_1/2: 0.65 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: in house model

解像度: 1.31→34 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 1.217 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.064 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2205	1562	5.114 %
R_work	0.1954	28981	-
all	0.197	-	-
obs	-	30543	98.193 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.147 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.714 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.278 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.436 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.31→34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1061	0	48	194	1303

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	1214
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1137
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.18	1.658	1661
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.212	1.633	2636
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.444	5	140
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.686	24.921	63
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.078	15	209
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.401	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.056	0.2	148
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1538
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	278
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.2	263
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.168	0.2	976
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	575
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	422
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.111	0.2	139
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.181	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.173	0.2	89
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.423	3.133	545
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.422	3.142	546
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.297	7.053	691
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.297	7.057	691
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.967	3.476	669
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.966	3.476	670
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.206	7.608	970
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.204	7.608	971
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.704	30.617	1460
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.702	30.618	1461

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.31-1.344	0.29	127		2036	X-RAY DIFFRACTION	95.9627
1.344-1.381	0.321	114	0.292	2038	X-RAY DIFFRACTION	97.0243
1.381-1.421	0.273	104		1975	X-RAY DIFFRACTION	97.2859
1.421-1.464	0.263	110	0.243	1920	X-RAY DIFFRACTION	97.5024
1.464-1.512	0.256	90	0.224	1884	X-RAY DIFFRACTION	97.4815
1.512-1.565	0.246	82	0.216	1833	X-RAY DIFFRACTION	97.754
1.565-1.624	0.22	104	0.204	1752	X-RAY DIFFRACTION	98.0454
1.624-1.69	0.213	104		1696	X-RAY DIFFRACTION	98.2533
1.69-1.765	0.217	94	0.204	1646	X-RAY DIFFRACTION	98.7514
1.765-1.851	0.216	80	0.207	1556	X-RAY DIFFRACTION	97.381
1.851-1.951	0.243	90	0.21	1485	X-RAY DIFFRACTION	98.7461
1.951-2.069	0.218	77	0.195	1433	X-RAY DIFFRACTION	99.3421
2.069-2.211	0.18	69	0.18	1367	X-RAY DIFFRACTION	99.0345
2.211-2.387	0.183	56	0.176	1279	X-RAY DIFFRACTION	99.3304
2.387-2.614	0.232	57	0.187	1169	X-RAY DIFFRACTION	99.513
2.614-2.92	0.252	60	0.186	1073	X-RAY DIFFRACTION	99.9118
2.92-3.368	0.207	46	0.19	962	X-RAY DIFFRACTION	99.9009
3.368-4.115	0.197	46	0.169	815	X-RAY DIFFRACTION	99.884
4.115-5.777	0.24	34	0.18	658	X-RAY DIFFRACTION	99.8557
5.777-10	0.19	18		404	X-RAY DIFFRACTION	99.7636

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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