PDB-7p6v: N-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD4 WITH compound 3ag

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7p6v

タイトル

N-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD4 WITH compound 3ag

要素

Bromodomain-containing protein 4

キーワード

TRANSCRIPTION / INHIBITOR / HISTONE / EPIGENETIC READER / BROMODOMAIN / BRD4 / BROMODOMAIN CONTAINING PROTEIN 4 / ANTAGONIST

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA polymerase II C-terminal domain binding / P-TEFb complex binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / histone H4 reader activity / host-mediated suppression of viral transcription / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / : / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.17 Å

データ登録者

Chung, C.

引用

ジャーナル: Chemistry / 年: 2021
タイトル: One-Step Synthesis of Photoaffinity Probes for Live-Cell MS-Based Proteomics.
著者: Fallon, D.J. / Lehmann, S. / Chung, C.W. / Phillipou, A. / Eberl, C. / Fantom, K.G.M. / Zappacosta, F. / Patel, V.K. / Bantscheff, M. / Schofield, C.J. / Tomkinson, N.C.O. / Bush, J.T.

履歴

登録	2021年7月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年10月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月29日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / diffrn_source Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2024年6月19日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7p6v.cif.gz	49.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7p6v.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7p6v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7p6v_validation.pdf.gz	788.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7p6v_full_validation.pdf.gz	792.1 KB	表示
XML形式データ	7p6v_validation.xml.gz	9.4 KB	表示
CIF形式データ	7p6v_validation.cif.gz	13.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p6/7p6v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p6/7p6v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7p6wC 7p6yC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7k6h-d 6uls-d 5acy-2 6tpx-d 5d3j-d 5o97-d 5oww-3 5cfw-d 5nnd-2 4nr8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Bromodomain-containing protein 4

ヘテロ分子

15.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.611, 52.134, 57.186
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1 分子量: 15099.380 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885
#2: 化合物	ChemComp-5Z4 / ethyl 2-(2-(4-azido-N-((2-(1,5-dimethyl-6-oxo-1,6-dihydropyridin-3-yl)-1-((tetrahydro-2H-pyran-4-yl)methyl)-1H-benzo[d]imidazol-6-yl)methyl)-2,3,5,6-tetrafluorobenzamido)acetamido)acetate 分子量: 727.685 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₅F₄N₈O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.52 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 25% w/v PEG1500, 0.1 SPG pH 5.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.91587 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.17→42.59 Å / Num. obs: 41918 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 5.7 % / CC_1/2: 0.989 / R_merge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 10.3
反射シェル	解像度: 1.17→1.2 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.766 / Num. unique obs: 2743 / CC_1/2: 0.65 / % possible all: 87.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
autoPROC		データ削減
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.17→38.557 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 0.848 / SU ML: 0.039 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.051 / ESU R Free: 0.053 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2413	1958	4.676 %
R_work	0.2178	39912	-
all	0.219	-	-
obs	-	41870	95.834 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.204 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.237 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.308 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.071 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.17→38.557 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1047	0	52	192	1291

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.013	1171
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1102
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.131	1.661	1602
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.199	1.627	2554
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.133	5	132
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.077	24.667	60
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.514	15	204
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.193	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.054	0.2	143
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1460
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	260
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.191	0.2	256
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.165	0.2	945
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	558
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	423
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.083	0.2	123
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.134	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.171	0.2	51
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.139	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.939	2.232	516
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.939	2.238	517
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.588	5.011	650
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.587	5.015	650
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.293	2.482	655
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.292	2.481	656
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.163	5.455	951
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.162	5.455	952
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.591	22.241	1412
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.59	22.241	1413

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.17-1.2	0.325	105	0.298	2624	X-RAY DIFFRACTION	86.2788
1.2-1.233	0.27	111	0.27	2669	X-RAY DIFFRACTION	89.7643
1.233-1.269	0.255	121	0.25	2653	X-RAY DIFFRACTION	91.16
1.269-1.308	0.251	142	0.25	2666	X-RAY DIFFRACTION	95.9672
1.308-1.351	0.239	123	0.239	2633	X-RAY DIFFRACTION	96.4648
1.351-1.398	0.258	122	0.235	2541	X-RAY DIFFRACTION	96.5555
1.398-1.451	0.241	129	0.217	2445	X-RAY DIFFRACTION	96.6216
1.451-1.51	0.217	107	0.21	2401	X-RAY DIFFRACTION	97.3602
1.51-1.577	0.231	117	0.209	2290	X-RAY DIFFRACTION	97.174
1.577-1.654	0.211	107	0.199	2195	X-RAY DIFFRACTION	98.0409
1.654-1.743	0.237	120	0.209	2083	X-RAY DIFFRACTION	97.4779
1.743-1.849	0.248	97	0.21	2001	X-RAY DIFFRACTION	97.4907
1.849-1.976	0.256	101	0.207	1882	X-RAY DIFFRACTION	98.6077
1.976-2.134	0.225	89	0.202	1772	X-RAY DIFFRACTION	98.7268
2.134-2.337	0.245	94	0.196	1623	X-RAY DIFFRACTION	99.0768
2.337-2.612	0.307	85	0.213	1484	X-RAY DIFFRACTION	99.053
2.612-3.014	0.23	57	0.222	1347	X-RAY DIFFRACTION	99.5039
3.014-3.687	0.198	70	0.197	1135	X-RAY DIFFRACTION	99.6691
3.687-5.195	0.237	39	0.219	920	X-RAY DIFFRACTION	99.7919
5.195-38.557	0.286	22	0.256	548	X-RAY DIFFRACTION	99.1304

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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