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- PDB-7p56: Variant Surface Glycoprotein 2 (VSG2, MiTat1.2, VSG221) Bound to ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p56
タイトルVariant Surface Glycoprotein 2 (VSG2, MiTat1.2, VSG221) Bound to Calcium
要素Variant surface glycoprotein MITAT 1.2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Variant Surface Glycoprotein / VSG Coat / Trypanosoma brucei / Immune Evasion / African trypanosome / calcium / metal binding
機能・相同性Variant surface glycoprotein C-terminal domain superfamily / Trypanosome variant surface glycoprotein, A-type, N-terminal domain / Trypanosome variant surface glycoprotein (A-type) / evasion of host immune response / side of membrane / plasma membrane / Variant surface glycoprotein MITAT 1.2
機能・相同性情報
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.735 Å
データ登録者Gkeka, A. / Aresta-Branco, F. / Stebbins, C.E. / Papavasiliou, F.N.
引用
ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023
タイトル: Immunodominant surface epitopes power immune evasion in the African trypanosome.
著者: Gkeka, A. / Aresta-Branco, F. / Triller, G. / Vlachou, E.P. / van Straaten, M. / Lilic, M. / Olinares, P.D.B. / Perez, K. / Chait, B.T. / Blatnik, R. / Ruppert, T. / Verdi, J.P. / Stebbins, C. ...著者: Gkeka, A. / Aresta-Branco, F. / Triller, G. / Vlachou, E.P. / van Straaten, M. / Lilic, M. / Olinares, P.D.B. / Perez, K. / Chait, B.T. / Blatnik, R. / Ruppert, T. / Verdi, J.P. / Stebbins, C.E. / Papavasiliou, F.N.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022
タイトル: Immunodominant surface epitopes power immune evasion in the African trypanosome
著者: Gkeka, A. / Aresta-Branco, F. / Triller, G. / Vlachou, E.P. / Lilic, M. / Olinares, P.D.B. / Perez, K. / Chait, B.T. / Blatnik, R. / Ruppert, T. / Stebbins, C.E. / Papavasiliou, F.N.
履歴
登録2021年7月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年4月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Variant surface glycoprotein MITAT 1.2
B: Variant surface glycoprotein MITAT 1.2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,6206
ポリマ－102,2052
非ポリマー1,4154
水6,143341
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10180 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area24760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.915, 87.585, 88.121
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.140, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Variant surface glycoprotein MITAT 1.2 / VSG 221


分子量: 51102.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: VSG2 WT binds calcium.
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
発現宿主: Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
参照: UniProt: P26332
#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 341 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M K-acetate, 22% PEG8000.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.735→61.81 Å / Num. obs: 65518 / % possible obs: 97.26 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 27.53 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.07673 / Rpim(I) all: 0.04939 / Rrim(I) all: 0.07673 / Net I/σ(I): 10.93
反射 シェル解像度: 1.735→1.797 Å / Rmerge(I) obs: 1.565 / Mean I/σ(I) obs: 0.75 / Num. unique obs: 5809 / CC1/2: 0.307 / Rpim(I) all: 1.032 / Rrim(I) all: 1.882 / % possible all: 86.82

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSVERSION Oct 15, 2015 BUILT=20151015データ削減
XDSVERSION Oct 15, 2015 BUILT=20151015データスケーリング
PHENIXPHENIX: Phaser 2.5.6位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1VSG

1vsg


解像度: 1.735→61.81 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2211 3206 4.94 %
Rwork0.1894 61737 -
obs0.1911 65518 97.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 88.64 Å2 / Biso mean: 34.7901 Å2 / Biso min: 16.46 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.735→61.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4928 0 91 341 5360
Biso mean--46.47 39.65 -
残基数----680
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.73-1.760.4091210.36431977209873
1.76-1.790.35051390.36912726286597
1.79-1.820.37481340.36322626276096
1.82-1.850.35221360.33012733286999
1.85-1.880.34591450.29612724286999
1.88-1.920.33141280.29182695282398
1.92-1.960.30121450.26572748289399
1.96-20.28681430.24192706284999
2-2.050.28961110.23772758286999
2.05-2.10.30391290.22822653278298
2.1-2.150.23431290.21982765289499
2.15-2.220.27971380.21392642278097
2.22-2.290.25371480.20172697284598
2.29-2.370.23291590.18042740289999
2.37-2.470.21131480.17322696284499
2.47-2.580.24081480.1762754290299
2.58-2.710.21711360.17292741287799
2.71-2.890.19941210.17222729285098
2.89-3.110.20661390.16712722286199
3.11-3.420.21851400.16242741288199
3.42-3.920.18071550.152701285697
3.92-4.930.16491570.15282716287398
4.93-87.230.1951570.19012747290498
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5723-4.1136-1.48058.08092.74281.01540.07630.21810.0236-0.0717-0.15990.07260.0406-0.13480.07430.2593-0.0182-0.01220.27830.03390.2148-67.103102.5702108.8765
24.2144-3.3396-2.8178.93266.52256.00730.20630.2280.0831-0.2577-0.0133-0.2349-0.20990.1105-0.18730.2868-0.0270.0450.2887-0.0310.1827-46.552271.386788.4387
32.9486-0.30942.299.60461.89612.26220.41380.7914-0.4102-1.1827-0.0987-1.79630.53821.6852-0.17620.38230.10950.09820.7155-0.13880.5224-33.797965.227478.772
44.2089-1.3859-4.54054.19844.19599.2044-0.11850.18420.1772-0.06120.5605-0.47110.04810.6643-0.46390.226-0.03350.03810.3154-0.08440.3082-41.155775.405395.4939
58.3642-5.6746-6.98918.22598.61319.6627-0.10440.50270.23620.26170.1675-0.31120.24390.1734-0.08940.3207-0.04080.03640.2761-0.00540.2823-49.666685.9418108.4671
63.6956-2.9988-0.27373.55080.76520.95750.09480.2701-0.0233-0.1965-0.21550.2155-0.0831-0.19490.12480.1765-0.0176-0.00750.19430.00740.1927-74.9824105.28114.3058
76.9795-6.0653-6.69445.34266.0236.99690.39451.0876-0.4552-0.8816-0.50710.69010.182-1.03920.13040.2748-0.039-0.07310.33140.01790.319-73.426195.1598109.8095
88.38080.1899-7.04543.54470.03586.3976-0.1990.12370.5616-0.1431-0.0470.07820.2128-0.24930.28830.36060.0102-0.04770.3562-0.01310.2685-64.546290.3362101.2255
93.39932.51381.22556.84890.06978.9066-0.16850.11790.1615-0.40790.07630.1231-0.1015-0.18610.09290.1961-0.00110.02930.22190.03340.2304-58.2113105.6583105.6297
102.0953-0.7536-0.62642.03750.54383.3082-0.01410.05240.2642-0.0276-0.004-0.01-0.3438-0.00020.00430.2442-0.0113-0.03750.1675-0.00440.2472-69.9448116.736124.0762
114.4532.2704-0.41655.786-0.61025.737-0.0107-0.1361-0.00020.0115-0.082-0.4581-0.08640.4340.09360.1338-0.0111-0.00350.1854-0.00330.2034-53.7482105.0273116.4253
127.7888-5.9128-6.28057.67355.18765.2838-0.07690.38260.0707-0.56270.2513-0.83260.10920.0971-0.13320.329-0.04780.10170.27930.00010.3238-48.587592.3725103.4591
137.69-2.7251-4.290.99841.32474.16940.11480.43480.7995-0.7360.2794-0.9382-1.17980.5708-0.52560.6117-0.16750.22170.4284-0.05890.5068-40.333684.525690.5767
140.1257-0.32170.29361.4619-0.26411.0568-0.0367-0.18030.0587-0.04610.1636-0.7539-0.0910.4115-0.11980.3571-0.41140.17990.7458-0.38630.6259-31.587278.808889.8047
151.43510.8965-0.21920.9516-0.63560.6610.037-0.91810.46080.01570.4655-1.221-0.13221.1082-0.3830.31420.02330.04980.9152-0.49710.8117-25.420370.007691.0493
161.8674-1.5171-2.73311.23282.31129.36810.1948-0.16360.2903-0.44270.0998-0.443-0.26431.0709-0.34310.8238-0.34230.37920.9864-0.39050.499-24.906974.856581.7221
175.08231.9136-0.8283.4979-0.05712.42540.0451-0.10810.5992-0.49180.1778-0.0637-0.61250.5198-0.22810.4816-0.13430.15580.4984-0.13120.2871-41.163771.891478.7229
189.70747.11566.67745.23434.87884.607-0.15010.07060.7401-0.5334-0.72251.2803-1.1657-1.12710.83420.53280.093-0.00230.5116-0.14810.4598-55.416468.352378.0883
193.01012.70852.21139.6161-5.01088.44880.0736-0.19910.5642-0.4237-0.31190.2844-0.669-1.36030.12810.40750.02040.05650.432-0.08990.2991-54.763769.335288.2091
206.8933-1.8562.6266.8827-4.45218.52240.27810.4063-0.72760.22220.1329-0.43730.89160.4855-0.3910.4165-0.012-0.06520.3636-0.14710.3439-46.52557.586.7333
212.9195-2.3661-3.34962.27963.16374.23140.0088-0.04660.01590.11110.0166-0.05460.07350.0448-0.01420.3068-0.0193-0.00910.20720.0210.2403-65.284188.2671127.2735
226.9777-2.445-1.70945.02252.03645.48720.11140.0706-0.37530.32070.1478-0.44150.65790.6295-0.22730.28450.0431-0.02660.26-0.06960.2442-43.206663.3409102.2218
237.19813.1393-2.7955.44630.10991.517-0.55550.3989-1.0431-0.41290.3521-0.81671.01330.4790.1090.8540.3735-0.03960.6047-0.32340.597-37.519950.105594.2814
244.499-3.0117-2.35525.10183.29673.51520.12660.5307-0.62590.0209-0.27920.29910.479-0.05440.15850.40660.0119-0.0280.2932-0.09110.2558-50.102160.563898.4354
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397.4381-4.86846.14676.5662-7.66949.5713-0.0266-0.477-0.26550.96340.3007-0.4466-0.05180.6856-0.22370.47860.1008-0.08550.5572-0.22280.4925-36.148764.0514106.8931
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 27:60)A27 - 60
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 61:82)A61 - 82
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 83:89)A83 - 89
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 90:110)A90 - 110
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 111:117)A111 - 117
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 118:171)A118 - 171
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 172:176)A172 - 176
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 177:184)A177 - 184
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 185:195)A185 - 195
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 196:253)A196 - 253
11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resid 254:273)A254 - 273
12X-RAY DIFFRACTION12(chain A and resid 274:286)A274 - 286
13X-RAY DIFFRACTION13(chain A and resid 287:293)A287 - 293
14X-RAY DIFFRACTION14(chain A and resid 294:301)A294 - 301
15X-RAY DIFFRACTION15(chain A and resid 302:309)A302 - 309
16X-RAY DIFFRACTION16(chain A and resid 320:324)A320 - 324
17X-RAY DIFFRACTION17(chain A and resid 325:353)A325 - 353
18X-RAY DIFFRACTION18(chain A and resid 354:362)A354 - 362
19X-RAY DIFFRACTION19(chain A and resid 363:368)A363 - 368
20X-RAY DIFFRACTION20(chain A and resid 369:383)A369 - 383
21X-RAY DIFFRACTION21(chain B and resid 27:62)B27 - 62
22X-RAY DIFFRACTION22(chain B and resid 63:80)B63 - 80
23X-RAY DIFFRACTION23(chain B and resid 81:88)B81 - 88
24X-RAY DIFFRACTION24(chain B and resid 89:106)B89 - 106
25X-RAY DIFFRACTION25(chain B and resid 107:111)B107 - 111
26X-RAY DIFFRACTION26(chain B and resid 112:160)B112 - 160
27X-RAY DIFFRACTION27(chain B and resid 161:174)B161 - 174
28X-RAY DIFFRACTION28(chain B and resid 175:184)B175 - 184
29X-RAY DIFFRACTION29(chain B and resid 185:192)B185 - 192
30X-RAY DIFFRACTION30(chain B and resid 193:207)B193 - 207
31X-RAY DIFFRACTION31(chain B and resid 208:229)B208 - 229
32X-RAY DIFFRACTION32(chain B and resid 230:247)B230 - 247
33X-RAY DIFFRACTION33(chain B and resid 248:255)B248 - 255
34X-RAY DIFFRACTION34(chain B and resid 256:273)B256 - 273
35X-RAY DIFFRACTION35(chain B and resid 274:291)B274 - 291
36X-RAY DIFFRACTION36(chain B and resid 292:306)B292 - 306
37X-RAY DIFFRACTION37(chain B and resid 307:330)B307 - 330
38X-RAY DIFFRACTION38(chain B and resid 331:358)B331 - 358
39X-RAY DIFFRACTION39(chain B and resid 359:367)B359 - 367
40X-RAY DIFFRACTION40(chain B and resid 368:383)B368 - 383

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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