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Yorodumi- PDB-7p4y: GlnK2 from Methanothermococcus thermolithotrophicus in the apo st... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7p4y | ||||||
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Title | GlnK2 from Methanothermococcus thermolithotrophicus in the apo state at a resolution of 2.3 A | ||||||
Components | GlnK2 from Methanothermococcus thermolithotrophicus | ||||||
Keywords | SIGNALING PROTEIN / PII-family protein / protein inhibitor / regulation / methanococcales / methanogenic archaea / thermophile / ATP binding / 2-oxoglutarate / conformational changes / T-loop / nitrogen-metabolism | ||||||
Biological species | Methanothermococcus thermolithotrophicus DSM 2095 (archaea) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Mueller, M.-C. / Wagner, T. | ||||||
Funding support | Germany, 1items
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Citation | Journal: Int J Mol Sci / Year: 2021 Title: The Oxoglutarate Binding Site and Regulatory Mechanism Are Conserved in Ammonium Transporter Inhibitors GlnKs from Methanococcales . Authors: Muller, M.C. / Wagner, T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7p4y.cif.gz | 465.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7p4y.ent.gz | Display | PDB format | |
PDBx/mmJSON format | 7p4y.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7p4y_validation.pdf.gz | 506.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7p4y_full_validation.pdf.gz | 513.3 KB | Display | |
Data in XML | 7p4y_validation.xml.gz | 36.9 KB | Display | |
Data in CIF | 7p4y_validation.cif.gz | 54.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/7p4y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p4/7p4y | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7p4vC 7p50C 7p52C 2j9dS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 14729.015 Da / Num. of mol.: 12 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: / Source: (gene. exp.) Methanothermococcus thermolithotrophicus DSM 2095 (archaea) Strain: DSM 2095 / Tissue: / / Cell: / / Cell line: / / Gene: glnk2 / Organ: / / Variant: / / Plasmid: pET-28a(+) / Cell (production host): / / Cell line (production host): / / Organ (production host): / / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Tissue (production host): / / Variant (production host): / #2: Chemical | ChemComp-CL / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.7 Å3/Da / Density % sol: 54.48 % / Description: Transparent square |
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Crystal grow | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: MtGlnK2 apo was crystallized at a concentration of 30 mg/ml in 25 mM Tris/HCl pH 7.6, 10% glycerol, 2mM dithiothreitol and 500 mM NaCl on a 96-Well MRC 2-Drop Crystallization Plates in ...Details: MtGlnK2 apo was crystallized at a concentration of 30 mg/ml in 25 mM Tris/HCl pH 7.6, 10% glycerol, 2mM dithiothreitol and 500 mM NaCl on a 96-Well MRC 2-Drop Crystallization Plates in polystyrene (SWISSCI). Drop of 0.6 ul of protein was mixed with 0.6 ul of the crystallization solution. The reservoir contained 90 ul of the following crystallization solution 35 % w/v Pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH) and 100 mM HEPES pH 7.5. PH range: / |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 0.99187 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Feb 26, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.99187 Å / Relative weight: 1 |
Reflection twin | Operator: k,h,-l / Fraction: 0.42 |
Reflection | Resolution: 2.3→73.16 Å / Num. obs: 70360 / % possible obs: 96.2 % / Redundancy: 6.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.144 / Net I/σ(I): 10.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.4 Å / Redundancy: 6 % / Rmerge(I) obs: 1.151 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 3519 / CC1/2: 0.671 / Rpim(I) all: 0.508 / Rrim(I) all: 1.259 / % possible all: 81.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2J9D Resolution: 2.3→73.16 Å / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 85.43 / Phase error: 42.05 / Stereochemistry target values: TWIN_LSQ_F Details: The refinement was performed with the following twin operator: k,h,-l
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 97.84 Å2 / Biso mean: 37.6095 Å2 / Biso min: 15.89 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.3→73.16 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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