PDB-7p25: Crystal structure of Paradendryphiella salina PL7A alginate lyase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7p25

タイトル

Crystal structure of Paradendryphiella salina PL7A alginate lyase in complex with hexa-mannuronic acid products

要素

Alginate lyase (PL7)

キーワード

LYASE / complex / beta jelly roll / mutant / alginate lyase

機能・相同性

Alginate lyase 2 / Alginate lyase / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / lyase activity / Alginate lyase (PL7)

機能・相同性情報

生物種

Paradendryphiella salina (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.47 Å

データ登録者

Fredslund, F. / Welner, D.H. / Wilkens, C.

資金援助

デンマーク, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Paradendryphiella salina PL7A alginate lyase in complex with hexa-mannuronic acid products
著者: Fredslund, F. / Welner, D.H. / Wilkens, C.

履歴

登録	2021年7月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年7月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7p25.cif.gz	175.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7p25.ent.gz	115.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7p25.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7p25_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7p25_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	7p25_validation.xml.gz	12.1 KB	表示
CIF形式データ	7p25_validation.cif.gz	17.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p2/7p25 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p2/7p25	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7nczS 6ywf 7nl3 7nm6 7npp 7ny3 7o6h 7oof 7ory S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alginate lyase (PL7)

ヘテロ分子

26.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.600, 74.300, 79.870
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質

Alginate lyase (PL7)

分子量: 25468.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Paradendryphiella salina (菌類) / 遺伝子: PsAlg7A / 発現宿主:

Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: A0A485PVH1

#2: 多糖

4-deoxy-alpha-L-erythro-hex-4-enopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 528.372 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

#3: 多糖

beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 546.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpAb1-4DManpAb1-4DManpAb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a1122A-1b_1-5]/1-1-1/a4-b1_b4-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-ManpA]{[(4+1)][b-D-ManpA]{[(4+1)][b-D-ManpA]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.97 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 20% PEG 1500 and 0.1 M TBG buffer pH 4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.976261 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976261 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.47→37.15 Å / Num. obs: 68024 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.86 % / B_iso Wilson estimate: 18.09 Å² / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 10.88
反射シェル	解像度: 1.47→1.55 Å / Num. unique obs: 10843 / CC_1/2: 0.49

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE	3	データ収集
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
Coot		モデル構築
PHASER	1.19.2_4158	位相決定
PHENIX	1.19.2_4158	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7NCZ

7ncz

解像度: 1.47→37.15 Å / SU ML: 0.2271 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.4625
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1941	2079	3.06 %
R_work	0.1701	65904	-
obs	0.1708	67983	99.62 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.88 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.47→37.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1752	0	73	126	1951

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0079	1941
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.0676	2665
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0858	327
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	344
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.1201	662

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.47-1.5	0.4077	129	0.4513	4216	X-RAY DIFFRACTION	95.54
1.5-1.54	0.3745	140	0.3715	4426	X-RAY DIFFRACTION	99.87
1.54-1.58	0.3127	142	0.3192	4401	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.58-1.63	0.271	132	0.2897	4384	X-RAY DIFFRACTION	99.96
1.63-1.68	0.2769	144	0.2496	4452	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.68-1.74	0.2758	140	0.2205	4396	X-RAY DIFFRACTION	99.91
1.74-1.81	0.2323	137	0.1879	4376	X-RAY DIFFRACTION	99.98
1.81-1.89	0.1973	135	0.1733	4396	X-RAY DIFFRACTION	99.93
1.89-1.99	0.2031	143	0.1455	4428	X-RAY DIFFRACTION	99.87
1.99-2.11	0.2123	138	0.1444	4413	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.11-2.28	0.1745	138	0.1362	4423	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.28-2.51	0.1853	140	0.1481	4381	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.51-2.87	0.1875	142	0.1571	4426	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.87-3.61	0.1435	136	0.1605	4375	X-RAY DIFFRACTION	99.91
3.61-37.15	0.1587	143	0.1356	4411	X-RAY DIFFRACTION	99.87

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.51726912591	0.723198493915	0.703355034377	3.01421099798	-0.00919263871898	2.25986241833	0.00440138227754	-0.0671099837325	0.102757830642	0.121725492187	-0.0391555084871	0.0227417398422	-0.288440615298	-0.0922539498828	0.0336199083275	0.19993863599	0.0265820242143	0.012661957061	0.116042961992	-0.0116956899824	0.124152627916	-14.621	11.665	9.485
2	0.604973744947	0.104077061818	-0.263858120827	1.11866539813	0.130025558113	2.47945938446	-0.023657143109	0.0531462073939	-0.076523011852	-0.0919520137913	-0.000211378308496	-0.0082437246	0.0503037150615	0.0662622767325	0.0210401000178	0.190537608232	0.00900656078142	-0.00779301772537	0.146459423872	-0.00757366124351	0.18515939477	-9.336	-1.774	-4.213
3	2.89049513183	1.93350049467	-1.32551007583	2.1977804759	-1.00689173218	4.37228374769	-0.0134539249282	-0.0115509097178	-0.02487659897	-0.0678434564444	0.0295175187213	-0.0273580313542	-0.0893560063915	-0.0371776434472	-0.050561049	0.168842350119	0.0458868343678	-0.0133180444566	0.0937632121209	-0.0116420835314	0.171691389716	-12.081	2.381	5.179

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 0:77 )	A	0 - 77
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 78:223 )	A	78 - 223
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 224:247 )	A	224 - 247

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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