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万見
- PDB-7p08: Solution structure of the human SF3A1 ubiquitin-like domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7p08
タイトルSolution structure of the human SF3A1 ubiquitin-like domain
要素Isoform 1 of Splicing factor 3A subunit 1
キーワードSPLICING / Spliceosome / U2 snRNP / SF3A / ubiqutin-like domain
機能・相同性Isoform 1 of Splicing factor 3A subunit 1
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者de Vries, T. / Campagne, S. / Allain, F.H.T.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Sequence-specific RNA recognition by an RGG motif connects U1 and U2 snRNP for spliceosome assembly.
著者: de Vries, T. / Martelly, W. / Campagne, S. / Sabath, K. / Sarnowski, C.P. / Wong, J. / Leitner, A. / Jonas, S. / Sharma, S. / Allain, F.H.
履歴
登録2021年6月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform 1 of Splicing factor 3A subunit 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2391
ポリマ－10,2391
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5470 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Isoform 1 of Splicing factor 3A subunit 1 / SF3a120 / Spliceosome-associated protein 114 / SAP 114


分子量: 10238.928 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SF3A1, SAP114 / プラスミド: pET24b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Codon+ / 参照: UniProt: Q15459-1

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic33D HN(CA)CB
121isotropic33D CBCA(CO)NH
131isotropic33D HNCO
141isotropic33D H(CCO)NH
151isotropic33D H(CCO)NH
171isotropic13D 15N-1H HSQC NOESY
181isotropic13D 13Cali-1H HSQC NOESY
191isotropic13D 13Caro-1H HSQC NOESY
1102isotropic2{1H}-15N heteronuclear NOE

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution12.0 mM [U-13C; U-15N] SF3A1, 90% H2O/10% D2O13C15N_sample90% H2O/10% D2O
solution21.1 mM [U-100% 15N] SF3A1, 90% H2O/10% D2O15N_sample90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
2.0 mMSF3A1[U-13C; U-15N]1
1.1 mMSF3A1[U-100% 15N]2
試料状態詳細: 10 mM NaPO4, 50 mM sodium chloride / イオン強度: 60 mM / Label: condition_1 / pH: 6 / 圧: atmospheric Pa / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9001
Bruker AVIIIBrukerAVIII7002
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO6003

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解析

NMR software
名称開発者分類
CARAKeller and Wuthrichデータ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
ATNOSHerrmann, Guntert and Wuthrichpeak picking
CANDIDHerrmann, Guntert and Wuthrichchemical shift assignment
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 3
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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