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- PDB-5lus: Structures of DHBN domain of Pelecanus crispus BLM helicase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5lus
タイトルStructures of DHBN domain of Pelecanus crispus BLM helicase
要素BLM helicase
キーワードHYDROLASE / helicase dimerization alpha-helix motif
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides / DNA 3'-5' helicase / telomere maintenance / isomerase activity / double-strand break repair via homologous recombination / chromosome / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity ...: / : / hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides / DNA 3'-5' helicase / telomere maintenance / isomerase activity / double-strand break repair via homologous recombination / chromosome / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / DNA binding / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RecQ-like DNA helicase BLM, BDHCT-box associated domain / BDHCT-box associated domain on Bloom syndrome protein / BDHCT / BDHCT (NUC031) domain / RQC domain / RQC / RQC domain / Helicase and RNase D C-terminal / HRDC domain / HRDC domain ...RecQ-like DNA helicase BLM, BDHCT-box associated domain / BDHCT-box associated domain on Bloom syndrome protein / BDHCT / BDHCT (NUC031) domain / RQC domain / RQC / RQC domain / Helicase and RNase D C-terminal / HRDC domain / HRDC domain / HRDC domain profile. / ATP-dependent DNA helicase RecQ, zinc-binding domain / RecQ zinc-binding / DNA helicase, ATP-dependent, RecQ type / HRDC domain superfamily / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / HRDC-like superfamily / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA 3'-5' helicase
類似検索 - 構成要素
生物種Pelecanus crispus (ハイイロペリカン)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.433 Å
データ登録者Shi, J. / Chen, W.-F. / Zhang, B. / Fan, S.-H. / Ai, X. / Liu, N.-N. / Rety, S. / Xi, X.-G.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / : 2017
タイトル: A helical bundle in the N-terminal domain of the BLM helicase mediates dimer and potentially hexamer formation.
著者: Shi, J. / Chen, W.F. / Zhang, B. / Fan, S.H. / Ai, X. / Liu, N.N. / Rety, S. / Xi, X.G.
履歴
登録2016年9月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月8日Group: Database references
改定 1.22017年4月19日Group: Database references
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BLM helicase
B: BLM helicase
C: BLM helicase
D: BLM helicase
E: BLM helicase
F: BLM helicase
G: BLM helicase
H: BLM helicase
I: BLM helicase
J: BLM helicase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,42910
ポリマ-76,42910
非ポリマー00
11,908661
1
A: BLM helicase
B: BLM helicase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2862
ポリマ-15,2862
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2690 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area6450 Å2
手法PISA
2
C: BLM helicase
D: BLM helicase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2862
ポリマ-15,2862
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2590 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area6350 Å2
手法PISA
3
E: BLM helicase
F: BLM helicase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2862
ポリマ-15,2862
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2460 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area6380 Å2
手法PISA
4
G: BLM helicase
H: BLM helicase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2862
ポリマ-15,2862
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2520 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area6410 Å2
手法PISA
5
I: BLM helicase
J: BLM helicase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2862
ポリマ-15,2862
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2590 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area6630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.188, 72.408, 79.234
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.44, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
BLM helicase


分子量: 7642.934 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pelecanus crispus (ハイイロペリカン)
遺伝子: N334_02369 / プラスミド: pET15b-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A091SV96
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 661 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.9 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.6 / 詳細: 0.2M NH4 Acetate 0.1M Na Citrate 16% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9754 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9754 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.433→36.2 Å / Num. obs: 105436 / % possible obs: 83 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 20.19 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.034 / Net I/σ(I): 18.56
反射 シェル最高解像度: 1.484 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.3467 / Mean I/σ(I) obs: 2.26 / CC1/2: 0.802 / % possible all: 54

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.433→36.2 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.33
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1717 5242 4.97 %5%
Rwork0.157 ---
obs0.1578 105370 82.91 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.433→36.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3918 0 0 661 4579
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093943
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2395290
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.311558
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052644
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005668
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4331-1.44940.26431030.24361984X-RAY DIFFRACTION49
1.4494-1.46640.26011150.22242173X-RAY DIFFRACTION54
1.4664-1.48430.24631250.21422286X-RAY DIFFRACTION58
1.4843-1.50310.23511430.19232543X-RAY DIFFRACTION64
1.5031-1.52290.21631510.19472732X-RAY DIFFRACTION68
1.5229-1.54380.1921440.18483010X-RAY DIFFRACTION74
1.5438-1.56580.18321510.17253269X-RAY DIFFRACTION81
1.5658-1.58920.21711930.16173536X-RAY DIFFRACTION88
1.5892-1.6140.15771910.16213922X-RAY DIFFRACTION98
1.614-1.64050.16782090.15533979X-RAY DIFFRACTION99
1.6405-1.66880.17062240.15783930X-RAY DIFFRACTION99
1.6688-1.69910.17892400.16243959X-RAY DIFFRACTION99
1.6991-1.73180.21131170.1552560X-RAY DIFFRACTION64
1.7318-1.76710.18451890.15853975X-RAY DIFFRACTION99
1.7671-1.80560.18072070.163950X-RAY DIFFRACTION98
1.8056-1.84760.17322080.1673899X-RAY DIFFRACTION98
1.8476-1.89380.171290.16792306X-RAY DIFFRACTION98
1.8938-1.9450.1807960.16751841X-RAY DIFFRACTION48
1.945-2.00220.1841480.15813195X-RAY DIFFRACTION79
2.0022-2.06680.16391530.15793178X-RAY DIFFRACTION98
2.0668-2.14070.16691730.15323360X-RAY DIFFRACTION97
2.1407-2.22640.1542120.14353913X-RAY DIFFRACTION98
2.2264-2.32770.17521820.13483468X-RAY DIFFRACTION86
2.3277-2.45040.14132220.13863944X-RAY DIFFRACTION99
2.4504-2.60390.15712250.14254000X-RAY DIFFRACTION99
2.6039-2.80480.17511990.15823670X-RAY DIFFRACTION91
2.8048-3.0870.16611970.16374022X-RAY DIFFRACTION99
3.087-3.53330.16932000.15733790X-RAY DIFFRACTION94
3.5333-4.45030.16611680.13983702X-RAY DIFFRACTION90
4.4503-36.21550.18572280.18224032X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.3706-1.94480.63895.3937-1.03323.9693-0.0926-0.3306-0.51960.2525-0.02880.01880.32410.55070.09570.21010.0299-0.00690.32490.06390.222114.8135.597677.0629
22.7489-0.5032-1.7080.6423-0.28832.30030.01630.01520.1321-0.10070.04480.1745-0.3211-0.39440.00030.20290.0197-0.02950.2950.05280.27093.171919.844166.8351
32.17510.6529-1.26075.2297-3.29344.3616-0.17330.2408-0.1356-0.13450.15130.09160.2177-0.15010.00090.1557-0.0074-0.02110.22350.00130.21783.00473.342668.7985
43.29040.7232-0.31657.3928-1.06113.3496-0.12220.2137-0.4945-0.0660.073-0.14550.43980.02010.04680.18990.00070.00110.2537-0.01630.250312.88072.209867.809
54.9518-0.0851-3.69352.27721.16546.96470.17450.03090.734-0.1610.1974-0.0719-0.71990.0468-0.1330.2543-0.0299-0.01440.22030.02290.313611.737723.441868.7192
65.2374-3.0106-0.96414.32550.68481.9533-0.2026-0.60710.24330.09040.2357-0.0936-0.00990.3409-0.0490.158-0.0425-0.03710.33010.01770.197921.923311.743474.2993
74.4884-0.44221.23443.3624-2.20226.2947-0.0734-0.18260.00650.2691-0.0716-0.2248-0.20250.32140.13390.17580.0137-0.00490.19680.03460.24280.4485-2.285286.4835
84.51-1.2066-2.80161.3271-0.62073.66580.10.65580.2347-0.1703-0.03470.03520.3004-0.3408-0.0620.22320.0191-0.01330.36430.10390.2568-13.79452.875371.9699
97.53461.52190.12341.51490.28142.31960.20860.05740.45890.0480.02590.2024-0.1205-0.0078-0.15520.21110.01540.02210.17430.05180.2224-2.500211.1680.6927
105.20781.80140.45085.38840.51084.80960.205-0.39940.20810.3990.0027-0.1806-0.31760.2277-0.19350.2370.00560.01930.1850.00090.2152-4.8085.733888.9903
114.7302-1.1984-3.3053.02811.22086.3865-0.07850.4507-0.3529-0.09490.0180.40710.5109-0.63980.00320.2292-0.0478-0.04340.26790.05280.2467-16.0796-5.372876.0669
121.37250.1775-0.36221.6665-1.26924.614-0.0581-0.0044-0.0039-0.10080.00880.04910.20690.12340.05620.17950.0095-0.00460.13720.02430.2015-6.6313-8.477589.1526
137.06751.54552.40974.34711.02333.892-0.08590.5729-0.2257-0.45950.03030.36190.3451-0.52690.02730.2519-0.0885-0.03150.3278-0.02430.1694-33.2266.791153.7296
142.78430.7201-1.03721.6153-1.01482.298-0.1143-0.2946-0.2283-0.143-0.1138-0.28980.29590.06840.19390.20110.00810.01870.2190.06180.1977-21.85423.310862.8065
152.84690.7053-1.58621.5884-0.39742.8198-0.0483-0.0914-0.059-0.0168-0.00060.09330.2263-0.25730.03850.1822-0.0247-0.02010.21690.01590.1692-30.30419.168563.7675
168.30793.1316-0.28822.39870.71111.4070.02050.44750.3318-0.09190.11510.22280.0208-0.3978-0.12030.1405-0.008-0.0380.27490.03810.1697-38.763713.83958.1079
173.3626-0.60450.3415.9863-3.24675.31890.04130.1650.2519-0.04610.04770.0999-0.4281-0.2275-0.04960.21890.01820.0190.16480.00360.2132-13.979135.527751.9757
182.8623-0.1582-1.10622.77360.21021.49360.0228-0.2012-0.09630.0290.0284-0.14940.02950.1336-0.04960.1633-0.0164-0.02430.18050.01620.1633-5.306428.92561.8845
193.4797-0.234-0.63727.26091.55664.04380.156-0.15760.4495-0.2471-0.0686-0.0692-0.55250.1911-0.06590.2607-0.04970.03040.18040.01340.2665-4.506837.08853.1956
205.97860.2214-3.71361.5585-0.54373.6156-0.44220.1542-0.6841-0.08610.1718-0.18810.64370.03270.19190.307-0.01890.04650.1864-0.02690.3196-8.176217.124650.5583
212.6881.5809-1.97355.884-2.79213.2142-0.02790.42420.1476-0.24190.17920.09220.0911-0.3487-0.13110.2464-0.0047-0.01310.21120.02270.1826-12.490931.134442.803
225.0216-0.81171.18254.843-0.99916.0869-0.23360.4863-0.14590.1045-0.00820.40830.1276-0.650.22460.286-0.06610.05340.2763-0.07410.2346-21.7207-2.369541.6797
237.13830.4384-2.81581.05350.51983.31240.2191-1.0277-0.51111.0173-0.0835-0.28840.76650.5278-0.02050.58710.0791-0.08670.39190.03280.2711-6.9097-5.04656.8851
245.675-2.7453-1.23944.02330.35192.5693-0.0604-0.0810.25850.13170.2241-0.25010.22340.0684-0.15960.241-0.0209-0.00760.1742-0.04810.1599-15.49717.645850.9518
255.8792-2.45760.65385.9781-0.33874.33170.10160.27940.3399-0.2482-0.09510.028-0.1729-0.0819-0.03980.2877-0.0170.02630.1871-0.01990.2106-14.63744.897441.3679
264.52860.5877-3.15831.12460.68413.3638-0.1923-0.457-0.85640.55460.1722-0.30861.32530.6441-0.04780.73330.1771-0.02390.29480.01630.3867-6.7166-12.462950.6574
273.2414-0.65790.48232.6572-2.9227.4826-0.0790.1246-0.19550.2049-0.0390.01050.7172-0.3740.00970.3778-0.04440.06080.1257-0.06810.2459-16.0867-9.435337.4452
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 19 through 37 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 38 through 48 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 49 through 68 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 19 through 37 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 38 through 48 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 49 through 68 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 19 through 37 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 38 through 48 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 49 through 68 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 20 through 37 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 38 through 48 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 49 through 68 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'E' and (resid 20 through 37 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'E' and (resid 38 through 68 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'F' and (resid 21 through 48 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'F' and (resid 49 through 68 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'G' and (resid 20 through 37 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'G' and (resid 38 through 68 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'H' and (resid 20 through 37 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'H' and (resid 38 through 48 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'H' and (resid 49 through 68 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'I' and (resid 19 through 37 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'I' and (resid 38 through 48 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'I' and (resid 49 through 68 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'J' and (resid 19 through 37 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'J' and (resid 38 through 48 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'J' and (resid 49 through 68 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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