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- PDB-7oya: Cryo-EM structure of the 1 hpf zebrafish embryo 80S ribosome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7oya
タイトルCryo-EM structure of the 1 hpf zebrafish embryo 80S ribosome
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 25
  • (60S ribosomal protein ...) x 29
  • (Eukaryotic translation ...) x 2
  • (Ribosomal protein ...) x 15
  • 18S rRNA
  • 28S rRNA
  • 5.8S rRNA
  • 5S rRNA
  • ATPase H+ transporting V0 subunit e1
  • DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
  • Dap1b
  • Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-2-like 1
  • Novel protein similar to human proliferation-associated 2G4 protein (PA2G4)
  • Zgc:103482
  • Zgc:171772
キーワードRIBOSOME / translation / embryo / zebrafish / maternal / Dap1 / Dap1b / Habp4 / Eif5a / Eef2b
機能・相同性
機能・相同性情報


Hypusine synthesis from eIF5A-lysine / Platelet degranulation / optokinetic behavior / regulation of mRNA cis splicing, via spliceosome / Translesion synthesis by REV1 / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Translesion Synthesis by POLH / Downregulation of ERBB4 signaling / Spry regulation of FGF signaling / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling ...Hypusine synthesis from eIF5A-lysine / Platelet degranulation / optokinetic behavior / regulation of mRNA cis splicing, via spliceosome / Translesion synthesis by REV1 / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Translesion Synthesis by POLH / Downregulation of ERBB4 signaling / Spry regulation of FGF signaling / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / EGFR downregulation / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / NF-kB is activated and signals survival / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / RMTs methylate histone arginines / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / Asymmetric localization of PCP proteins / Degradation of AXIN / Degradation of DVL / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / Hedgehog ligand biogenesis / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / TNFR1-mediated ceramide production / Hedgehog 'on' state / Translesion synthesis by POLI / Termination of translesion DNA synthesis / Negative regulation of MAPK pathway / Regulation of necroptotic cell death / MAPK6/MAPK4 signaling / UCH proteinases / Josephin domain DUBs / Metalloprotease DUBs / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Negative regulation of MET activity / Assembly of the pre-replicative complex / Formation of a pool of free 40S subunits / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Ribosomal scanning and start codon recognition / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / Downregulation of ERBB2 signaling / Protein methylation / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Regulation of RUNX2 expression and activity / Regulation of PTEN localization / Regulation of PTEN stability and activity / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Regulation of signaling by CBL / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / Protein hydroxylation / KEAP1-NFE2L2 pathway / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Regulation of RUNX3 expression and activity / mTORC1-mediated signalling / Regulation of FZD by ubiquitination / brain segmentation / p75NTR recruits signalling complexes / Autodegradation of the E3 ubiquitin ligase COP1 / G2/M Checkpoints / Interleukin-1 signaling / nucleate erythrocyte maturation / ABC-family proteins mediated transport / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Regulation of TNFR1 signaling / NOD1/2 Signaling Pathway / convergent extension involved in gastrulation / Ovarian tumor domain proteases / DNA Damage Recognition in GG-NER / Formation of Incision Complex in GG-NER / Ub-specific processing proteases / Neddylation / Oxidative Stress Induced Senescence / Oncogene Induced Senescence / Regulation of TP53 Degradation / Stabilization of p53 / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / convergent extension involved in axis elongation / Neutrophil degranulation / primitive hemopoiesis / embryonic retina morphogenesis in camera-type eye / anatomical structure development / death domain binding / positive regulation of translational termination
類似検索 - 分子機能
DAP1/DAPL1 / Death-associated protein / Intracellular hyaluronan-binding protein 4, N-terminal domain / Intracellular hyaluronan-binding protein 4 N-terminal / PA2G4 family / Hyaluronan / mRNA binding family / RNA binding protein HABP4/SERBP1 / Translation elongation factor, IF5A, hypusine site / Eukaryotic initiation factor 5A hypusine signature. / Eukaryotic elongation factor 5A hypusine, DNA-binding OB fold ...DAP1/DAPL1 / Death-associated protein / Intracellular hyaluronan-binding protein 4, N-terminal domain / Intracellular hyaluronan-binding protein 4 N-terminal / PA2G4 family / Hyaluronan / mRNA binding family / RNA binding protein HABP4/SERBP1 / Translation elongation factor, IF5A, hypusine site / Eukaryotic initiation factor 5A hypusine signature. / Eukaryotic elongation factor 5A hypusine, DNA-binding OB fold / Translation elongation factor IF5A-like / Translation elongation factor, IF5A C-terminal / Eukaryotic elongation factor 5A hypusine, DNA-binding OB fold / Peptidase M24A, methionine aminopeptidase, subfamily 2, binding site / Methionine aminopeptidase subfamily 2 signature. / Hyaluronan/mRNA-binding protein / Hyaluronan / mRNA binding family / 40S ribosomal protein SA / 40S ribosomal protein SA, C-terminal domain / 40S ribosomal protein SA C-terminus / Peptidase M24 / Ubiquitin-like protein FUBI / Elongation Factor G, domain II / Elongation Factor G, domain III / Metallopeptidase family M24 / Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / Creatinase/aminopeptidase-like / Ribosomal protein L30e / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal protein L28e / Ribosomal L15/L27a, N-terminal / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G C-terminus / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / Ribosomal protein L23 / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / EF-G domain III/V-like / : / Ribosomal protein S26e signature. / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / metallochaperone-like domain / TRASH domain / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / : / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S19e
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 60S ribosomal protein L41 / Large ribosomal subunit protein eL24 / 60S ribosomal protein L37a / Large ribosomal subunit protein eL14 ...: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 60S ribosomal protein L41 / Large ribosomal subunit protein eL24 / 60S ribosomal protein L37a / Large ribosomal subunit protein eL14 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Zgc:103482 / 40S ribosomal protein S24 / 60S ribosomal protein L28 / Large ribosomal subunit protein eL22 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Large ribosomal subunit protein eL42 / Small ribosomal subunit protein eS7 / Small ribosomal subunit protein eS8 / 40S ribosomal protein S16 / Large ribosomal subunit protein uL13 / 60S ribosomal protein L32 / Large ribosomal subunit protein eL31 / Ubiquitin-ribosomal protein eL40 fusion protein / 40S ribosomal protein S27 / Large ribosomal subunit protein eL6 / Small ribosomal subunit protein eS17 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein eS4 / Ribosomal protein L18 / 60S ribosomal protein L29 / Large ribosomal subunit protein eL38 / Large ribosomal subunit protein eL33 / 40S ribosomal protein S6 / Ribosomal protein L15 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Ribosomal protein L5 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Ribosomal protein L37 / 60S ribosomal protein L21 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Eukaryotic translation initiation factor 5A / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Eukaryotic translation elongation factor 2 / Large ribosomal subunit protein eL19 / Small ribosomal subunit protein uS4 / 40S ribosomal protein S26 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein eS25 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Small ribosomal subunit protein uS11 / 40S ribosomal protein S19 / Small ribosomal subunit protein eS1 / 60S ribosomal protein L7a / 40S ribosomal protein S30 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein eL36 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Ribosomal protein S10 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Small ribosomal subunit protein eS21 / Large ribosomal subunit protein eL30 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein eL27 / Large ribosomal subunit protein uL16 / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / Ribosomal protein L4 / Large ribosomal subunit protein eL20 / Large ribosomal subunit protein eL34 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Novel protein similar to human proliferation-associated 2G4 protein (PA2G4) / Small ribosomal subunit protein uS13 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein eL13 / Death-associated protein-like 1 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Leesch, F. / Lorenzo-Orts, L. / Grishkovskaya, I. / Kandolf, S. / Belacic, K. / Meinhart, A. / Haselbach, D. / Pauli, A.
資金援助 オーストリア, スイス, 5件
組織認可番号国
Austrian Research Promotion AgencyFFG-852936 オーストリア
Austrian Science FundSTART Projekt Y 1031-B28 オーストリア
Austrian Science FundSFB RNA-Deco F 80 オーストリア
Swiss National Science FoundationP2GEP3_191204 スイス
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF 1165-2019
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: A molecular network of conserved factors keeps ribosomes dormant in the egg.
著者: Friederike Leesch / Laura Lorenzo-Orts / Carina Pribitzer / Irina Grishkovskaya / Josef Roehsner / Anastasia Chugunova / Manuel Matzinger / Elisabeth Roitinger / Katarina Belačić / Susanne ...著者: Friederike Leesch / Laura Lorenzo-Orts / Carina Pribitzer / Irina Grishkovskaya / Josef Roehsner / Anastasia Chugunova / Manuel Matzinger / Elisabeth Roitinger / Katarina Belačić / Susanne Kandolf / Tzi-Yang Lin / Karl Mechtler / Anton Meinhart / David Haselbach / Andrea Pauli /
要旨: Ribosomes are produced in large quantities during oogenesis and are stored in the egg. However, the egg and early embryo are translationally repressed. Here, using mass spectrometry and cryo-electron ...Ribosomes are produced in large quantities during oogenesis and are stored in the egg. However, the egg and early embryo are translationally repressed. Here, using mass spectrometry and cryo-electron microscopy analyses of ribosomes isolated from zebrafish (Danio rerio) and Xenopus laevis eggs and embryos, we provide molecular evidence that ribosomes transition from a dormant state to an active state during the first hours of embryogenesis. Dormant ribosomes are associated with four conserved factors that form two modules, consisting of Habp4-eEF2 and death associated protein 1b (Dap1b) or Dap in complex with eIF5a. Both modules occupy functionally important sites and act together to stabilize ribosomes and repress translation. Dap1b (also known as Dapl1 in mammals) is a newly discovered translational inhibitor that stably inserts into the polypeptide exit tunnel. Addition of recombinant zebrafish Dap1b protein is sufficient to block translation and reconstitute the dormant egg ribosome state in a mammalian translation extract in vitro. Thus, a developmentally programmed, conserved ribosome state has a key role in ribosome storage and translational repression in the egg.
履歴
登録2021年6月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year
改定 1.22023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32023年2月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
22: 18S rRNA
A2: 40S ribosomal protein SA
B2: 40S ribosomal protein S3a
C2: 40S ribosomal protein S2
E2: 40S ribosomal protein S4, X isoform
G2: 40S ribosomal protein S6
H2: 40S ribosomal protein S7
I2: 40S ribosomal protein S8
J2: 40S ribosomal protein S9
L2: 40S ribosomal protein S11
N2: 40S ribosomal protein S13
O2: Ribosomal protein S14
R2: 40S ribosomal protein S17
V2: 40S ribosomal protein S21
W2: 40S ribosomal protein S15a
X2: 40S ribosomal protein S23
Y2: 40S ribosomal protein S24
a2: 40S ribosomal protein S26
b2: 40S ribosomal protein S27
e2: 40S ribosomal protein S30
D2: DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
F2: Ribosomal protein S5
K2: Ribosomal protein S10
P2: 40S ribosomal protein S15
Q2: Ribosomal protein S16
U2: 40S ribosomal protein S20
c2: 40S ribosomal protein S28
d2: 40S ribosomal protein S29
g2: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-2-like 1
Z2: 40S ribosomal protein S25
T2: 40S ribosomal protein S19
S2: 40S ribosomal protein S18
i2: Zgc:103482
Z1: 60S ribosomal protein L27
b1: 60S ribosomal protein L29
c1: 60S ribosomal protein L30
d1: 60S ribosomal protein L31
e1: Ribosomal protein L32
f1: 60S ribosomal protein L35a
g1: 60S ribosomal protein L34
h1: 60S ribosomal protein L35
i1: 60S ribosomal protein L36
j1: Ribosomal protein L37
k1: 60S ribosomal protein L38
o1: 60S ribosomal protein L36a
p1: Zgc:171772
A1: 60S ribosomal protein L8
B1: Ribosomal protein L3
C1: Ribosomal protein L4
D1: Ribosomal protein L5b
E1: 60S ribosomal protein L6
F1: Ribosomal protein L7
G1: 60S ribosomal protein L7a
H1: 60S ribosomal protein L9
J1: 60S ribosomal protein L11
L1: 60S ribosomal protein L13
M1: 60S ribosomal protein L14
N1: Ribosomal protein L15
O1: 60S ribosomal protein L13a
P1: 60S ribosomal protein L17
Q1: Ribosomal protein L18
R1: 60S ribosomal protein L19
T1: 60S ribosomal protein L21
U1: Ribosomal protein L22
V1: 60S ribosomal protein L23
W1: 60S ribosomal protein L24
X1: Ribosomal protein L23a
Y1: ATPase H+ transporting V0 subunit e1
l1: Ribosomal protein L39
n1: 60S ribosomal protein L41
r1: 60S ribosomal protein L28
I1: 60S ribosomal protein L10
S1: 60S ribosomal protein L18a
m1: 60S ribosomal protein L40
a1: 60S ribosomal protein L27a
51: 28S rRNA
71: 5S rRNA
81: 5.8S rRNA
q1: Novel protein similar to human proliferation-associated 2G4 protein (PA2G4)
v2: Eukaryotic translation elongation factor 2
11: Eukaryotic translation initiation factor 5A
s1: Dap1b
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,708,083291
ポリマ－3,702,71582
非ポリマー5,367209
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 4種, 4分子 22517181

#1: RNA鎖 18S rRNA


分子量: 625968.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: GenBank: LR812041.1
#76: RNA鎖 28S rRNA


分子量: 1382249.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: GenBank: AL935186.22
#77: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 38739.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
#78: RNA鎖 5.8S rRNA


分子量: 50823.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: GenBank: LR812041.1

+
40S ribosomal protein ... , 25種, 25分子 A2B2C2E2G2H2I2J2L2N2R2V2W2X2Y2a2b2e2P2U2c2d2Z2T2S2

#2: タンパク質 40S ribosomal protein SA / 37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37/67 kDa laminin receptor / LRP/LR / 67 kDa laminin ...37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37/67 kDa laminin receptor / LRP/LR / 67 kDa laminin receptor / 67LR / Laminin receptor 1 / LamR / Laminin-binding protein precursor p40 / LBP/p40


分子量: 34043.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q803F6
#3: タンパク質 40S ribosomal protein S3a


分子量: 30256.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q6PBY1
#4: タンパク質 40S ribosomal protein S2


分子量: 30342.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q6NWC3
#5: タンパク質 40S ribosomal protein S4, X isoform


分子量: 29746.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q642H9
#6: タンパク質 40S ribosomal protein S6


分子量: 28778.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q6DHL6
#7: タンパク質 40S ribosomal protein S7


分子量: 22293.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: P62084
#8: タンパク質 40S ribosomal protein S8


分子量: 24151.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: P62247
#9: タンパク質 40S ribosomal protein S9


分子量: 22515.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q6P5M3
#10: タンパク質 40S ribosomal protein S11


分子量: 18444.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q7ZV05
#11: タンパク質 40S ribosomal protein S13


分子量: 17231.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q6IMW6
#13: タンパク質 40S ribosomal protein S17


分子量: 15481.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q5BJA1
#14: タンパク質 40S ribosomal protein S21


分子量: 8915.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q7ZUG5
#15: タンパク質 40S ribosomal protein S15a


分子量: 14865.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q6Q420
#16: タンパク質 40S ribosomal protein S23


分子量: 15885.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: A8KB78
#17: タンパク質 40S ribosomal protein S24


分子量: 15383.306 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: B7ZD34
#18: タンパク質 40S ribosomal protein S26


分子量: 13053.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q6P6E2
#19: タンパク質 40S ribosomal protein S27


分子量: 9550.239 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q4VBV2
#20: タンパク質 40S ribosomal protein S30


分子量: 14651.978 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q6PC01
#24: タンパク質 40S ribosomal protein S15


分子量: 17040.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q6Q421
#26: タンパク質 40S ribosomal protein S20


分子量: 13315.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q6P6E7
#27: タンパク質 40S ribosomal protein S28


分子量: 7838.026 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q6PBK3
#28: タンパク質 40S ribosomal protein S29


分子量: 6692.794 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q6Q419
#30: タンパク質 40S ribosomal protein S25


分子量: 13894.333 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q6PBI5
#31: タンパク質 40S ribosomal protein S19


分子量: 15971.671 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q6PBW7
#32: タンパク質 40S ribosomal protein S18


分子量: 17772.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q8JGS9

-
Ribosomal protein ... , 15種, 15分子 O2F2K2Q2e1j1B1C1D1F1N1Q1U1X1l1

#12: タンパク質 Ribosomal protein S14


分子量: 16274.757 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q6PBW3
#22: タンパク質 Ribosomal protein S5


分子量: 22909.400 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q6PC80
#23: タンパク質 Ribosomal protein S10


分子量: 18919.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q7T1J9
#25: タンパク質 Ribosomal protein S16 / Rps16 protein


分子量: 16387.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q1LWH1
#38: タンパク質 Ribosomal protein L32 / Zgc:136952


分子量: 15851.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q24JV1
#43: タンパク質 Ribosomal protein L37


分子量: 11074.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q6IQJ7
#48: タンパク質 Ribosomal protein L3 / Rpl3 protein


分子量: 46358.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q5BJJ2
#49: タンパク質 Ribosomal protein L4


分子量: 42644.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q7ZW95
#50: タンパク質 Ribosomal protein L5b


分子量: 34118.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q6IQB1
#52: タンパク質 Ribosomal protein L7


分子量: 28505.924 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q6Q417
#58: タンパク質 Ribosomal protein L15


分子量: 24124.232 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q6DHS3
#61: タンパク質 Ribosomal protein L18 / Zgc:92872 / Zgc:92872 protein


分子量: 21045.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q6DGL0
#64: タンパク質 Ribosomal protein L22


分子量: 16316.792 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: F1QG80
#67: タンパク質 Ribosomal protein L23a


分子量: 17686.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: F1QGI3
#69: タンパク質 Ribosomal protein L39 / Zgc:92371


分子量: 6410.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q6IMW8

-
タンパク質 , 7種, 7分子 D2g2i2p1Y1q1s1

#21: タンパク質 DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase


分子量: 26879.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
参照: UniProt: Q7ZVD9, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#29: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-2-like 1 / Receptor of activated protein kinase C / RACK


分子量: 35161.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: O42248
#33: タンパク質 Zgc:103482


分子量: 38616.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: B0R085
#46: タンパク質 Zgc:171772 / Zgc:171772 protein


分子量: 10229.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: A7YY10
#68: タンパク質 ATPase H+ transporting V0 subunit e1 / Ribosomal protein L26 / Rpl26 protein


分子量: 17387.506 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q7SXA1
#79: タンパク質 Novel protein similar to human proliferation-associated 2G4 protein (PA2G4) / Proliferation-associated 2G4 / a


分子量: 43391.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q8AW82
#82: タンパク質 Dap1b / Death-associated protein 1b


分子量: 12128.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q9I9N0

+
60S ribosomal protein ... , 29種, 29分子 Z1b1c1d1f1g1h1i1k1o1A1E1G1H1J1L1M1O1P1R1T1V1W1n1r1I1S1m1a1

#34: タンパク質 60S ribosomal protein L27


分子量: 15819.896 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q7ZV82
#35: タンパク質 60S ribosomal protein L29


分子量: 7596.919 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q6DGL4
#36: タンパク質 60S ribosomal protein L30


分子量: 13004.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q7ZUG6
#37: タンパク質 60S ribosomal protein L31


分子量: 14369.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q24JV3
#39: タンパク質 60S ribosomal protein L35a


分子量: 12503.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q6DGM0
#40: タンパク質 60S ribosomal protein L34


分子量: 13401.077 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q7ZWJ7
#41: タンパク質 60S ribosomal protein L35


分子量: 14470.530 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q8JHJ1
#42: タンパク質 60S ribosomal protein L36


分子量: 12216.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q6Q415
#44: タンパク質 60S ribosomal protein L38


分子量: 8238.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q6DGL9
#45: タンパク質 60S ribosomal protein L36a


分子量: 12565.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: P61485
#47: タンパク質 60S ribosomal protein L8


分子量: 28131.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q6P0V6
#51: タンパク質 60S ribosomal protein L6


分子量: 30618.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q567N5
#53: タンパク質 60S ribosomal protein L7a


分子量: 30077.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q6PBZ1
#54: タンパク質 60S ribosomal protein L9


分子量: 21689.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q5BKV9
#55: タンパク質 60S ribosomal protein L11


分子量: 20415.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q6IQI6
#56: タンパク質 60S ribosomal protein L13


分子量: 24426.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q90Z10
#57: タンパク質 60S ribosomal protein L14


分子量: 16166.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: A8E526
#59: タンパク質 60S ribosomal protein L13a


分子量: 23731.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q1LYB7
#60: タンパク質 60S ribosomal protein L17


分子量: 21476.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q7T1K0
#62: タンパク質 60S ribosomal protein L19


分子量: 23522.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q6P5L3
#63: タンパク質 60S ribosomal protein L21


分子量: 18574.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q6IQQ0
#65: タンパク質 60S ribosomal protein L23


分子量: 14908.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q6PC14
#66: タンパク質 60S ribosomal protein L24


分子量: 17929.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: A0A0R4IMS3
#70: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L41


分子量: 3473.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: A0A0R4ILF4
#71: タンパク質 60S ribosomal protein L28


分子量: 15661.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: F1QFV6
#72: タンパク質 60S ribosomal protein L10 / Protein QM / Ribosomal protein L10


分子量: 24664.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q7ZV96
#73: タンパク質 60S ribosomal protein L18a


分子量: 20725.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q7ZWJ4
#74: タンパク質 60S ribosomal protein L40 / CEP52 / Ubiquitin / Ubiquitin-60S ribosomal protein L40


分子量: 14786.446 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q3B7P7
#75: タンパク質 60S ribosomal protein L27a


分子量: 16621.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q6P2M0

-
Eukaryotic translation ... , 2種, 2分子 v211

#80: タンパク質 Eukaryotic translation elongation factor 2 / Eukaryotic translation elongation factor 2 / like / Eukaryotic translation elongation factor 2b


分子量: 95623.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q6P3J5
#81: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 5A / eIF-5A


分子量: 16987.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 参照: UniProt: Q6NX89

-
非ポリマー , 2種, 209分子

#83: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#84: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 80S ribosome from 1 hpf zebrafish embryos / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#82 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ) / 組織: 1 hpf embryos
緩衝液pH: 7.6
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPESHEPES1
2100 mMpotassium chlorideKCl1
35 mMmagnesium acetateMg(OAc)21
410 mMammonium chlorideNH4Cl1
51 mMdithiothreitolDTT1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R3.5/1
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 70 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 43 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
4CTFFIND4CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9cryoSPARC初期オイラー角割当
10cryoSPARC最終オイラー角割当
11cryoSPARC分類
12cryoSPARC2.14３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1961364
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 535633 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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