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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7oxy | ||||||
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タイトル | Crystal structure of depupylase Dop in complex with Pup and AMP-PCP | ||||||
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![]() | HYDROLASE / depupylase / ATP hydrolysis / deamidase / Pup binding | ||||||
機能・相同性 | ![]() protein pupylation / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amides / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / proteasome binding / proteasomal protein catabolic process / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / peptidase activity / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cui, H. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structures of prokaryotic ubiquitin-like protein Pup in complex with depupylase Dop reveal the mechanism of catalytic phosphate formation. 著者: Cui, H. / Muller, A.U. / Leibundgut, M. / Tian, J. / Ban, N. / Weber-Ban, E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 130.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 97.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 34.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 57288.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: The C-terminal ENLYFQ fragment is a leftover from TEV clevage site. 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: dop, Acel_1186 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0LU48, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3198.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: This is only the C-terminal half of the Pup protein. 由来: (合成) ![]() 参照: UniProt: A0LU49 |
-非ポリマー , 7種, 345分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/ACP.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/ACP.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 化合物 | ChemComp-ACP / | #6: 化合物 | ChemComp-ACT / #7: 化合物 | #8: 化合物 | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.36 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100 mM Tris-acetate pH 7.0-8.5, 10 mM AMP-PCP, 40 mM MgCl2 and 0.75-1.0 M KH2PO4 PH範囲: 7.0-8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→46.19 Å / Num. obs: 86165 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 20.2 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 21.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.709 Å / Num. unique obs: 8506 / CC1/2: 0.746 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5LRT 解像度: 1.65→46.189 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.62 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 100.13 Å2 / Biso mean: 33.4008 Å2 / Biso min: 18.01 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.65→46.189 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %
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