PDB-7oxg: ttSlyD FKBP domain with M8A pseudo-wild-type S2 peptide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7oxg

タイトル

ttSlyD FKBP domain with M8A pseudo-wild-type S2 peptide

要素

30S ribosomal protein S2
Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase,Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase

キーワード

ISOMERASE / FKBP

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / ribosomal small subunit assembly / protein refolding / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / structural constituent of ribosome / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus thermophilus (バクテリア)

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Pazicky, S. / Lei, J. / Loew, C.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Cell.Mol.Life Sci. / 年: 2022
タイトル: Impact of distant peptide substrate residues on enzymatic activity of SlyD.
著者: Pazicky, S. / Werle, A.A. / Lei, J. / Low, C. / Weininger, U.

履歴

登録	2021年6月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7oxg.cif.gz	107.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7oxg.ent.gz	82.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7oxg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7oxg_validation.pdf.gz	464.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7oxg_full_validation.pdf.gz	465.2 KB	表示
XML形式データ	7oxg_validation.xml.gz	11 KB	表示
CIF形式データ	7oxg_validation.cif.gz	14.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/7oxg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/7oxg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7oxhC 7oxiC 7oxjC 7oxkC 3cgmS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5hen-1 5fe3-2 1e6i-d 3i3j-1 4uyh-1 6qst-1 1i5n-1 6z8p-d 4nyv-4 6nez-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#157 - 2013年1月転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA) 類似性 (1) #253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#157 - 2013年1月
転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA)
類似性 (1)
#253 - 2021年1月
エクスプレソーム (Expressome)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (1)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase,Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase,Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase

C: 30S ribosomal protein S2

D: 30S ribosomal protein S2

ヘテロ分子

27.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase,Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase

C: 30S ribosomal protein S2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry
14 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase,Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase

D: 30S ribosomal protein S2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
13.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.681, 82.525, 42.268
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 110.52, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase,Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase 分子量: 12179.549 Da / 分子数: 2 / 変異: Deletion of IF domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain ATCC 27634 / DSM 579 / HB8) (バクテリア) 株: ATCC 27634 / DSM 579 / HB8 / 遺伝子: TTHA0346 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SLE7, peptidylprolyl isomerase
#2: タンパク質・ペプチド	30S ribosomal protein S2 / Small ribosomal subunit protein uS2 分子量: 1714.962 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V0
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE 分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.6 %
結晶化	温度: 292.15 K / 手法: counter-diffusion / pH: 5.5 / 詳細: Bis-Tris, PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→39.59 Å / Num. obs: 15015 / % possible obs: 99.38 % / 冗長度: 4.8 % / B_iso Wilson estimate: 31.43 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.1084 / R_pim(I) all: 0.05427 / R_rim(I) all: 0.1216 / Net I/σ(I): 9.89
反射シェル	解像度: 2→2.072 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.9471 / Num. unique obs: 1467 / CC_1/2: 0.696 / R_pim(I) all: 0.4619 / % possible all: 99.39

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.17.1_3660: ???)	精密化
PHASER		位相決定
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3cgm

3cgm

解像度: 2→39.59 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 29.51 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2468	765	5.08 %
R_work	0.2023	-	-
obs	0.2046	15063	99.07 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→39.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1769	0	7	65	1841

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	1828
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.928	2478
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.383	241
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	266
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	327

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.15	0.3381	147	0.2927	2790	X-RAY DIFFRACTION	98
2.15-2.37	0.3005	158	0.2648	2864	X-RAY DIFFRACTION	99
2.37-2.71	0.2919	177	0.2382	2839	X-RAY DIFFRACTION	99
2.71-3.41	0.2454	145	0.1964	2880	X-RAY DIFFRACTION	99
3.41-41.26	0.199	138	0.1655	2925	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2201	1.3544	-0.4235	2.7192	-2.3292	2.3427	-0.0519	0.0055	-0.0146	-0.2196	-0.1269	-0.7685	-0.1293	0.1704	0.2129	0.1803	0.0046	0.0111	0.2298	0.0133	0.2508	10.9393	20.9242	1.0764
2	2.1606	1.3919	1.0284	7.9406	-1.5054	1.2658	-0.061	0.0587	0.0877	0.0473	0.0983	0.1904	0.1051	-0.0443	0.0171	0.187	0.0068	0.0659	0.2321	-0.0088	0.1497	4.7027	17.5723	1.3707
3	3.94	1.0935	-3.7981	7.4748	-0.9025	3.823	0.2008	0.0267	0.998	0.561	0.0755	-0.6685	-0.474	0.3578	-0.2582	0.2877	0.0125	-0.0973	0.3106	0.0545	0.3459	14.2069	21.2988	6.2057
4	1.2822	0.7813	-1.4548	2.857	-1.4106	8.9066	0.5482	-0.1898	-0.0859	0.1885	-0.5556	0.0082	0.2541	-0.3633	-0.0221	0.2828	-0.0214	0.0524	0.2243	-0.0472	0.2688	5.6517	11.8546	8.599
5	3.6878	-1.9399	-1.3542	6.5825	1.1997	0.8817	-0.0672	0.3727	1.2749	0.175	0.3675	1.4136	0.3841	-0.707	-0.1433	0.3875	-0.0729	0.0415	0.4612	0.0949	0.5126	-6.3069	6.5694	5.8316
6	6.2656	2.6151	-3.6573	3.819	-5.0037	6.8223	-0.3511	0.1374	-0.4245	-0.4638	-0.1068	-0.7832	0.4286	0.2053	0.4607	0.1761	-0.0187	0.0099	0.2466	-0.0259	0.1887	11.7702	18.2971	0.6334
7	2.6096	-2.0844	-2.0394	5.5571	2.1543	1.7602	0.1867	0.1633	0.7314	-0.4397	-0.2554	0.137	-0.6527	-0.0911	0.1049	0.3435	0.0174	-0.0281	0.1959	0.0016	0.3783	4.2894	35.0167	-3.7705
8	9.3253	2.7652	-0.7681	5.9904	-1.7207	4.2692	-0.47	-0.2204	0.1624	-0.6136	0.1726	0.1989	0.3352	0.1738	0.261	0.4241	0.0538	-0.04	0.2277	-0.0078	0.1321	12.734	9.142	21.6933
9	7.3524	3.48	-1.4696	6.8203	-3.8007	3.5842	0.1778	-0.3151	0.3278	0.3462	-0.3953	-0.3609	-0.0444	1.0011	0.027	0.3901	-0.0116	-0.0867	0.4742	-0.0212	0.303	19.5247	16.2079	25.3542
10	6.4001	3.1278	-3.7987	9.0527	0.6075	9.711	-0.2042	0.2425	0.4783	-0.2171	0.3621	0.6857	-0.514	-0.7794	-0.3649	0.3567	0.0564	-0.1058	0.3413	0.0372	0.3813	6.2999	14.7904	22.46
11	2.3448	1.0634	-1.2445	2.4774	-3.9765	6.732	-0.4546	0.2544	0.1034	-0.3573	0.5028	-0.3006	1.4352	0.3025	0.0232	0.5899	-0.0384	-0.0868	0.3997	-0.0487	0.3604	14.0479	10.6061	14.1925
12	3.0498	-0.2673	-2.116	5.3	-2.2497	8.181	-0.7649	-0.4458	1.2326	-0.0442	-1.1983	0.5645	-1.9648	-1.5712	1.1783	0.9518	0.0245	-0.3412	0.4728	-0.0781	0.746	13.7181	30.2105	22.0288
13	5.9725	2.2367	-2.1786	8.7748	-3.3637	7.6762	-0.3824	0.2764	-0.315	-0.111	0.0838	-0.3827	0.6841	0.2808	0.2018	0.4424	0.0433	-0.0232	0.3233	0.0016	0.1655	15.114	8.558	20.5394
14	1.587	0.7781	1.1849	3.2391	3.8722	5.2952	-0.7131	-2.0055	-1.3741	0.5373	0.1932	1.0812	1.132	0.475	0.7789	0.4276	0.0554	0.1686	0.5065	0.1157	0.6423	1.1553	2.8299	33.7542
15	2.8355	1.3097	3.3486	3.2308	-1.9771	8.6151	-0.5187	-0.6426	0.183	0.9227	-0.4671	-0.1429	1.2702	-0.5308	0.6598	0.5297	0.1086	-0.0516	0.4762	0.0526	0.5111	9.0814	4.5949	33.9448
16	2.9118	2.4242	1.5964	3.4536	2.9832	9.35	0.0574	-0.3533	0.2565	-0.3824	-0.4052	1.1581	0.8509	-1.1748	0.389	0.277	-0.0562	-0.0076	0.2958	-0.0208	0.3779	-4.7412	15.0764	-2.7832
17	9.1363	-2.8151	-1.4903	7.3234	-0.7436	2.1098	-0.3215	0.6658	0.3298	-0.4201	-0.5125	0.0726	0.0317	-0.2042	0.8758	0.2462	-0.0018	-0.0635	0.3137	-0.0469	0.3164	21.0235	24.2463	33.208
18	9.2283	3.2557	0.7153	2.054	2.7824	7.1122	-0.1676	-0.1494	1.1149	-0.9636	0.5114	0.0369	-1.0846	-1.1022	-0.0037	0.6338	0.0552	-0.1759	0.3648	0.0104	0.3298	13.1001	20.0613	30.4313

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 17 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 18 through 39 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 40 through 51 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 52 through 61 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 62 through 76 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 77 through 89 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 90 through 102 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 1 through 17 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 18 through 30 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 31 through 44 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 45 through 57 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 58 through 77 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 78 through 89 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 90 through 97 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 98 through 104 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 1 through 14 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 1 through 6 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 7 through 13 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)