ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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REFMAC | 5.6.0117精密化 | PDB_EXTRACT | 3.27 | データ抽出 | XDS | | データ削減 | XSCALE | | データスケーリング | PHASER | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: NONE 解像度: 2.56→104.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 16.311 / SU ML: 0.171 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.324 / ESU R Free: 0.233 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.2274 | 910 | 5.4 % | RANDOM |
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Rwork | 0.1988 | - | - | - |
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obs | 0.2003 | 16030 | 97.29 % | - |
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK |
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原子変位パラメータ | Biso max: 133.37 Å2 / Biso mean: 31.95 Å2 / Biso min: 20.99 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.56→104.45 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 2442 | 0 | 33 | 31 | 2506 |
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Biso mean | - | - | 43.75 | 50.06 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 305 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | r_bond_refined_d0.007 | 0.02 | 2447 | X-RAY DIFFRACTION | r_bond_other_d0.002 | 0.02 | 1708 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_refined_deg1.041 | 1.989 | 3324 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_other_deg0.964 | 3 | 4121 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_1_deg5.162 | 5 | 301 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_2_deg34.504 | 24.086 | 93 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_3_deg10.931 | 15 | 417 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_4_deg15.305 | 15 | 12 | X-RAY DIFFRACTION | r_chiral_restr0.059 | 0.2 | 376 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_refined0.004 | 0.021 | 2656 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_other0.001 | 0.02 | 470 | | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.561→2.627 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.362 | 66 | - |
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Rwork | 0.345 | 1103 | - |
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all | - | 1169 | - |
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obs | - | - | 97.25 % |
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