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万見
- PDB-7ox2: Fab 6E2: hIL-9 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ox2
タイトルFab 6E2: hIL-9 complex
要素
  • Heavy chain (Fab 6E2)
  • Interleukin-9
  • Light chain (Fab 6E2)
キーワードCYTOKINE / IL-9 / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-9 receptor binding / Interleukin-9 signaling / interleukin-9-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-5 production / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / B cell proliferation / immunoglobulin mediated immune response / B cell differentiation / cytokine activity / growth factor activity ...interleukin-9 receptor binding / Interleukin-9 signaling / interleukin-9-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-5 production / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / B cell proliferation / immunoglobulin mediated immune response / B cell differentiation / cytokine activity / growth factor activity / positive regulation of cell growth / inflammatory response / positive regulation of cell population proliferation / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Interleukin-9 / Interleukin-7/Interleukin-9, conserved site / Interleukin-7 and -9 signature. / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.34 Å
データ登録者De Vos, T. / Savvides, S.N.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders (FWO)1S56318N ベルギー
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022
タイトル: Structural basis for the mechanism and antagonism of receptor signaling mediated by Interleukin-9 (IL-9)
著者: De Vos, T. / Godar, M. / Bick, F. / Papageorgiou, A.C. / Evangelidis, T. / Markovic, I. / Mortier, E. / Dumoutier, L. / Tripsianes, K. / Blanchetot, C. / Savvides, S.N.
履歴
登録2021年6月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Heavy chain (Fab 6E2)
L: Light chain (Fab 6E2)
T: Interleukin-9
B: Heavy chain (Fab 6E2)
C: Light chain (Fab 6E2)
O: Interleukin-9
D: Heavy chain (Fab 6E2)
E: Light chain (Fab 6E2)
M: Interleukin-9
J: Heavy chain (Fab 6E2)
K: Light chain (Fab 6E2)
N: Interleukin-9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)241,43017
ポリマ－240,95012
非ポリマー4805
水362
1
A: Heavy chain (Fab 6E2)
L: Light chain (Fab 6E2)
T: Interleukin-9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,3344
ポリマ－60,2373
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5170 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area24410 Å2
手法PISA
2
B: Heavy chain (Fab 6E2)
C: Light chain (Fab 6E2)
O: Interleukin-9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,3344
ポリマ－60,2373
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5300 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area24120 Å2
手法PISA
3
D: Heavy chain (Fab 6E2)
E: Light chain (Fab 6E2)
M: Interleukin-9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,5266
ポリマ－60,2373
非ポリマー2883
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5750 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area24140 Å2
手法PISA
4
J: Heavy chain (Fab 6E2)
K: Light chain (Fab 6E2)
N: Interleukin-9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,2373
ポリマ－60,2373
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5280 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area24420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.358, 94.364, 107.331
Angle α, β, γ (deg.)82.540, 72.000, 80.790
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 130 or resid 139 through 195 or resid 197 through 218))
21(chain B and (resid 1 through 130 or resid 139 through 195 or resid 197 through 218))
31(chain D and (resid 1 through 195 or resid 197 through 218))
41(chain J and (resid 1 through 130 or resid 139 through 218))
12(chain C and resid 3 through 211)
22chain E
32chain K
42chain L
13(chain M and (resid 21 through 60 or resid 65 through 112 or resid 116 through 138))
23(chain N and (resid 21 through 60 or resid 65 through 112 or resid 116 through 138))
33chain O
43(chain T and (resid 21 through 60 or resid 65 through 112 or resid 116 through 138))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GLNGLNPROPRO(chain A and (resid 1 through 130 or resid 139 through 195 or resid 197 through 218))AA1 - 1301 - 130
121THRTHRTHRTHR(chain A and (resid 1 through 130 or resid 139 through 195 or resid 197 through 218))AA139 - 195139 - 195
131THRTHRLYSLYS(chain A and (resid 1 through 130 or resid 139 through 195 or resid 197 through 218))AA197 - 218197 - 218
211GLNGLNPROPRO(chain B and (resid 1 through 130 or resid 139 through 195 or resid 197 through 218))BD1 - 1301 - 130
221THRTHRTHRTHR(chain B and (resid 1 through 130 or resid 139 through 195 or resid 197 through 218))BD139 - 195139 - 195
231THRTHRLYSLYS(chain B and (resid 1 through 130 or resid 139 through 195 or resid 197 through 218))BD197 - 218197 - 218
311GLNGLNTHRTHR(chain D and (resid 1 through 195 or resid 197 through 218))DG1 - 1951 - 195
321THRTHRLYSLYS(chain D and (resid 1 through 195 or resid 197 through 218))DG197 - 218197 - 218
411GLNGLNPROPRO(chain J and (resid 1 through 130 or resid 139 through 218))JJ1 - 1301 - 130
421THRTHRLYSLYS(chain J and (resid 1 through 130 or resid 139 through 218))JJ139 - 218139 - 218
112ALAALATHRTHR(chain C and resid 3 through 211)CE3 - 2113 - 211
212ALAALATHRTHRchain EEH3 - 2113 - 211
312ALAALATHRTHRchain KKK3 - 2113 - 211
412ALAALATHRTHRchain LLB3 - 2113 - 211
113CYSCYSPROPRO(chain M and (resid 21 through 60 or resid 65 through 112 or resid 116 through 138))MI21 - 607 - 46
123THRTHRPROPRO(chain M and (resid 21 through 60 or resid 65 through 112 or resid 116 through 138))MI65 - 11251 - 98
133THRTHRARGARG(chain M and (resid 21 through 60 or resid 65 through 112 or resid 116 through 138))MI116 - 138102 - 124
213CYSCYSPROPRO(chain N and (resid 21 through 60 or resid 65 through 112 or resid 116 through 138))NL21 - 607 - 46
223THRTHRPROPRO(chain N and (resid 21 through 60 or resid 65 through 112 or resid 116 through 138))NL65 - 11251 - 98
233THRTHRARGARG(chain N and (resid 21 through 60 or resid 65 through 112 or resid 116 through 138))NL116 - 138102 - 124
313CYSCYSARGARGchain OOF21 - 1387 - 124
413CYSCYSPROPRO(chain T and (resid 21 through 60 or resid 65 through 112 or resid 116 through 138))TC21 - 607 - 46
423THRTHRPROPRO(chain T and (resid 21 through 60 or resid 65 through 112 or resid 116 through 138))TC65 - 11251 - 98
433THRTHRARGARG(chain T and (resid 21 through 60 or resid 65 through 112 or resid 116 through 138))TC116 - 138102 - 124

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: 抗体
Heavy chain (Fab 6E2)


分子量: 23045.703 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体
Light chain (Fab 6E2)


分子量: 22640.764 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質
Interleukin-9 / IL-9 / Cytokine P40 / T-cell growth factor P40


分子量: 14551.010 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL9 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P15248
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.8
詳細: 0.2M lithium sulfate, 0.1M phosphate/ citric acid, pH 3.8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97242 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97242 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.34→48.92 Å / Num. obs: 34638 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 2.9 % / CC1/2: 0.96 / Net I/σ(I): 4.78
反射 シェル解像度: 3.34→3.54 Å / Num. unique obs: 5336 / CC1/2: 0.517

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6GHG, 5Y9J

6ghg

5y9j


解像度: 3.34→48.92 Å / SU ML: 0.56 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 30.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2835 1728 5 %
Rwork0.2238 32861 -
obs0.2268 34589 93.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 198.6 Å2 / Biso mean: 86.319 Å2 / Biso min: 17.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.34→48.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16132 0 25 2 16159
Biso mean--96.97 25.74 -
残基数----2149
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2484X-RAY DIFFRACTION9.232TORSIONAL
12B2484X-RAY DIFFRACTION9.232TORSIONAL
13D2484X-RAY DIFFRACTION9.232TORSIONAL
14J2484X-RAY DIFFRACTION9.232TORSIONAL
21C2516X-RAY DIFFRACTION9.232TORSIONAL
22E2516X-RAY DIFFRACTION9.232TORSIONAL
23K2516X-RAY DIFFRACTION9.232TORSIONAL
24L2516X-RAY DIFFRACTION9.232TORSIONAL
31M1316X-RAY DIFFRACTION9.232TORSIONAL
32N1316X-RAY DIFFRACTION9.232TORSIONAL
33O1316X-RAY DIFFRACTION9.232TORSIONAL
34T1316X-RAY DIFFRACTION9.232TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.34-3.440.45741270.33032410253782
3.44-3.550.32321480.30242812296096
3.55-3.680.35331480.27962818296696
3.68-3.820.3211460.26812794294095
3.82-40.29381450.25442756290195
4-4.210.32431400.23262662280292
4.21-4.470.25741480.19592818296695
4.47-4.820.24571460.18492758290495
4.82-5.30.25691470.19582804295195
5.3-6.060.27871420.21352701284393
6.07-7.640.26231470.20582792293995
7.64-48.920.24081440.19522736288094

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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