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万見
- PDB-7ovb: L. pneumophila Type IV Coupling Complex (T4CC) with density for D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ovb
タイトルL. pneumophila Type IV Coupling Complex (T4CC) with density for DotY N-terminal and middle domains
要素
  • DotY
  • DotZ
  • IcmJ (DotN)
  • IcmO (DotL)
  • IcmP (DotM)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Type IV Coupling Complex / T4CC / Type IV Secretion System / T4SS / Membrane protein complex / Membrane complex / DotY / DotZ / DotL / DotM / DotN / IcmSW / Legionella
機能・相同性
機能・相同性情報


protein transport / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / DotZ / : / : / DotY / : / TraD/TraG, TraM recognition site / : / TraM recognition site of TraD and TraG / DotM, C-terminal cytoplasmic domain ...: / DotZ / : / : / DotY / : / TraD/TraG, TraM recognition site / : / TraM recognition site of TraD and TraG / DotM, C-terminal cytoplasmic domain / : / : / HNH nucleases / HNH nuclease / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Type 4 apparatus protein DotZ / Type 4 apparatus protein DotN / Type 4 coupling protein DotL / Type 4 apparatus protein DotM / Type 4 apparatus protein DotY
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.61 Å
データ登録者Mace, K. / Meir, A. / Lukoyanova, N. / Waksman, G.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)321630 英国
Wellcome Trust098302/217089 英国
引用ジャーナル: Mol Microbiol / 年: 2022
タイトル: Proteins DotY and DotZ modulate the dynamics and localization of the type IVB coupling complex of Legionella pneumophila.
著者: Kevin Macé / Amit Meir / Natalya Lukoyanova / Luying Liu / David Chetrit / Manuela K Hospenthal / Craig R Roy / Gabriel Waksman /
要旨: Legionella pneumophila is an opportunistic pathogen infecting alveolar macrophages and protozoa species. Legionella utilizes a Type IV Secretion System (T4SS) to translocate over 300 effector ...Legionella pneumophila is an opportunistic pathogen infecting alveolar macrophages and protozoa species. Legionella utilizes a Type IV Secretion System (T4SS) to translocate over 300 effector proteins into its host cell. In a recent study, we have isolated and solved the cryo-EM structure of the Type IV Coupling Complex (T4CC), a large cytoplasmic determinant associated with the inner membrane that recruits effector proteins for delivery to the T4SS for translocation. The T4CC is composed of a DotLMNYZ hetero-pentameric core from which the flexible IcmSW module flexibly protrudes. The DotY and DotZ proteins were newly reported members of this complex and their role remained elusive. In this study, we observed the effect of deleting DotY and DotZ on T4CC stability and localization. Furthermore, we found these two proteins are co-dependent, whereby the deletion of DotY resulted in DotZ absence from the coupling complex, and vice versa. Additional cryo-EM data analysis revealed the dynamic movement of the IcmSW module is modified by the DotY/Z proteins. We therefore determined the likely function of DotY and DotZ and revealed their importance on T4CC function.
履歴
登録2021年6月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22022年2月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年7月17日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-13083
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IcmO (DotL)
B: IcmP (DotM)
C: IcmJ (DotN)
D: DotZ
E: DotY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)214,7276
ポリマ－214,6615
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area18380 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area59550 Å2

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要素

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タンパク質 , 5種, 5分子 ABCDE

#1: タンパク質 IcmO (DotL)


分子量: 87600.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1
遺伝子: icmO, lpg0446 / 発現宿主: Legionella pneumophila (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5ZYC6
#2: タンパク質 IcmP (DotM)


分子量: 43858.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1
遺伝子: icmP, lpg0445 / 発現宿主: Legionella pneumophila (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5ZYC7
#3: タンパク質 IcmJ (DotN)


分子量: 23762.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1
遺伝子: icmJ, lpg0455 / 発現宿主: Legionella pneumophila (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5ZYB7
#4: タンパク質 DotZ


分子量: 33887.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1
遺伝子: lpg1549 / 発現宿主: Legionella pneumophila (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5ZV91
#5: タンパク質 DotY


分子量: 25550.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1
遺伝子: lpg0294 / 発現宿主: Legionella pneumophila (バクテリア) / 参照: UniProt: Q5ZYR7

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非ポリマー , 1種, 1分子

#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: T4CC pentameric core complex with DotY middle domain
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Legionella pneumophila (バクテリア)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER
撮影電子線照射量: 54 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.61 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 183397 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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