PDB-7ov9: Heterodimeric tRNA-Guanine Transglycosylase from mouse, apo-structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ov9

タイトル

Heterodimeric tRNA-Guanine Transglycosylase from mouse, apo-structure

要素

(Queuine tRNA-ribosyltransferase ...) x 2

キーワード

TRANSFERASE / TRANSGLYCOSYLASE / TIM BARREL / DIMER / TGT

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA-guanosine34 queuine transglycosylase / tRNA-guanine transglycosylase complex / cytoplasmic side of mitochondrial outer membrane / tRNA-guanosine(34) queuine transglycosylase activity / : / tRNA binding / protein heterodimerization activity / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Sebastiani, M. / Heine, A. / Reuter, K.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2022
タイトル: Structural and Biochemical Investigation of the Heterodimeric Murine tRNA-Guanine Transglycosylase.
著者: Sebastiani, M. / Behrens, C. / Dorr, S. / Gerber, H.D. / Benazza, R. / Hernandez-Alba, O. / Cianferani, S. / Klebe, G. / Heine, A. / Reuter, K.

履歴

登録	2021年6月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年6月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ov9.cif.gz	375.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ov9.ent.gz	253 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ov9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7ov9_validation.pdf.gz	683.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ov9_full_validation.pdf.gz	687.9 KB	表示
XML形式データ	7ov9_validation.xml.gz	31 KB	表示
CIF形式データ	7ov9_validation.cif.gz	45.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/7ov9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/7ov9	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6h62SC 7b2iC 7ovoC 7ovsC 7owzC 6fv5S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Queuine tRNA-ribosyltransferase accessory subunit 2

C: Queuine tRNA-ribosyltransferase catalytic subunit 1

ヘテロ分子

91.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: mass spectrometry

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.257, 100.257, 202.480
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	95
Space group name H-M	P4₃22
Space group name Hall	P4cw2c
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x,z+3/4 #3: y,-x,z+1/4 #4: x,-y,-z+1/2 #5: -x,y,-z #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z+1/4 #8: -y,-x,-z+3/4

-
Queuine tRNA-ribosyltransferase ... , 2種, 2分子 AC

#1: タンパク質	Queuine tRNA-ribosyltransferase accessory subunit 2 / Queuine tRNA-ribosyltransferase domain-containing protein 1 分子量: 46710.465 Da / 分子数: 1 / 変異: M1del / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Qtrt2, Qtrtd1 / 発現宿主: Vibrio natriegens (バクテリア) / Variant (発現宿主): Vmax 参照: UniProt: B8ZXI1, tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase
#2: タンパク質	Queuine tRNA-ribosyltransferase catalytic subunit 1 / Guanine insertion enzyme / tRNA-guanine transglycosylase 分子量: 43428.980 Da / 分子数: 1 / 変異: M1_L10del / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Qtrt1, Tgt, Tgut / 発現宿主: Vibrio natriegens (バクテリア) / Variant (発現宿主): Vmax 参照: UniProt: Q9JMA2, tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase

#1: タンパク質

Queuine tRNA-ribosyltransferase accessory subunit 2 / Queuine tRNA-ribosyltransferase domain-containing protein 1

分子量: 46710.465 Da / 分子数: 1 / 変異: M1del / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Qtrt2, Qtrtd1 / 発現宿主:

Vibrio natriegens (バクテリア) / Variant (発現宿主): Vmax
参照: UniProt: B8ZXI1, tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase

#2: タンパク質

Queuine tRNA-ribosyltransferase catalytic subunit 1 / Guanine insertion enzyme / tRNA-guanine transglycosylase

分子量: 43428.980 Da / 分子数: 1 / 変異: M1_L10del / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Qtrt1, Tgt, Tgut / 発現宿主:

Vibrio natriegens (バクテリア) / Variant (発現宿主): Vmax
参照: UniProt: Q9JMA2, tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase

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非ポリマー , 6種, 381分子

#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#7: 化合物	ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₇ / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 368 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.52 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100 mM Citrate pH 6.5, 700 mM Ammonium sulfate, 1 M Lithium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 82034 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.57 % / B_iso Wilson estimate: 31.56 Å² / R_sym value: 0.08 / Net I/σ(I): 24.55
反射シェル	解像度: 1.9→2.01 Å / Num. unique obs: 13000 / CC_1/2: 0.872

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
Coot	0.8.9	モデル構築
XDS	1.02	データ削減
XDS	1.02	データスケーリング
PHASER	7.0.047	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6H62, 6FV5

6h62

6fv5

解像度: 1.9→48.66 Å / SU ML: 0.1974 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.0009 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1993	4102	5 %
R_work	0.1755	77914	-
obs	0.1767	82016	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→48.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5633	0	97	368	6098

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0064	6026
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7807	8174
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0519	924
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0057	1056
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.6585	3611

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.92	0.3106	136	0.2697	2585	X-RAY DIFFRACTION	98.8
1.92-1.94	0.2362	139	0.2362	2643	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.94-1.97	0.2833	141	0.2204	2672	X-RAY DIFFRACTION	99.89
1.97-2	0.248	139	0.1992	2635	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2-2.02	0.2356	138	0.2017	2624	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.02-2.05	0.2631	141	0.1901	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.08	0.2326	138	0.1955	2632	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.08-2.11	0.2101	140	0.184	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
2.11-2.15	0.2256	140	0.1757	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.19	0.2395	139	0.1744	2654	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.19-2.23	0.2044	142	0.1666	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.27	0.187	138	0.167	2634	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.27-2.32	0.2351	139	0.1693	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.37	0.1969	141	0.1662	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.42	0.2855	140	0.1703	2661	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.42-2.48	0.1968	141	0.1717	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.55	0.2378	141	0.1725	2675	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.55-2.62	0.2213	141	0.173	2680	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.62-2.71	0.2144	142	0.1758	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.8	0.1994	140	0.1807	2673	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.8-2.92	0.2412	142	0.1842	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.92-3.05	0.2157	142	0.1942	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
3.05-3.21	0.2139	142	0.1953	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
3.21-3.41	0.2055	143	0.1813	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
3.41-3.67	0.1748	143	0.1656	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
3.67-4.04	0.1549	145	0.1476	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
4.04-4.63	0.1835	145	0.1407	2757	X-RAY DIFFRACTION	100
4.63-5.83	0.1551	147		2808	X-RAY DIFFRACTION	99.97
5.83-48.66	0.189	157		2960	X-RAY DIFFRACTION	99.68

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.17887027932	0.472129832557	0.157944384024	2.03759584863	-0.834939561164	3.18705081385	-0.0368493241171	-0.311403292562	0.341889914959	0.589214366478	-0.263398885209	-0.177406443827	-0.730215113448	0.668280387283	0.281420381686	0.451850089791	-0.071250286269	-0.0651921334532	0.238035730901	-0.0337769258635	0.315465744169	48.3030078704	27.2688021566	64.0410874449
2	2.69258278582	0.138793622652	-0.45698532411	2.16017058849	-1.64387730741	2.89957555046	-0.10203220562	-0.0990301161164	-0.300421076034	-0.0733063963009	-0.328092533527	-0.574124580077	0.136401533641	0.577526095605	0.337995710289	0.275489550032	-0.0114609998124	-0.0326179535972	0.431816085967	0.110835243486	0.477736422146	64.4453264988	24.7217476624	52.8726157265
3	2.83846076023	-0.245385316028	0.5866929197	2.29456268222	-1.06913706984	3.07826856505	-0.0427786160404	-0.257405170276	-0.337740457878	0.188469905332	-0.148396951272	-0.49424132538	0.154832048261	0.510861771371	0.01255688826	0.293740699519	0.050840900608	-0.0332430132623	0.285530202019	0.110221389945	0.347868028761	53.6397736135	13.8543925583	61.9690572465
4	5.84697271056	-0.212669688436	4.07342368092	3.78757952067	0.867529732539	5.98770035269	0.200974175278	-0.298260257601	-0.453374486185	0.165577431132	0.017747870393	-0.0809344546316	0.709056850518	-0.0891793073746	-0.341377955015	0.349969259174	-0.0187481609406	-0.030389880972	0.187547067892	0.0335469173216	0.221314199208	31.8515649194	12.8182400959	54.6235094617
5	2.48651235818	-0.939010890619	2.74326651333	0.93645250758	-1.79945323461	3.94912855118	-0.00525554026456	-0.197444795235	-0.0141468922045	0.143722076125	0.0172165448264	0.0386712047841	0.0487666788956	-0.234840032702	0.0117448515321	0.324141856382	-0.0105189707737	0.0102104482384	0.186823178234	0.0117146492053	0.201752328572	33.7266627857	18.5113679724	58.6328257174
6	1.87674815306	0.1601669569	-0.788385219814	1.35846181022	-0.290095453355	2.26855783292	0.079788485802	0.153614261307	0.600324899622	-0.0233705647653	0.0278321541426	0.357385572266	-0.44999761123	-0.43610195304	0.00560093070346	0.303434820995	0.0607748722496	-0.00770824767617	0.3641236916	-0.00650453428503	0.296327181996	9.42000821779	54.7685618147	41.0312530702
7	0.451133568194	-0.197085749775	-0.152638199498	0.750371689254	0.2633979761	0.661173845339	-0.0027266795558	0.0473790187408	-0.109146670577	0.0373090532434	-0.0304928677473	0.0153766153434	0.107961779598	-0.0885229571483	0.0233940703799	0.19241476652	-0.025240946571	0.00187822277433	0.25789592896	-0.00675682595538	0.208839421437	14.0949554106	31.7855810137	32.5875880834
8	1.58516355314	0.748292959899	0.571425416121	1.52921504947	0.32813560278	1.14043256179	-0.113482628553	0.209095329454	-0.00966429311964	-0.173011415194	0.0378686496998	0.0155097749775	-0.0750101697849	-0.152159092037	0.0999437725557	0.216341004364	0.0461100539799	-0.00185221265319	0.241072791799	-0.00127797427286	0.162320343242	11.1738717397	47.7583568359	27.0379864927
9	8.04274987316	-0.925504557532	2.98607591722	0.47459438251	-0.674097933821	1.54746058102	0.176057674749	0.533291189694	-0.313983610122	-0.0406163113121	-0.161919762136	-0.12163364194	0.0461004987964	0.221244912287	-0.0607221849414	0.272501478535	0.0263916848627	0.00836340547963	0.286639864156	-0.00467318679381	0.219122398613	26.9256901114	46.387101669	32.8626985298
10	4.44800684776	-1.61155493672	0.955250207325	1.6295478999	-0.834544557406	0.949286981705	0.00482837343438	-0.0137660407049	0.0232781723719	0.0128737666959	-0.0838816734966	-0.263923059468	0.0263626207269	0.174797194443	0.0492141760627	0.283836740161	-0.0226530640093	0.000780634652764	0.247909704345	0.0125436218286	0.248389728432	39.6809817035	45.4305523258	40.4023876627
11	3.09905874647	-1.2897834247	0.459536247704	2.25599532657	-0.0105687283139	2.88022355143	0.0455476796646	-0.0175968424812	0.234833475879	-0.143607604886	-0.0196386027415	-0.228868772257	-0.54621494076	0.370185094423	0.0716298272429	0.3364665714	-0.0424178950885	-0.010190728462	0.207693398242	0.0369983637799	0.2701023518	28.0335197252	63.0592232394	29.5166551142

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 59 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 60 through 229 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 230 through 282 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 283 through 340 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 341 through 414 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 12 through 35 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 36 through 188 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 189 through 272 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 273 through 294 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 295 through 365 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 366 through 402 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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