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- PDB-7ov3: Crystal structure of pig purple acid phosphatase in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ov3
タイトルCrystal structure of pig purple acid phosphatase in complex with Maybridge fragment CC063346, dimethyl sulfoxide and citrate
要素Tartrate-resistant acid phosphatase type 5
キーワードHYDROLASE / Purple acid phosphatase / metallohydrolases / osteoporosis / fragment-based drug design / METAL BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Vitamin B2 (riboflavin) metabolism / acid phosphatase / acid phosphatase activity / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Purple acid phosphatase / : / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / : / TRIETHYLENE GLYCOL / PHOSPHATE ION / N-methyl-1-(1-methyl-1H-indazol-3-yl)methanamine / Tartrate-resistant acid phosphatase type 5
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Feder, D. / McGeary, R.P. / Guddat, L.W. / Schenk, G.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DP0986292 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)150104358 オーストラリア
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2021
タイトル: Rational Design of Potent Inhibitors of a Metallohydrolase Using a Fragment-Based Approach.
著者: Feder, D. / Mohd-Pahmi, S.H. / Hussein, W.M. / Guddat, L.W. / McGeary, R.P. / Schenk, G.
履歴
登録2021年6月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tartrate-resistant acid phosphatase type 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,29734
ポリマ－35,1541
非ポリマー4,14333
水7,404411
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6560 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area13900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.085, 71.325, 77.553
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Tartrate-resistant acid phosphatase type 5 / TR-AP / Tartrate-resistant acid ATPase / TrATPase / Type 5 acid phosphatase / Uteroferrin / UF


分子量: 35154.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P09889, acid phosphatase

-
糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 11種, 442分子

#3: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-R2J / N-methyl-1-(1-methyl-1H-indazol-3-yl)methanamine


分子量: 175.230 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#8: 化合物
ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#9: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#11: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#12: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#13: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#14: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 411 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.21 % / 解説: Rod-shaped purple crystals
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 25% (W/V) PEG3350, 0.1 M LICL, 5% (V/V)ISOPROPANOL, 0.1 M SODIUM CITRATE PH 5.0, PROTEIN CONCENTRATION 38 MG/ML

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40.61 Å / Num. obs: 21574 / % possible obs: 87.5 % / 冗長度: 5.81 % / Biso Wilson estimate: 29.13 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rrim(I) all: 0.131 / Χ2: 0.95 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.32 % / Rmerge(I) obs: 0.344 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 1450 / Rrim(I) all: 0.442 / Χ2: 1.02 / % possible all: 46

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
CrystalClearデータ削減
pointlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1UTE

1ute


解像度: 2→34.07 Å / SU ML: 0.2499 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.86 / 位相誤差: 25.7662
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2316 1100 5.14 %
Rwork0.1649 --
obs0.1683 21388 86.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 30.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→34.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2386 0 252 411 3049
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00752891
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.02363916
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0538403
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054484
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.44752680
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.090.3212730.24291377X-RAY DIFFRACTION47.84
2.09-2.20.3094990.20481893X-RAY DIFFRACTION65.7
2.2-2.340.26751510.19862457X-RAY DIFFRACTION85.62
2.34-2.520.29261640.19112832X-RAY DIFFRACTION98.36
2.52-2.770.27911610.19182858X-RAY DIFFRACTION98.76
2.77-3.170.24781470.17452884X-RAY DIFFRACTION98.96
3.17-40.20331460.14122935X-RAY DIFFRACTION98.81
4-34.070.1821590.14393052X-RAY DIFFRACTION98.65

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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