PDB-7our: Wilavidin apo form (P1 form)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7our

タイトル

Wilavidin apo form (P1 form)

要素

wilavidin

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / Biotin binding protein

機能・相同性

Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / biotin binding / extracellular region / Avidin

機能・相同性情報

生物種

Gammaproteobacteria bacterium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Avraham, O. / Livnah, O.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2022
タイトル: Wilavidin - a novel member of the avidin family that forms unique biotin-binding hexamers.
著者: Avraham, O. / Bayer, E.A. / Livnah, O.

履歴

登録	2021年6月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年11月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7our.cif.gz	147.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7our.ent.gz	116.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7our.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7our_validation.pdf.gz	460 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7our_full_validation.pdf.gz	467.9 KB	表示
XML形式データ	7our_validation.xml.gz	27.2 KB	表示
CIF形式データ	7our_validation.cif.gz	38.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/7our ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/7our	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ouqSC 7p8yC 7p8zC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7ouq-1 6ppn-2 6ppq-d 4m75-1 4m75-2 4m7a-2 6ppp-1 6ppv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: wilavidin

C: wilavidin

D: wilavidin

F: wilavidin

B: wilavidin

E: wilavidin

84.3 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering, Wilavidin is hexameric in solution, as verified by IEX-MALS and indicated in the publication.

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.320, 56.721, 62.641
Angle α, β, γ (deg.)	103.530, 110.750, 105.630
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	wilavidin 分子量: 14047.544 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Gammaproteobacteria bacterium (バクテリア) 遺伝子: C4528_07355 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3A4VWA2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 30.82 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.6 M sodium citrate tribasic pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.96546 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96546 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→46.7 Å / Num. obs: 40032 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 1.7 % / CC_1/2: 0.91 / R_sym value: 0.112 / Net I/σ(I): 5.6
反射シェル	解像度: 1.95→2 Å / Num. unique obs: 2788 / CC_1/2: 0.674

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless		データスケーリング
REFMAC	5.8.0238	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
autoPROC		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7OUQ

7ouq

解像度: 1.95→46.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 5.217 / SU ML: 0.142 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.22 / ESU R Free: 0.176 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2259	1971	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1801	-	-	-
obs	0.1823	38031	94.58 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 75.49 Å² / B_iso mean: 17.677 Å² / B_iso min: 1.03 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.08 Å²	-0.52 Å²	-0.28 Å²
2-	-	-0.04 Å²	-0.44 Å²
3-	-	-	0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.95→46.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5481	0	0	170	5651
B_iso mean	-	-	-	21.24	-
残基数	-	-	-	-	713

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	5631
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	4842
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.721	1.64	7705
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.352	1.561	11294
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.332	5	707
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.189	24.85	233
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.545	15	837
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	7.566	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	781
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	6319
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1175

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2.001 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.279	141	-
R_work	0.261	2763	-
all	-	2904	-
obs	-	-	94.29 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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