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- PDB-7oup: Structure of human DPP3 in complex with a hydroxyethylene transit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7oup
タイトルStructure of human DPP3 in complex with a hydroxyethylene transition state peptidomimetic
要素
  • ((2R,4S,5S)-5-((S)-2-amino-3-methylbutanamido)-2-benzyl-4-hydroxy-6-methylheptanoyl)-L-prolyl-L-tryptophan
  • Dipeptidyl peptidase 3
キーワードHYDROLASE / Inhibitor / COMPLEX / PEPTIDASE / ZINC-HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


dipeptidyl-peptidase III / metalloexopeptidase activity / dipeptidyl-peptidase activity / aminopeptidase activity / protein catabolic process / KEAP1-NFE2L2 pathway / Neddylation / proteolysis / zinc ion binding / extracellular exosome ...dipeptidyl-peptidase III / metalloexopeptidase activity / dipeptidyl-peptidase activity / aminopeptidase activity / protein catabolic process / KEAP1-NFE2L2 pathway / Neddylation / proteolysis / zinc ion binding / extracellular exosome / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dipeptidyl-peptidase 3 / Peptidase family M49 / Peptidase family M49
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Dipeptidyl peptidase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Kumar, P. / Reithofer, V. / Gruber, K.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
Austrian Science FundW901 オーストリア
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2021
タイトル: Efficient Entropy-Driven Inhibition of Dipeptidyl Peptidase III by Hydroxyethylene Transition-State Peptidomimetics.
著者: Ivkovic, J. / Jha, S. / Lembacher-Fadum, C. / Puschnig, J. / Kumar, P. / Reithofer, V. / Gruber, K. / Macheroux, P. / Breinbauer, R.
履歴
登録2021年6月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_bond / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12024年1月31日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dipeptidyl peptidase 3
F: ((2R,4S,5S)-5-((S)-2-amino-3-methylbutanamido)-2-benzyl-4-hydroxy-6-methylheptanoyl)-L-prolyl-L-tryptophan
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,3945
ポリマ－83,2662
非ポリマー1293
水1,31573
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1870 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area26630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.337, 105.597, 64.861
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.651, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AF

#1: タンパク質 Dipeptidyl peptidase 3 / Dipeptidyl aminopeptidase III / Dipeptidyl arylamidase III / Dipeptidyl peptidase III / DPP III / ...Dipeptidyl aminopeptidase III / Dipeptidyl arylamidase III / Dipeptidyl peptidase III / DPP III / Enkephalinase B


分子量: 82617.875 Da / 分子数: 1 / 変異: E451A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DPP3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NY33, dipeptidyl-peptidase III
#2: タンパク質・ペプチド ((2R,4S,5S)-5-((S)-2-amino-3-methylbutanamido)-2-benzyl-4-hydroxy-6-methylheptanoyl)-L-prolyl-L-tryptophan


分子量: 647.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: peptide mimetic based on VVFPW with the peptide linkage between V-2 and F-3 replaced by a (S)-hydroxyethylene group
由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 4種, 76分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: 0.056 M sodium phosphate monobasic monohydrate, 1.344 M potassium phosphate dibasic monohydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.95373 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月31日 / 詳細: bent collimating mirror and toroid
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→45.3 Å / Num. obs: 23086 / % possible obs: 98.56 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 53.7 Å2 / CC1/2: 0.993 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.1165 / Rpim(I) all: 0.075 / Rrim(I) all: 0.1391 / Net I/σ(I): 8.03
反射 シェル解像度: 2.65→2.75 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.7036 / Mean I/σ(I) obs: 1.56 / Num. unique obs: 2244 / CC1/2: 0.64 / CC star: 0.884 / Rpim(I) all: 0.4547 / Rrim(I) all: 0.8407 / % possible all: 96.39

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3T6B

3t6b


解像度: 2.65→45.28 Å / SU ML: 0.4254 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 28.5819
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2528 1154 5 %Random selection
Rwork0.1972 21915 --
obs0.2 23069 98.24 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 53.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→45.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5748 0 50 73 5871
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00255930
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.58788038
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0409865
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00441052
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.74392170
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.65-2.770.35651370.30122600X-RAY DIFFRACTION94.15
2.77-2.910.33351440.27442754X-RAY DIFFRACTION99.49
2.91-3.090.35061460.26722773X-RAY DIFFRACTION99.15
3.09-3.330.31881440.25342724X-RAY DIFFRACTION98.73
3.33-3.670.26711440.20982736X-RAY DIFFRACTION98.36
3.67-4.20.27411440.18262734X-RAY DIFFRACTION97.53
4.2-5.290.2091460.15312782X-RAY DIFFRACTION99.32
5.29-45.280.17751490.15982812X-RAY DIFFRACTION99.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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