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- PDB-7oub: High resolution structure of Alpha-1-acid glycoprotein bound to p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7oub
タイトルHigh resolution structure of Alpha-1-acid glycoprotein bound to potent anti-tumour compound UCN-01
要素Alpha-1-acid glycoprotein 2
キーワードPROTEIN TRANSPORT / AGP2 / ORM2 / lipocalin / complex / Alpha-1-acid Glycoprotein / UCN-01
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of interleukin-1 production / regulation of immune system process / platelet alpha granule lumen / positive regulation of interleukin-1 beta production / acute-phase response / specific granule lumen / positive regulation of tumor necrosis factor production / azurophil granule lumen / Platelet degranulation / : ...positive regulation of interleukin-1 production / regulation of immune system process / platelet alpha granule lumen / positive regulation of interleukin-1 beta production / acute-phase response / specific granule lumen / positive regulation of tumor necrosis factor production / azurophil granule lumen / Platelet degranulation / : / blood microparticle / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Alpha-1-acid glycoprotein / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin
類似検索 - ドメイン・相同性
7-HYDROXYSTAUROSPORINE / Alpha-1-acid glycoprotein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Landin, E.J.B. / Williams, C. / Crump, M.P.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/L01386X/1 英国
Commonwealth Scholarship Commission (United Kingdom)BDCS-2017-50 英国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: The structural basis for high affinity binding of alpha 1-acid glycoprotein to the potent antitumor compound UCN-01.
著者: Landin, E.J.B. / Williams, C. / Ryan, S.A. / Bochel, A. / Akter, N. / Redfield, C. / Sessions, R.B. / Dedi, N. / Taylor, R.J. / Crump, M.P.
履歴
登録2021年6月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年12月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Alpha-1-acid glycoprotein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,0272
ポリマ－22,5441
非ポリマー4831
水4,017223
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area870 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area9290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.270, 88.270, 53.840
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Alpha-1-acid glycoprotein 2 / AGP 2 / Orosomucoid-2 / OMD 2


分子量: 22544.227 Da / 分子数: 1 / 変異: C149R / 由来タイプ: 組換発現
詳細: MAHHHHHHSSGLEVLFQGP are vector derived. During purification the protein is cleaved leaving GP from the vector (-1-0) and the mature native protein starts at the Q (1) of QIP after the ...詳細: MAHHHHHHSSGLEVLFQGP are vector derived. During purification the protein is cleaved leaving GP from the vector (-1-0) and the mature native protein starts at the Q (1) of QIP after the cleavage tag. The C-terminal His197 is not visible in the crystal structure.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ORM2, AGP2 / プラスミド: pOPINF / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P19652
#2: 化合物 ChemComp-UCN / 7-HYDROXYSTAUROSPORINE / UCN-01


分子量: 482.530 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H26N4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.25 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 0.1M HEPES 1.4M sodium acetate / PH範囲: 0.1

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→76.44 Å / Num. obs: 21541 / % possible obs: 99.68 % / 冗長度: 18.4 % / Biso Wilson estimate: 21.17 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rpim(I) all: 0.014 / Rrim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 34.3
反射 シェル解像度: 1.82→4.94 Å / 冗長度: 10.3 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Mean I/σ(I) obs: 9.9 / Num. unique obs: 1034 / CC1/2: 0.986 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.169 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18_3855精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDS2 0.5.902データ削減
DIALS1.14データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3apu

3apu


解像度: 1.82→44.13 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 19.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1768 986 4.58 %
Rwork0.156 20528 -
obs0.157 21514 99.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 88.08 Å2 / Biso mean: 30.2026 Å2 / Biso min: 10.62 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.82→44.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1439 0 36 223 1698
Biso mean--19.13 39.33 -
残基数----173
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.82-1.920.22451750.18942852302798
1.92-2.040.21791350.166128903025100
2.04-2.190.21611430.168929353078100
2.19-2.410.19991330.162829233056100
2.41-2.760.17821270.176929513078100
2.76-3.480.17931310.161629683099100
3.48-44.130.14111420.131930093151100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.75051.3399-0.15011.02070.66171.5068-0.30120.5925-0.2288-0.13930.29680.02030.3801-0.10430.06550.2165-0.0672-0.00880.203-0.00710.1547-16.386529.9675-4.6688
25.59881.3107-1.45264.1886-0.47022.5554-0.1651-0.1778-0.02170.11960.1112-0.1833-0.07660.2304-0.00420.04550.0144-0.01120.23350.00260.1682-3.853934.5793-0.8854
35.30531.336-1.15724.4125-0.08833.4292-0.41520.4221-0.5442-0.03970.1635-0.27140.33070.3530.11190.15580.01860.07370.3254-0.0680.2144-0.153228.8188-7.1644
47.02964.32490.98416.62983.02769.09-0.3201-0.311-2.25340.39540.2657-0.90950.91250.5978-0.30760.29950.02770.11580.1662-0.02190.4035-7.575521.4812-1.9825
54.1397-2.15870.47156.6073-2.84974.5941-0.18180.2325-0.0910.073-0.0365-0.16690.19570.04210.19770.1149-0.04410.01820.1557-0.02480.111-14.708930.4026-4.4202
64.67650.3226-1.23532.7615-2.34446.8951-0.1660.20590.2844-0.00090.0319-0.0192-0.0804-0.04530.12130.086-0.0309-0.03440.1102-0.02770.1104-17.255637.2237-0.1929
75.93092.6949-6.2312.6792-3.35287.8670.3591-0.37420.72320.3475-0.1119-0.0853-0.66920.364-0.21070.15-0.0349-0.02870.1759-0.02420.3272-11.399344.27142.3994
86.2185-6.8025-3.50062.03472.98384.31190.95251.6850.6788-1.5447-0.7222-0.4176-0.465-0.14220.01240.1984-0.1131-0.00760.62630.20320.52875.836342.2123-12.4675
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 1 through 36 )B1 - 36
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 37 through 56 )B37 - 56
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 57 through 84 )B57 - 84
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 85 through 96 )B85 - 96
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 97 through 116 )B97 - 116
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 117 through 150 )B117 - 150
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 151 through 164 )B151 - 164
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 165 through 173 )B165 - 173

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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