PDB-7ou5: Crystal structure of dimeric chlorite dismutase from Cyanothece s...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ou5

タイトル

Crystal structure of dimeric chlorite dismutase from Cyanothece sp. PCC7425 in complex with nitrite

要素

Chlorite Dismutase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Chlorite dismutase / nitrite

機能・相同性

Heme-dependent peroxidase ChdC/CLD / Chlorite dismutase / Dimeric alpha-beta barrel / oxidoreductase activity / heme binding / metal ion binding / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / NITRITE ION / Chlorite dismutase

機能・相同性情報

生物種

Cyanothece sp.

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Schmidt, D. / Mlynek, G. / Djinovic-Carugo, K. / Obinger, C.

資金援助

オーストリア, 1件

引用

ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2021
タイトル: Impact of the dynamics of the catalytic arginine on nitrite and chlorite binding by dimeric chlorite dismutase.
著者: Serra, I. / Schmidt, D. / Pfanzagl, V. / Mlynek, G. / Hofbauer, S. / Djinovic-Carugo, K. / Furtmuller, P.G. / Garcia-Rubio, I. / Van Doorslaer, S. / Obinger, C.

履歴

登録	2021年6月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年12月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ou5.cif.gz	288.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ou5.ent.gz	195.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ou5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ou5_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ou5_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	7ou5_validation.xml.gz	19.5 KB	表示
CIF形式データ	7ou5_validation.cif.gz	28 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/7ou5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/7ou5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ou7C 7ou9C 7ouaC 7ouyC 7owiC 5mauS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7ou7-d 5k8z-1 7owi-2 7ati-d 5k8z-2 7asb-d 7oua-d 4wko-1 4f1w-d 7jt6-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Chlorite Dismutase

B: Chlorite Dismutase

ヘテロ分子

45.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.749, 52.759, 54.684
Angle α, β, γ (deg.)	107.143, 98.829, 109.555
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Chlorite Dismutase 分子量: 21830.881 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cyanothece sp. (strain PCC 7425 / ATCC 29141) (バクテリア) 株: PCC 7425 / ATCC 29141 / 遺伝子: Cyan7425_1434 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B8HNS6

-
非ポリマー , 5種, 303分子

#2: 化合物	ChemComp-NO2 / NITRITE ION / 二酸化窒素分子量: 46.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.39 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 0.15 M MgSO4, 24 %w/v PEG 3350, 1 %v/v Glycerol Soaking: 50mM NaNO2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.82→46.15 Å / Num. obs: 80245 / % possible obs: 92.15 % / 冗長度: 1.92 % / B_iso Wilson estimate: 29.14 Å² / CC_1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 5.55
反射シェル	解像度: 1.82→1.93 Å / Num. unique obs: 3670 / CC_1/2: 0.597

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5MAU

5mau

解像度: 1.9→33.94 Å / SU ML: 0.2281 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.14 / 位相誤差: 26.0948
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2106	1823	2.6 %
R_work	0.1815	68266	-
obs	0.1822	70089	88.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→33.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2998	0	103	297	3398

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0107	3192
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9547	4349
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0557	443
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.02	553
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.6304	426

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.95	0.3584	144	0.3212	5384	X-RAY DIFFRACTION	91.13
1.95-2.01	0.3166	147	0.2862	5428	X-RAY DIFFRACTION	91.85
2.01-2.07	0.2498	146	0.2573	5353	X-RAY DIFFRACTION	90.89
2.07-2.15	0.2576	140	0.2511	5303	X-RAY DIFFRACTION	90.15
2.15-2.23	0.2631	145	0.2309	5302	X-RAY DIFFRACTION	89.77
2.23-2.34	0.2411	141	0.224	5202	X-RAY DIFFRACTION	88.28
2.34-2.46	0.2711	137	0.2069	5172	X-RAY DIFFRACTION	87.06
2.46-2.61	0.2669	132	0.2086	4960	X-RAY DIFFRACTION	83.75
2.61-2.81	0.1951	110	0.1899	4213	X-RAY DIFFRACTION	72.12
2.81-3.1	0.2222	141	0.1947	5380	X-RAY DIFFRACTION	90.54
3.1-3.54	0.1813	148	0.1661	5621	X-RAY DIFFRACTION	94.57
3.55-4.46	0.1596	149	0.1377	5498	X-RAY DIFFRACTION	93.77
4.47-33.94	0.1866	143	0.1394	5450	X-RAY DIFFRACTION	92.2

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.02010680914	0.988458862686	1.75778418926	2.1035016572	1.53816977329	4.1315860045	0.00583337083681	-0.0885253004967	0.207263225236	-0.211189741669	-0.253323023577	0.394327528336	0.125063002567	-0.787638856792	0.177523472046	0.282941536799	-0.0542952237611	-0.0135318382054	0.370690635726	-0.0200183319265	0.269965640298	-5.8814950386	-1.07219514269	3.48260080306
2	1.93095875528	0.163672396369	1.18208721946	1.5643347888	0.54236599792	5.2851417156	0.0303255805611	0.206363282023	-0.0417233006387	-0.220398471295	0.0631339757706	-0.110993336564	0.230398182357	0.462041893775	-0.0670731006665	0.270947310297	0.0218773145769	0.0343172259404	0.223063345209	-0.00994919720063	0.250525802984	9.34726563823	-1.42184864549	3.24903016057
3	3.15486032614	0.065381327493	-0.479972382822	4.72521656495	-0.0526758766976	5.16669843162	0.0307983855437	-0.237879163157	0.0391800943446	0.186768324427	-0.238852538908	0.354773015099	-0.285229454802	-1.04547824073	0.182905699397	0.399824133176	0.0199089396273	0.081512417701	0.436539752453	-0.0250635624199	0.279889281456	-6.3779760138	10.5198431007	36.4010306961
4	2.54556910106	-1.14424030999	-0.81469707795	3.83640777119	-0.603460047007	0.538438122189	0.264692206738	1.13942656702	0.0365043505107	-0.463522997128	-1.20695713904	1.44841363783	-0.111891800374	-2.03914453304	0.711359994408	0.472630560426	0.021745458543	0.0213672005275	1.13030404994	-0.198348721009	0.691485123199	-14.1247368257	4.94153852315	32.464178362
5	1.55714180406	-0.306017838945	-0.473061615119	2.03210309206	0.533161311565	5.09351797817	0.00651457433188	-0.0301236160364	0.0132552236397	0.214547467435	0.0219318291566	-0.0563544015185	-0.167413794871	0.193116353971	0.00482821405382	0.211085067305	-0.0351633772332	-0.00342709350856	0.183299463259	-0.00645728433433	0.203736229241	8.60458878948	5.98967717359	30.0769444268
6	2.51663274302	0.479492656823	-0.185996401794	2.6560064402	0.0918230715894	4.91719251264	0.152047007255	-0.331018272447	0.184705275982	0.31381080318	0.0523231656878	-0.11420404553	-0.680665110789	0.462623751328	-0.201396581326	0.404264557338	-0.0518109345069	0.00924224056504	0.242878734747	-0.0634954373713	0.278844757987	7.92528181956	13.2269734497	38.4685754597

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 63 )	A	A	1 - 63	1 - 63
2	2	chain 'A' and (resid 64 through 182 )	A	A	64 - 182	64 - 182
3	3	chain 'B' and (resid 1 through 32 )	B	E	1 - 32	1 - 32
4	4	chain 'B' and (resid 33 through 47 )	B	E	33 - 47	33 - 47
5	5	chain 'B' and (resid 48 through 148 )	B	E	48 - 148	48 - 148
6	6	chain 'B' and (resid 149 through 182 )	B	E	149 - 182	149 - 182

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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