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Yorodumi- PDB-7ouy: Crystal structure of dimeric chlorite dismutase variant R127A (CC... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7ouy | ||||||
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Title | Crystal structure of dimeric chlorite dismutase variant R127A (CCld R127A) from Cyanothece sp. PCC7425 in complex with nitrite | ||||||
Components | Chlorite dismutase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Chlorite dismutase / nitrite | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Cyanothece sp. PCC 7425 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.5 Å | ||||||
Authors | Schmidt, D. / Mlynek, G. / Djinovic-Carugo, K. / Obinger, C. | ||||||
Funding support | Austria, 1items
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Citation | Journal: J.Inorg.Biochem. / Year: 2021 Title: Impact of the dynamics of the catalytic arginine on nitrite and chlorite binding by dimeric chlorite dismutase. Authors: Serra, I. / Schmidt, D. / Pfanzagl, V. / Mlynek, G. / Hofbauer, S. / Djinovic-Carugo, K. / Furtmuller, P.G. / Garcia-Rubio, I. / Van Doorslaer, S. / Obinger, C. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7ouy.cif.gz | 557.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7ouy.ent.gz | 385.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7ouy.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7ouy_validation.pdf.gz | 3.7 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 7ouy_full_validation.pdf.gz | 3.7 MB | Display | |
Data in XML | 7ouy_validation.xml.gz | 40.4 KB | Display | |
Data in CIF | 7ouy_validation.cif.gz | 58.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/7ouy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/7ouy | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7ou5C 7ou7C 7ou9C 7ouaC 7owiC 5mauS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 21744.766 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Cyanothece sp. PCC 7425 (bacteria) / Gene: Cyan7425_1434 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: B8HNS6 |
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-Non-polymers , 7 types, 901 molecules
#2: Chemical | ChemComp-PGE / #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Chemical | ChemComp-HEM / #5: Chemical | ChemComp-NO2 / #6: Chemical | #7: Chemical | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.01 Å3/Da / Density % sol: 59.09 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: 0.1 M MES pH 6.5, 0.15 M MgSO4, 23 %w/v PEG 3350, 5 %v/v Glycerol Soaking: 50mM NaNO2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-2 / Wavelength: 0.8731 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Nov 18, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.8731 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.5→47.1 Å / Num. obs: 151776 / % possible obs: 90.79 % / Redundancy: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 21.4 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 4.04 |
Reflection shell | Resolution: 1.5→1.554 Å / Num. unique obs: 13190 / CC1/2: 0.206 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5MAU Resolution: 1.5→30.44 Å / SU ML: 0.2634 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / Phase error: 38.3832 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 35.44 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.5→30.44 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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